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- PDB-5loc: Crystal structure of the engineered D-Amino Acid Dehydrogenase (DAADH) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5loc
タイトルCrystal structure of the engineered D-Amino Acid Dehydrogenase (DAADH)
要素Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / DAADH / biocatalysis / amino acids / asymmetric synthesis / enzyme catalysis
機能・相同性
機能・相同性情報


diaminopimelate dehydrogenase / diaminopimelate dehydrogenase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate
類似検索 - 分子機能
Diaminopimelate dehydrogenase, Ddh / Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase, C-terminal / Diaminopimelic acid dehydrogenase C-terminal domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Dunstan, M.S. / Gahloth, D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Single-biocatalyst synthesis of enantiopure D-arylalanines exploiting an engineered D-amino acid dehydrogenase
著者: Parmeggiani, F. / Ahmed, S.T. / Thompson, M.P. / Weise, N.J. / Galman, J.L. / Gahloth, D. / Dunstan, M.S. / Leys, D. / Turner, N.J.
履歴
登録2016年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
B: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1142
ポリマ－70,1142
非ポリマー00
水3,909217
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area27440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.530, 120.530, 97.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase / Meso-DAP dehydrogenase / D-amino dehydrogenase


分子量: 35057.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
遺伝子: ddh, Cgl2617, cg2900 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04964, diaminopimelate dehydrogenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.12 M monosaccharides, 0.1 M Buffer System 3 pH 8.5, 30%, P500MME_P20K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→71.302 Å / Num. obs: 529247 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.1 % / Net I/σ(I): 17.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.04→71.302 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2545 2549 4.86 %
Rwork0.2067 --
obs0.209 52409 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 152.09 Å2 / Biso mean: 66.1118 Å2 / Biso min: 31.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.04→71.302 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4909 0 0 217 5126
Biso mean---55.55 -
残基数----637
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015013
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3196806
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05753
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006912
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7651812
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.04-2.07920.32281400.288427352875
2.0792-2.12170.29641190.27727592878
2.1217-2.16780.31441190.280227392858
2.1678-2.21830.33581360.271227782914
2.2183-2.27370.33971750.263826952870
2.2737-2.33520.30551520.257427102862
2.3352-2.40390.32371450.248127632908
2.4039-2.48150.3111590.248927292888
2.4815-2.57020.33591270.25127842911
2.5702-2.67310.29121300.239927762906
2.6731-2.79480.27161520.247327292881
2.7948-2.94220.32611690.253227412910
2.9422-3.12650.32051290.252927572886
3.1265-3.36790.28181450.230528102955
3.3679-3.70680.25811300.211727972927
3.7068-4.24310.2281150.180228182933
4.2431-5.34560.16381460.147628262972
5.3456-71.3460.22681610.171929143075
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.00410.04750.21981.2039-0.02921.16540.02660.33-0.2528-0.8185-0.39280.1020.0295-0.54370.16770.78310.17090.02120.5369-0.09180.471840.1052-14.7003101.9558
20.6217-0.2182-0.34470.19110.48570.72610.09740.20880.0491-0.2343-0.1192-0.0662-0.4083-0.36090.06750.68520.25610.05190.41670.04760.439349.86586.1724102.6734
30.762-0.13780.16670.3106-0.23990.50920.17870.12090.1088-0.269-0.12250.3005-0.2172-0.31690.27290.91650.9906-0.36961.0436-0.20570.693517.397329.9171110.6479
41.1092-0.1895-0.23140.8779-0.12890.22050.1439-0.09980.0178-0.0817-0.35840.6145-0.1373-0.71310.07530.47760.2654-0.07150.8861-0.22160.624822.073314.2854119.9728
51.0611-0.877-0.75632.03821.17510.95730.1998-0.0138-0.1592-0.2076-0.1899-0.15990.00080.05580.04830.45640.21550.01760.42290.05850.467543.18924.3899129.4501
60.56030.2640.01811.94090.0420.90660.2865-0.02870.0688-0.3512-0.2001-0.1267-0.0461-0.09310.04650.35410.12740.02670.3943-0.00520.442642.812331.761137.7838
70.298-0.1273-0.33761.20240.21230.35690.3290.25530.0539-0.4743-0.44140.1735-0.2651-0.37170.07410.63250.3812-0.0150.549-0.02460.41737.412419.7931115.7666
81.0129-0.7291-0.17681.12470.49192.36160.02580.2570.0292-0.644-0.15960.3732-0.0339-0.70730.12030.81660.4093-0.25670.8073-0.20740.577125.90978.0763103.7243
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 110 )A2 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 111 through 321 )A111 - 321
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 4 through 49 )B4 - 49
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 50 through 145 )B50 - 145
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 146 through 189 )B146 - 189
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 190 through 232 )B190 - 232
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 233 through 290 )B233 - 290
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 291 through 321 )B291 - 321

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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