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万見
- PDB-5lmy: Solution structure of the m-pmv myristoylated matrix protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lmy
タイトルSolution structure of the m-pmv myristoylated matrix protein
要素Matrix protein p10
キーワードVIRAL PROTEIN / Matrix / M-PMV / Myristoylated / Retrovirus
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / structural constituent of virion / nucleic acid binding / viral translational frameshifting / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / GAG-polyprotein viral zinc-finger / : / gag protein p24 N-terminal domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal ...Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / GAG-polyprotein viral zinc-finger / : / gag protein p24 N-terminal domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス)
手法溶液NMR
データ登録者Prchal, J. / Hrabal, R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Membrane Interactions of the Mason-Pfizer Monkey Virus Matrix Protein and Its Budding Deficient Mutants.
著者: Kroupa, T. / Langerova, H. / Dolezal, M. / Prchal, J. / Spiwok, V. / Hunter, E. / Rumlova, M. / Hrabal, R. / Ruml, T.
#1: ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2012
タイトル: The structure of myristoylated Mason-Pfizer monkey virus matrix protein and the role of phosphatidylinositol-(4,5)-bisphosphate in its membrane binding.
著者: Prchal, J. / Srb, P. / Hunter, E. / Ruml, T. / Hrabal, R.
履歴
登録2016年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2016年10月5日ID: 2LPY
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22016年11月30日Group: Database references
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix protein p10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9241
ポリマ－14,9241
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area650 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area10160 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 Matrix protein p10


分子量: 14923.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Myristoylated Matrix protein of Mason-Pfizer Monkey Virus. N-terminaly myristoylated with C-terminal extension with 20 AA from phospohoprotein (pp24) and his-tag.
由来: (組換発現) Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07567

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic13D HN(CA)CB
151isotropic13D HBHA(CO)NH
161isotropic13D HNCO
171isotropic13D HN(CO)CA
181isotropic13D (H)CCH-TOCSY
191isotropic13D 1H-15N NOESY
1101isotropic13D 1H-13C NOESY
2112anisotropic12D 1H-15N HSQC IPAP

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Matrix protein p10, 100 mM potassium phosphate, 300 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 95% H2O/5% D2O15N_13C sample95% H2O/5% D2O
filamentous virus20.2 mM [U-99% 15N] Matrix protein p10, 50 mM potassium phosphate, 150 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 10 mg/mL Pf1 phage, 95% H2O/5% D2OAnizotropic95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMMatrix protein p10[U-99% 13C; U-99% 15N]1
100 mMpotassium phosphatenatural abundance1
300 mMsodium chloridenatural abundance1
5 mMDTTnatural abundance1
0.2 mMMatrix protein p10[U-99% 15N]2
50 mMpotassium phosphatenatural abundance2
150 mMsodium chloridenatural abundance2
5 mMDTTnatural abundance2
10 mg/mLPf1 phagenatural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1600 mMstandard61 atm298 K
2300 mMAnizotropic61 atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AvanceIII / 製造業者: Bruker / モデル: AvanceIII / 磁場強度: 600 MHz

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / バージョン: NIH 2.24 / 分類: 精密化
NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.5Bruker Biospincollection
Xplor-NIH2.24Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
CcpNmr Analysis2.1.5CCPNchemical shift assignment
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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