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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lnj | ||||||
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タイトル | XenA - reduced - Y183F variant in complex with 7-hydroxycoumarin | ||||||
要素 | NADH:flavin oxidoreductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / flavin mononucleotide / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas putida (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.16 Å | ||||||
データ登録者 | Werther, T. / Dobbek, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Redox-dependent substrate-cofactor interactions in the Michaelis-complex of a flavin-dependent oxidoreductase 著者: Werther, T. / Wahlefeld, S. / Salewski, J. / Kuhlmann, U. / Zebger, I. / Hildebrandt, P. / Dobbek, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5lnj.cif.gz | 240.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5lnj.ent.gz | 195.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5lnj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5lnj_validation.pdf.gz | 822.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5lnj_full_validation.pdf.gz | 823.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5lnj_validation.xml.gz | 19.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5lnj_validation.cif.gz | 30 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/5lnj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/5lnj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39446.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: O999_23785 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U2SJJ2, UniProt: A0A1X0ZT96*PLUS | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-FNR / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-07L / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.55 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.4 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES/NaOH pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月15日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.16→27.043 Å / Num. obs: 129888 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 12.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3L5L 解像度: 1.16→27.043 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 14.43
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 55.15 Å2 / Biso mean: 14.29 Å2 / Biso min: 3.15 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.16→27.043 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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