PDB-5loj: Structure of full length unliganded CodY from Bacillus subtilis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5loj

タイトル

Structure of full length unliganded CodY from Bacillus subtilis

要素

GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY

キーワード

TRANSCRIPTION / GAF / wHTH / transcriptional regulator / CodY

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.71 Å

データ登録者

Wilkinson, A.J. / Levdikov, V.M. / Blagova, E.V.

資金援助

英国,

米国, 3件

組織	認可番号	国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council	BBS/B1213X	英国
Wellcome Trust	082829/Z/07/Z	英国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)	GM042219	米国

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structure of the Branched-chain Amino Acid and GTP-sensing Global Regulator, CodY, from Bacillus subtilis.
著者: Levdikov, V.M. / Blagova, E. / Young, V.L. / Belitsky, B.R. / Lebedev, A. / Sonenshein, A.L. / Wilkinson, A.J.

履歴

登録	2016年8月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月1日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月30日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2018年5月9日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs
改定 1.4	2022年3月30日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年1月10日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5loj.cif.gz	218 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5loj.ent.gz	176.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5loj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5loj_validation.pdf.gz	436.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5loj_full_validation.pdf.gz	497.9 KB	表示
XML形式データ	5loj_validation.xml.gz	27.3 KB	表示
CIF形式データ	5loj_validation.cif.gz	36.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/5loj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/5loj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lnhC 5loeC 5looC 2b0lS 2gx5S 2b18 2bol 2hgv S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lnh-1 5loo-6 5loo-5 5lnh-2 5lnh-6 5loo-1 6ddp-d 5loo-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY

B: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY

59.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.524, 111.524, 119.536
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 2 - 256 / Label seq-ID: 1 - 255

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.288335, -0.006144, -0.95751), (0.022567, -0.999745, -0.000381), (-0.957264, -0.021718, 0.2884)	-71.99015, -41.45104, -54.30959

#1: タンパク質	GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY / Vegetative protein 286B / VEG286B 分子量: 29604.713 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 遺伝子: codY, BSU16170 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P39779

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 1.7M Li2SO4, sodium citrate pH 5.6, 3% dioxane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.7→25 Å / Num. obs: 8235 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 33.14
反射シェル	解像度: 3.7→3.83 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.408 / Mean I/σ(I) obs: 5.66 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2GX5, 2B0L

2gx5

2b0l

解像度: 3.71→24.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.908 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.83 / SU B: 115.534 / SU ML: 0.82 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.059 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.38942	381	4.6 %	RANDOM
R_work	0.26356	-	-	-
obs	0.26905	7841	97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 83.452 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.45 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.45 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.71→24.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4004	0	0	0	4004

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	4044
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4020
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.135	1.985	5446
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.421	3	9240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.172	5	508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.502	25.208	192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	26.928	15	784
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.582	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.134	0.2	640
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4570
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	864
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	22.974	10.957	2038
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	22.947	10.956	2037
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	20.656	24.613	2544
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	20.658	24.612	2545
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	23.678	11.872	2006
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	23.672	11.868	2007
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	20.667	26.083	2903
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	20.789		17124
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	20.789		17124
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	77.221	3	7989
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	40.899	5	8024

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4012 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	medium positional	0.69	0.5
1	A	medium thermal	24.46	2
2	B	medium positional	0.69	0.5
2	B	medium thermal	24.46	2

LS精密化シェル

解像度: 3.706→3.8 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.407	33	-
R_work	0.285	540	-
obs	-	-	95.5 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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