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- PDB-5lnd: Crystal structure of self-complemented MyfA, the major subunit of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lnd
タイトルCrystal structure of self-complemented MyfA, the major subunit of Myf fimbriae from Yersinia enterocolitica
要素Fimbrial protein MyfA,Fimbrial protein MyfA,Fimbrial protein MyfA
キーワードCELL ADHESION / Ig-like fold / beta sandwich / donor-strand complementation
機能・相同性Immunoglobulin-like - #3590 / : / : / Ph 6 antigen / pilus / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Fimbrial protein MyfA
機能・相同性情報
生物種Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Pakharukova, N.A. / Roy, S. / Tuitilla, M. / Zavialov, A.V.
資金援助 フィンランド, 2件
組織認可番号国
Academy of Finland140959 フィンランド
Academy of Finland273075 フィンランド
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2016
タイトル: Structural basis for Myf and Psa fimbriae-mediated tropism of pathogenic strains of Yersinia for host tissues.
著者: Pakharukova, N. / Roy, S. / Tuittila, M. / Rahman, M.M. / Paavilainen, S. / Ingars, A.K. / Skaldin, M. / Lamminmaki, U. / Hard, T. / Teneberg, S. / Zavialov, A.V.
履歴
登録2016年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月30日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fimbrial protein MyfA,Fimbrial protein MyfA,Fimbrial protein MyfA
B: Fimbrial protein MyfA,Fimbrial protein MyfA,Fimbrial protein MyfA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2862
ポリマ－29,2862
非ポリマー00
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area600 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area12340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.970, 41.979, 151.185
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fimbrial protein MyfA,Fimbrial protein MyfA,Fimbrial protein MyfA / C-AG / Myf antigen


分子量: 14642.776 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
遺伝子: myfA / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: P33406
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.52 % / Mosaicity: 0.18 °
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 35% dioxane v/v

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: k,h,-l / Fraction: 0.43
反射解像度: 1.46→41.979 Å / Num. all: 45504 / Num. obs: 45504 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.3 % / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.074 / Rsym value: 0.063 / Net I/av σ(I): 5.094 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 149827
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.46-1.513.30.4741.61511545150.2920.5610.4742.298.7
1.51-1.573.30.3292.41430643610.2030.3890.3293.298.6
1.57-1.633.20.25431307940950.1560.3010.2544.196.9
1.63-1.73.20.1983.91286739900.1220.2340.1985.397.9
1.7-1.793.40.1475.21300238440.0880.1720.1477.498.7
1.79-1.883.40.1146.61231736560.0670.1330.1149.798
1.88-23.30.0927.91141734540.0540.1070.09212.296.5
2-2.143.10.0759.6959131180.0470.0890.07513.994.9
2.14-2.313.40.0719.71017629820.0410.0820.0711697
2.31-2.533.40.06710.3922627490.0390.0780.06716.396.5
2.53-2.833.30.06410.5816324860.0370.0750.06416.894.4
2.83-3.263.20.0639.9681721330.0370.0730.06317.493.2
3.26-43.40.05611.6630418500.0320.0650.05618.494.4
4-5.653.20.05111.2460614190.0310.060.0511891.7
5.65-41.9793.30.04910.628418520.0290.0570.0491892.1

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.46→40.449 Å / FOM work R set: 0.7612 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.61 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1936 2356 5.18 %
Rwork0.1806 43152 -
obs0.1853 45478 95.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 67.08 Å2 / Biso mean: 23.09 Å2 / Biso min: 12.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.46→40.449 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1944 0 0 250 2194
Biso mean---27.91 -
残基数----249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071983
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9962684
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067289
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.259692
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4602-1.49190.35621630.3572728289193
1.4919-1.52660.31541460.31752684283093
1.5266-1.56480.31961530.31022757291093
1.5648-1.60710.26591540.30352674282892
1.6071-1.65440.29431390.29512616275590
1.6544-1.70780.30281470.27672733288093
1.7078-1.76880.26921620.26142729289193
1.7688-1.83960.21611430.24162752289593
1.8396-1.92340.22291420.23292682282492
1.9234-2.02480.23521380.20942642278090
2.0248-2.15160.19471340.19852655278990
2.1516-2.31770.18681190.1922750286992
2.3177-2.55080.18971500.19362672282290
2.5508-2.91970.18321460.18352619276587
2.9197-3.67770.16571430.13942695283888
3.6777-32.26230.16021250.12542764288986

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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