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- PDB-5lme: Specific-DNA binding activity of the cross-brace zinc finger moti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lme
タイトルSpecific-DNA binding activity of the cross-brace zinc finger motif of the piggyBac transposase
要素piggyBac transposase
キーワードTRANSCRIPTION / transposase piggyBac DNA-binding zinc-finger
機能・相同性PiggyBac transposable element-derived protein / Transposase IS4 / PiggyBac transposable element-derived protein domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Morellet, N. / Taylor, J.A. / Wieninger, S. / Moriau, S. / Li, X. / Lescop, E. / Mathy, N. / Bischerour, J. / Betermier, M. / Bardiaux, B. ...Morellet, N. / Taylor, J.A. / Wieninger, S. / Moriau, S. / Li, X. / Lescop, E. / Mathy, N. / Bischerour, J. / Betermier, M. / Bardiaux, B. / Nilges, M. / Craig, N.L. / Hickman, A.B. / Dyda, F. / Guittet, E.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Sequence-specific DNA binding activity of the cross-brace zinc finger motif of the piggyBac transposase.
著者: Morellet, N. / Li, X. / Wieninger, S.A. / Taylor, J.L. / Bischerour, J. / Moriau, S. / Lescop, E. / Bardiaux, B. / Mathy, N. / Assrir, N. / Betermier, M. / Nilges, M. / Hickman, A.B. / Dyda, ...著者: Morellet, N. / Li, X. / Wieninger, S.A. / Taylor, J.L. / Bischerour, J. / Moriau, S. / Lescop, E. / Bardiaux, B. / Mathy, N. / Assrir, N. / Betermier, M. / Nilges, M. / Hickman, A.B. / Dyda, F. / Craig, N.L. / Guittet, E.
履歴
登録2016年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.details / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: piggyBac transposase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2483
ポリマ－5,1171
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3910 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)24 / 4000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド piggyBac transposase


分子量: 5117.271 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal cysteine-rich domain / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q27026
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D TOCSY
121isotropic22D NOESY
231isotropic12D DOSY
241isotropic22D HMQC
251isotropic12D HMQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 500 uM C-ter piggyBac, 1500 uM ZnCl2, 5 mM DTT, 200 mM sodium chloride, 10 % 100% labelling D2O, 90% H2O/10% D2O
詳細: 500 microM, pH 6.5, 4eq ZnCl2, 5mM DTT, 200mM NaCl, 293K
Label: 1H_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
500 uMC-ter piggyBacnatural abundance1
1500 uMZnCl2natural abundance1
5 mMDTTnatural abundance1
200 mMsodium chloridenatural abundance1
10 %D2O100% labelling1
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpHPH err圧 (kPa)温度 (K)
1200 mMconditions_16.50.051 atm293 K
2200 mMcondition_26.7 pD1 atm293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II8001
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II9502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis2.3.1CCPNchemical shift assignment
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
詳細: Two-state ensemble. Simultaneously optimized states are represented by successive models (1 and 2, 3 and 4 etc.), where odd numbers indicate state KF and even numbers state IF.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 4000 / 登録したコンフォーマーの数: 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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