PDB-5loc: Crystal structure of the engineered D-Amino Acid Dehydrogenase (DAADH)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5loc

タイトル

Crystal structure of the engineered D-Amino Acid Dehydrogenase (DAADH)

要素

Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / DAADH / biocatalysis / amino acids / asymmetric synthesis / enzyme catalysis

機能・相同性

機能・相同性情報

diaminopimelate dehydrogenase / diaminopimelate dehydrogenase activity / : / :
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium glutamicum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Dunstan, M.S. / Gahloth, D.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Single-biocatalyst synthesis of enantiopure D-arylalanines exploiting an engineered D-amino acid dehydrogenase
著者: Parmeggiani, F. / Ahmed, S.T. / Thompson, M.P. / Weise, N.J. / Galman, J.L. / Gahloth, D. / Dunstan, M.S. / Leys, D. / Turner, N.J.

履歴

登録	2016年8月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5loc.cif.gz	263.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5loc.ent.gz	215.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5loc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/5loc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/5loc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5loaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5gz1-d 3wyb-d 3wgq-d 3wgo-d 1a6r-d 5gz3-d 5gz6-d 4am6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase

B: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase

70.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.530, 120.530, 97.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase / Meso-DAP dehydrogenase / D-amino dehydrogenase 分子量: 35057.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 遺伝子: ddh, Cgl2617, cg2900 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04964, diaminopimelate dehydrogenase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.87 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.12 M monosaccharides, 0.1 M Buffer System 3 pH 8.5, 30%, P500MME_P20K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9282 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→71.302 Å / Num. obs: 529247 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.1 % / Net I/σ(I): 17.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.04→71.302 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.7

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2545	2549	4.86 %
R_work	0.2067	-	-
obs	0.209	52409	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 152.09 Å² / B_iso mean: 66.1118 Å² / B_iso min: 31.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.04→71.302 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4909	0	0	217	5126
B_iso mean	-	-	-	55.55	-
残基数	-	-	-	-	637

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5013
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.319	6806
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	753
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	912
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.765	1812

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.04-2.0792	0.3228	140	0.2884	2735	2875
2.0792-2.1217	0.2964	119	0.277	2759	2878
2.1217-2.1678	0.3144	119	0.2802	2739	2858
2.1678-2.2183	0.3358	136	0.2712	2778	2914
2.2183-2.2737	0.3397	175	0.2638	2695	2870
2.2737-2.3352	0.3055	152	0.2574	2710	2862
2.3352-2.4039	0.3237	145	0.2481	2763	2908
2.4039-2.4815	0.311	159	0.2489	2729	2888
2.4815-2.5702	0.3359	127	0.251	2784	2911
2.5702-2.6731	0.2912	130	0.2399	2776	2906
2.6731-2.7948	0.2716	152	0.2473	2729	2881
2.7948-2.9422	0.3261	169	0.2532	2741	2910
2.9422-3.1265	0.3205	129	0.2529	2757	2886
3.1265-3.3679	0.2818	145	0.2305	2810	2955
3.3679-3.7068	0.2581	130	0.2117	2797	2927
3.7068-4.2431	0.228	115	0.1802	2818	2933
4.2431-5.3456	0.1638	146	0.1476	2826	2972
5.3456-71.346	0.2268	161	0.1719	2914	3075

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0041	0.0475	0.2198	1.2039	-0.0292	1.1654	0.0266	0.33	-0.2528	-0.8185	-0.3928	0.102	0.0295	-0.5437	0.1677	0.7831	0.1709	0.0212	0.5369	-0.0918	0.4718	40.1052	-14.7003	101.9558
2	0.6217	-0.2182	-0.3447	0.1911	0.4857	0.7261	0.0974	0.2088	0.0491	-0.2343	-0.1192	-0.0662	-0.4083	-0.3609	0.0675	0.6852	0.2561	0.0519	0.4167	0.0476	0.4393	49.8658	6.1724	102.6734
3	0.762	-0.1378	0.1667	0.3106	-0.2399	0.5092	0.1787	0.1209	0.1088	-0.269	-0.1225	0.3005	-0.2172	-0.3169	0.2729	0.9165	0.9906	-0.3696	1.0436	-0.2057	0.6935	17.3973	29.9171	110.6479
4	1.1092	-0.1895	-0.2314	0.8779	-0.1289	0.2205	0.1439	-0.0998	0.0178	-0.0817	-0.3584	0.6145	-0.1373	-0.7131	0.0753	0.4776	0.2654	-0.0715	0.8861	-0.2216	0.6248	22.0733	14.2854	119.9728
5	1.0611	-0.877	-0.7563	2.0382	1.1751	0.9573	0.1998	-0.0138	-0.1592	-0.2076	-0.1899	-0.1599	0.0008	0.0558	0.0483	0.4564	0.2155	0.0176	0.4229	0.0585	0.4675	43.189	24.3899	129.4501
6	0.5603	0.264	0.0181	1.9409	0.042	0.9066	0.2865	-0.0287	0.0688	-0.3512	-0.2001	-0.1267	-0.0461	-0.0931	0.0465	0.3541	0.1274	0.0267	0.3943	-0.0052	0.4426	42.8123	31.761	137.7838
7	0.298	-0.1273	-0.3376	1.2024	0.2123	0.3569	0.329	0.2553	0.0539	-0.4743	-0.4414	0.1735	-0.2651	-0.3717	0.0741	0.6325	0.3812	-0.015	0.549	-0.0246	0.417	37.4124	19.7931	115.7666
8	1.0129	-0.7291	-0.1768	1.1247	0.4919	2.3616	0.0258	0.257	0.0292	-0.644	-0.1596	0.3732	-0.0339	-0.7073	0.1203	0.8166	0.4093	-0.2567	0.8073	-0.2074	0.5771	25.9097	8.0763	103.7243

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 110 )	A	2 - 110
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 111 through 321 )	A	111 - 321
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 4 through 49 )	B	4 - 49
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 50 through 145 )	B	50 - 145
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 146 through 189 )	B	146 - 189
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 190 through 232 )	B	190 - 232
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 233 through 290 )	B	233 - 290
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 291 through 321 )	B	291 - 321

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