PDB-5lmz: Fluorinase from Streptomyces sp. MA37

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lmz

タイトル

Fluorinase from Streptomyces sp. MA37

要素

Fluorinase

キーワード

TRANSFERASE / Fluorinase

機能・相同性

機能・相同性情報

(R)-S-adenosyl-L-methionine hydrolase (adenosine-forming) / adenosyl-chloride synthase / adenosyl-fluoride synthase / adenosyl-fluoride synthase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sp. MA37 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Mann, G. / O'Hagan, D. / Naismith, J.H. / Bandaranayaka, N.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2014
タイトル: Identification of fluorinases from Streptomyces sp MA37, Norcardia brasiliensis, and Actinoplanes sp N902-109 by genome mining.
著者: Deng, H. / Ma, L. / Bandaranayaka, N. / Qin, Z. / Mann, G. / Kyeremeh, K. / Yu, Y. / Shepherd, T. / Naismith, J.H. / O'Hagan, D.

履歴

登録	2016年8月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lmz.cif.gz	326.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lmz.ent.gz	271.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lmz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lmz_validation.pdf.gz	979.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lmz_full_validation.pdf.gz	985.9 KB	表示
XML形式データ	5lmz_validation.xml.gz	24.7 KB	表示
CIF形式データ	5lmz_validation.cif.gz	34.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/5lmz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/5lmz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2c2wS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2c5b-1 2v7w-1 2c2w-1 1rqp-2 2cc2-1 2v7u-1 2c5h-1 5fiu-1 2c4t-1 2v7t-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fluorinase

B: Fluorinase

ヘテロ分子

65.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fluorinase

B: Fluorinase

ヘテロ分子

A: Fluorinase

B: Fluorinase

ヘテロ分子

A: Fluorinase

B: Fluorinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
197 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.920, 125.920, 125.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-500- HOH
2	1	B-507- HOH
3	1	B-509- HOH

#1: タンパク質	Fluorinase 分子量: 32430.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. MA37 (バクテリア) 遺伝子: flA1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: W0W999
#2: 化合物	ChemComp-1DA / 1-DEAZA-ADENOSINE / 1-デアザアデノシン分子量: 266.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₄N₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.5 M NaCl, 7 % w/v PEG6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→18.17 Å / Num. obs: 21982 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.9 % / R_merge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 2.55→2.69 Å / 冗長度: 11.6 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2C2W

2c2w

解像度: 2.55→18.17 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.22

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2158	1123	5.13 %
R_work	0.166	-	-
obs	0.1686	21905	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→18.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4304	0	53	226	4583

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4483
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.978	6122
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.31	1586
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	698
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	789

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5502-2.6659	0.2745	140	0.2058	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6659-2.806	0.2709	138	0.2008	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.806-2.9811	0.2722	146	0.202	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9811-3.2101	0.2421	136	0.1861	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2101-3.531	0.2388	155	0.1693	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
3.531-4.0371	0.1832	118	0.1454	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0371-5.068	0.1708	150	0.131	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
5.068-18.1754	0.1925	140	0.1665	2706	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3232	-0.1393	-1.0185	2.6489	-0.0129	2.7844	0.0941	-0.081	0.1082	-0.038	0.0021	-0.0242	-0.3136	0.1467	-0.0278	0.1732	-0.0213	-0.0073	0.199	-0.0089	0.1788	-2.8499	13.5848	-47.2283
2	2.4163	0.4454	-0.267	1.8545	0.3683	1.7354	-0.0761	-0.3386	-0.0805	0.1463	0.0876	-0.1387	0.1143	0.1955	-0.013	0.1682	0.0648	0.0036	0.2487	0.0118	0.1659	0.4526	5.5151	-37.206
3	1.4023	-0.6677	-0.405	0.5951	0.2725	0.0797	0.0399	-0.6269	-0.5333	0.1044	-0.0566	0.3749	0.4444	0.3408	0.0208	0.3417	0.1375	0.0984	0.5129	0.1695	0.4241	-17.8687	1.9914	-24.5008
4	1.8889	0.2987	-0.2854	2.0553	0.0823	2.4847	-0.2252	-0.4496	-0.4321	0.1913	-0.0815	-0.049	0.5033	0.1065	0.2222	0.3137	0.0513	0.1124	0.3099	0.0812	0.2879	-30.5182	2.4192	-26.5451
5	2.9858	0.0098	-0.769	1.3614	0.0209	3.0226	0.0364	0.0556	0.117	0.0557	-0.0021	0.2669	-0.0858	-0.3766	-0.0942	0.2238	0.0283	0.0264	0.2349	0.0195	0.2308	-48.3425	42.687	-7.8529
6	0.7684	-0.7184	0.0849	3.1833	0.1579	2.2672	-0.0482	-0.2166	0.1315	0.0833	0.1348	-0.2463	-0.1283	0.2589	-0.1203	0.2786	-0.0033	-0.0285	0.3022	-0.0237	0.2042	-35.4864	43.3744	-2.6536
7	1.8299	0.5675	-0.3031	1.4461	-0.1098	1.2857	0.0311	-0.3737	0.0912	0.4908	-0.0504	0.079	-0.1677	0.2102	0.0627	0.3599	-0.0179	-0.0234	0.2871	0.0203	0.1467	-37.7822	40.0955	4.2957
8	2.4915	-0.1211	0.4484	3.5146	-0.4772	1.697	0.0278	-0.0523	0.118	0.2279	0.0456	-0.1524	-0.0111	0.2359	-0.0466	0.1902	-0.0409	0.0278	0.2524	-0.0363	0.2337	-16.1038	47.218	-17.9436

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 34 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 35 through 186 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 187 through 228 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 229 through 298 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 8 through 44 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 45 through 107 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 108 through 201 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 202 through 298 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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