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- PDB-5lmc: Oxidized flavodiiron core of Escherichia coli flavorubredoxin, in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lmc
タイトルOxidized flavodiiron core of Escherichia coli flavorubredoxin, including the Fe-4SG atoms from its rubredoxin domain
要素Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / Flavorubredoxin / flavodiiron protein / diiron center / nitric oxide reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide reductase activity / nitric oxide catabolic process / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors / response to nitric oxide / FMN binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / protein-containing complex / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin / Rubredoxin-oxygen oxidoreductase / ODP domain / ODP family beta lactamase / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Flavodoxin domain / Metallo-beta-lactamase superfamily ...Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin / Rubredoxin-oxygen oxidoreductase / ODP domain / ODP family beta lactamase / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Flavodoxin domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Flavoprotein-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / CACODYLATE ION / : / MU-OXO-DIIRON / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Romao, C.V. / Borges, P.T. / Vicente, J.B. / Carrondo, M.A. / Teixeira, M. / Frazao, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure of Escherichia coli Flavodiiron Nitric Oxide Reductase.
著者: Romao, C.V. / Vicente, J.B. / Borges, P.T. / Victor, B.L. / Lamosa, P. / Silva, E. / Pereira, L. / Bandeiras, T.M. / Soares, C.M. / Carrondo, M.A. / Turner, D. / Teixeira, M. / Frazao, C.
履歴
登録2016年7月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月30日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4129
ポリマ－54,2931
非ポリマー1,1198
水7,134396
1
A: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
ヘテロ分子

A: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
ヘテロ分子

A: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
ヘテロ分子

A: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,64836
ポリマ－217,1724
非ポリマー4,47632
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+11
2
A: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
ヘテロ分子

A: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,82418
ポリマ－108,5862
非ポリマー2,23816
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area7930 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area29280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.471, 150.471, 95.361
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number177
Space group name H-MP622
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-806-

HOH

21A-987-

HOH

31A-996-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin / FlavoRb / Flavodiiron nitric oxide reductase


分子量: 54293.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Flavorubredoxin was modeled from residue 2 to 400, because residues 401 to 479 were not visible due to disorder. However, the heavier atoms from the missing C-terminal rubredoxin domain, Fe- ...詳細: Flavorubredoxin was modeled from residue 2 to 400, because residues 401 to 479 were not visible due to disorder. However, the heavier atoms from the missing C-terminal rubredoxin domain, Fe-4S, were detected and validated through its stereochemistry.
由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: norV, flrD, ygaI, ygaJ, ygaK, b2710, JW2680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46877

-
非ポリマー , 8種, 404分子

#2: 化合物 ChemComp-FEO / MU-OXO-DIIRON


分子量: 127.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2O
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#6: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.14 %
結晶化温度: 304 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.0 UL OF PROTEIN AT15 MG/ML WITH 0.8 UL OF CRYSTALLIZATION SOLUTION (0.2M NA-CACODYLATE PH 6.5, 0.2 M MG-ACETATE, 20% PEG8000) and 0.2 UL OF 0.1 MOLAR HEXAMINE COBALT (III).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9722 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9722 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→59.07 Å / Num. obs: 49678 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 46.5
反射 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC1/2: 0.65 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.1_357精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4d02

4d02


解像度: 1.9→59.07 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.17
詳細: FLAVORUBREDOXIN WAS MODELED FROM RESIDUE 2 TO 400, BECAUSE RESIDUES 401 TO 479 WERE NOT VISIBLE DUE TO DISORDER. HOWEVER, THE HEAVIER ATOMS FROM THE MISSING C-TERMINAL RUBREDOXIN DOMAIN, FE- ...詳細: FLAVORUBREDOXIN WAS MODELED FROM RESIDUE 2 TO 400, BECAUSE RESIDUES 401 TO 479 WERE NOT VISIBLE DUE TO DISORDER. HOWEVER, THE HEAVIER ATOMS FROM THE MISSING C-TERMINAL RUBREDOXIN DOMAIN, FE-4S, WERE DETECTED AND VALIDATED THROUGH ITS STEREOCHEMISTRY. FLAVORUBREDOXIN REFINEMENT CONVERGED TO RWORK AND RFREE OF 0.169 AND 0.185, RESPECTIVELY, USING A RFREE TEST SET SIZE OF 3.32% (1648 REFLECTIONS). THE FINAL MODEL THEN WAS REFINED VERSUS THE FULL DATA, RESULTING A FINAL R VALUE OF 0.166.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.166 1648 3.32 %random selection
Rwork0.166 ---
obs0.166 49678 98.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / Bsol: 42.37 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.8841 Å20 Å20 Å2
2---3.8841 Å20 Å2
3---7.7682 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→59.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3210 0 60 396 3666
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0153363
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0684548
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9481212
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078493
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004585
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9009-1.92250.317614460.31761446X-RAY DIFFRACTION89
1.9225-1.94510.284815370.28481537X-RAY DIFFRACTION92
1.9451-1.96880.253415290.25341529X-RAY DIFFRACTION93
1.9688-1.99370.235215360.23521536X-RAY DIFFRACTION94
1.9937-2.020.23415800.2341580X-RAY DIFFRACTION96
2.02-2.04760.214216050.21421605X-RAY DIFFRACTION97
2.0476-2.07690.210316220.21031622X-RAY DIFFRACTION98
2.0769-2.10790.18416370.1841637X-RAY DIFFRACTION100
2.1079-2.14080.174616630.17461663X-RAY DIFFRACTION100
2.1408-2.17590.162916650.16291665X-RAY DIFFRACTION100
2.1759-2.21350.16216610.1621661X-RAY DIFFRACTION100
2.2135-2.25370.154616510.15461651X-RAY DIFFRACTION100
2.2537-2.29710.158416450.15841645X-RAY DIFFRACTION100
2.2971-2.3440.145416800.14541680X-RAY DIFFRACTION100
2.344-2.39490.149416620.14941662X-RAY DIFFRACTION100
2.3949-2.45060.153816730.15381673X-RAY DIFFRACTION100
2.4506-2.51190.156616610.15661661X-RAY DIFFRACTION100
2.5119-2.57980.156416780.15641678X-RAY DIFFRACTION100
2.5798-2.65570.15816580.1581658X-RAY DIFFRACTION100
2.6557-2.74150.16216790.1621679X-RAY DIFFRACTION100
2.7415-2.83940.16916770.1691677X-RAY DIFFRACTION100
2.8394-2.95310.167516720.16751672X-RAY DIFFRACTION100
2.9531-3.08750.170516860.17051686X-RAY DIFFRACTION100
3.0875-3.25030.170716970.17071697X-RAY DIFFRACTION100
3.2503-3.45390.155116900.15511690X-RAY DIFFRACTION100
3.4539-3.72060.14517130.1451713X-RAY DIFFRACTION100
3.7206-4.09490.127617030.12761703X-RAY DIFFRACTION100
4.0949-4.68720.132617390.13261739X-RAY DIFFRACTION100
4.6872-5.90450.148417550.14841755X-RAY DIFFRACTION100
5.9045-59.09450.190818780.19081878X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8444-0.0179-0.32450.8859-0.5530.47290.01510.1074-0.0472-0.083-0.0461-0.08070.1154-0.06310.03130.19660.0266-0.00150.1981-0.04640.213827.626350.889124.6808
20.8402-0.7536-0.84281.64930.22531.57150.17150.26170.1618-0.33990.0363-0.8614-0.03290.2939-0.0060.2570.03510.03430.3309-0.00770.293835.420154.524616.9509
30.72-0.0826-0.15040.692-0.30660.50630.06260.2064-0.0441-0.2339-0.0791-0.0076-0.0277-0.05360.02230.26720.0236-0.02650.2459-0.03820.187818.455357.65615.258
40.4664-0.33160.1330.73080.29930.7666-0.0036-0.0553-0.22090.03670.01340.02470.0740.01220.00050.1456-0.0049-0.0030.1701-0.0160.227717.113547.495132.4944
50.1740.0832-0.02650.48030.2630.1696-0.051-0.1377-0.11450.08340.03940.22390.07580.04810.00530.156-0.0063-0.0070.1828-0.00460.26479.419750.139944.0168
60.40670.18890.37510.09330.18530.3229-0.018-0.1345-0.03180.05810.0394-0.1105-0.04350.1034-0.01140.15780.03030.00870.19180.00480.203320.177660.632961.3002
70.2537-0.1292-0.17380.11420.08870.09780.01030.0325-0.0414-0.0997-0.0065-0.0713-0.04730.01410.00940.14660.00590.0080.1573-0.00910.15718.448567.008753.1592
80.1894-0.2472-0.0460.3680.13310.128-0.07690.0453-0.0954-0.08710.02120.23260.0047-0.17390.050.16140.0059-0.00840.21770.0060.283910.018964.522346.0245
90.29460.0840.06970.10630.23730.5677-0.0249-0.08670.0766-0.0232-0.05710.0529-0.0143-0.180.07280.15330.021-0.00470.1836-0.00910.207912.214673.000260.26
100.52980.41860.05790.97370.05220.48360.01-0.44330.13990.288-0.18880.18570.0355-0.14070.13580.2038-0.00540.03660.24650.00460.220911.278360.639869.4125
110.8631-0.0944-0.15470.0358-0.03790.27680.0432-0.1159-0.246-0.0735-0.0855-0.1311-0.02090.05890.03720.20010.01250.03850.1604-0.01370.314623.794278.375164.5592
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 2:51)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 52:68)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 69:164)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 165:239)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 240:253)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 254:295)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 296:327)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 328:339)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 340:375)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 376:400)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN A AND RESID 484:484)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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