[日本語] English
万見
- PDB-5lnf: Solution NMR structure of farnesylated PEX19, C-terminal domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lnf
タイトルSolution NMR structure of farnesylated PEX19, C-terminal domain
要素Peroxisomal biogenesis factor 19
キーワードCHAPERONE / PEX19 / farnesylation / post translational modification / allostery
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxisome membrane biogenesis / peroxisome membrane class-1 targeting sequence binding / establishment of protein localization to peroxisome / negative regulation of lipid binding / peroxisome membrane targeting sequence binding / protein import into peroxisome membrane / protein targeting to peroxisome / Class I peroxisomal membrane protein import / peroxisome organization / protein carrier chaperone ...peroxisome membrane biogenesis / peroxisome membrane class-1 targeting sequence binding / establishment of protein localization to peroxisome / negative regulation of lipid binding / peroxisome membrane targeting sequence binding / protein import into peroxisome membrane / protein targeting to peroxisome / Class I peroxisomal membrane protein import / peroxisome organization / protein carrier chaperone / ABC transporters in lipid homeostasis / peroxisome fission / peroxisomal membrane / : / brush border membrane / peroxisome / ATPase binding / protein stabilization / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pex19, mPTS binding domain / Pex19 protein / Pex19, C-terminal domain superfamily / Pex19 protein family / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FARNESYL / Peroxisomal biogenesis factor 19
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Emmanouilidis, L. / Schuetz, U. / Tripsianes, K. / Madl, T. / Radke, J. / Rucktaeschel, R. / Wilmanns, M. / Schliebs, W. / Erdmann, R. / Sattler, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Allosteric modulation of peroxisomal membrane protein recognition by farnesylation of the peroxisomal import receptor PEX19.
著者: Emmanouilidis, L. / Schutz, U. / Tripsianes, K. / Madl, T. / Radke, J. / Rucktaschel, R. / Wilmanns, M. / Schliebs, W. / Erdmann, R. / Sattler, M.
履歴
登録2016年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references
改定 1.22019年9月11日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer / Item: _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Peroxisomal biogenesis factor 19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8712
ポリマ－15,6651
非ポリマー2061
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area630 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area9120 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / -
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質 Peroxisomal biogenesis factor 19 / 33 kDa housekeeping protein / Peroxin-19 / Peroxisomal farnesylated protein


分子量: 15664.643 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 161-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PEX19, HK33, PXF, OK/SW-cl.22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40855
#2: 化合物 ChemComp-FAR / FARNESYL / (6E)-3,7,11-トリメチル-2,6,10-ドデカトリエン


分子量: 206.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H26
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HNCA
121isotropic13D HN(CA)CB
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic13D (H)CCH-TOCSY
151isotropic23D 1H-13C NOESY
161isotropic23D 1H-15N NOESY

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM {U-1H,13C,15N; farnesyl-[1H,12C]} PEX19, 90% H2O/10% D2Odoubly labeled90% H2O/10% D2O
solution21 mM {U-2H,12C,15N; Leu-[1H,13C,15N]; farnesyl-[1H,12C]} PEX19, 90% H2O/10% D2OLeucine labeled90% H2O/10% D2O
solution31 mM {U-2H,12C,15N; Lle-[1H,13C,15N]; farnesyl-[1H,12C]} PEX19, 90% H2O/10% D2OIsoleucine labeled90% H2O/10% D2O
solution41 mM {U-2H,12C,15N; Met-[1H,13CH3,15N]; farnesyl-[1H,12C]} PEX19, 90% H2O/10% D2OMethionine labeled90% H2O/10% D2O
solution51 mM {U-2H,12C,15N; Ile(delta1),Leu(delta),Val(gamma)-[13CH3]; farnesyl-[1H,12C]} PEX19, 90% H2O/10% D2OILV methyl labeled90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMPEX19{U-1H,13C,15N; farnesyl-[1H,12C]}1
1 mMPEX19{U-2H,12C,15N; Leu-[1H,13C,15N]; farnesyl-[1H,12C]}2
1 mMPEX19{U-2H,12C,15N; Lle-[1H,13C,15N]; farnesyl-[1H,12C]}3
1 mMPEX19{U-2H,12C,15N; Met-[1H,13CH3,15N]; farnesyl-[1H,12C]}4
1 mMPEX19{U-2H,12C,15N; Ile(delta1),Leu(delta),Val(gamma)-[13CH3]; farnesyl-[1H,12C]}5
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: NMR buffer / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7501
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9002

-
解析

NMR software名称: CNS / 開発者: BRUNGER A. T. ET.AL. / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る