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- PDB-5lni: XenA - oxidized - Y183F variant in complex with 7-hydroxycoumarin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lni
タイトルXenA - oxidized - Y183F variant in complex with 7-hydroxycoumarin
要素NADH:flavin oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavin mononucleotide / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH dehydrogenase activity / FMN binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
NADPH dehydrogenase YqjM-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-hydroxy-2H-chromen-2-one / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NADH:flavin oxidoreductase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.133 Å
データ登録者Werther, T. / Dobbek, H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Redox-dependent substrate-cofactor interactions in the Michaelis-complex of a flavin-dependent oxidoreductase
著者: Werther, T. / Wahlefeld, S. / Salewski, J. / Kuhlmann, U. / Zebger, I. / Hildebrandt, P. / Dobbek, H.
履歴
登録2016年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH:flavin oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5469
ポリマ－39,2891
非ポリマー1,2578
水8,485471
1
A: NADH:flavin oxidoreductase
ヘテロ分子

A: NADH:flavin oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,09218
ポリマ－78,5792
非ポリマー2,51416
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area6570 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area24200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.760, 83.410, 156.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-811-

HOH

21A-846-

HOH

31A-863-

HOH

41A-965-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NADH:flavin oxidoreductase / xenobiotic reductase A


分子量: 39289.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: O999_23785 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U2SJJ2, UniProt: A0A1X0ZT96*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 479分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-07L / 7-hydroxy-2H-chromen-2-one / 7-hydroxycoumarin / 7-ヒドロキシクマリン


分子量: 162.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.4 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES/NaOH pH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.13→35 Å / Num. obs: 135813 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 13.64
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.13-1.160.4233.08190.4
1.16-1.190.3543.71195.2
1.19-1.230.3094.18195.9
1.23-1.270.2754.64196.2
1.27-1.310.235.52196.6
1.31-1.350.1996.34196.9
1.35-1.410.1667.39197
1.41-1.460.1319.02197.3
1.46-1.530.10710.62197.8
1.53-1.60.08812.83197.7
1.6-1.690.07115.22198
1.69-1.790.06117.4198
1.79-1.920.05119.96198.2
1.92-2.070.04323.28198.4
2.07-2.270.04626.87197.8
2.27-2.530.07530.62199.2
2.53-2.930.0633.77199.5
2.93-3.580.04939.16199.3
3.58-5.070.04344.07199.3
5.070.04243.32198.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3L5L

3l5l


解像度: 1.133→29.372 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 12.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1405 2000 1.47 %
Rwork0.1182 --
obs0.1185 135806 96.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 65.25 Å2 / Biso mean: 13.4 Å2 / Biso min: 2.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.133→29.372 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2777 0 119 471 3367
Biso mean--16.37 25.38 -
残基数----359
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013257
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3954507
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077466
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009601
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.591214
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.1331-1.16140.18151310.16868822895390
1.1614-1.19280.16651400.159317945795
1.1928-1.22790.1981410.13999387952896
1.2279-1.26760.19031390.13499392953196
1.2676-1.31290.15081420.12099453959597
1.3129-1.36540.15511420.11019493963597
1.3654-1.42760.14951430.10169526966997
1.4276-1.50280.12911430.09289608975198
1.5028-1.5970.11911430.08849606974998
1.597-1.72030.1121450.08679672981798
1.7203-1.89340.12151450.09479688983398
1.8934-2.16730.12631460.09989762990898
2.1673-2.73020.1131470.115898761002399
2.7302-29.38180.15711530.141102041035799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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