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- PDB-5llx: Bacteriophytochrome activated diguanylyl cyclase from Idiomarina ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5llx
タイトルBacteriophytochrome activated diguanylyl cyclase from Idiomarina species A28L with GTP bound
要素Diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein
キーワードTRANSFERASE / bacteriophytochrome / diguanylate cyclase / light-regulation / GTP / soak
機能・相同性
機能・相同性情報


diguanylate cyclase / negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase activity / detection of visible light / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. ...Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / PAS domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-LBV / diguanylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Idiomarina sp. A28L (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Gourinchas, G. / Winkler, A.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundP27124 オーストリア
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2017
タイトル: Long-range allosteric signaling in red light-regulated diguanylyl cyclases.
著者: Gourinchas, G. / Etzl, S. / Gobl, C. / Vide, U. / Madl, T. / Winkler, A.
履歴
登録2016年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein
B: Diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,65810
ポリマ－156,3212
非ポリマー2,3378
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12670 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area60040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.730, 78.640, 452.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resseq 321:327)
21(chain B and resseq 321:327)
12(chain A and resseq 530:682)
22(chain B and resseq 530:682)
13(chain A and resseq 487:525)
23(chain B and resseq 487:525)
14(chain A and resseq 150:206)
24(chain B and resseq 150:206)
15(chain A and resseq 22:120)
25(chain B and resseq 22:120)
16(chain A and resseq 121:149)
26(chain B and resseq 121:149)
17(chain A and resseq 15:21)
27(chain B and resseq 15:21)
18(chain A and (resseq 354:387 or resseq 394:423 or resseq 433:484))
28(chain B and (resseq 354:387 or resseq 394:423 or resseq 433:484))
19(chain A and resseq 338:353)
29(chain B and resseq 338:353)
110(chain A and resseq 207:309)
210(chain B and resseq 207:309)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111VALVALARGARG(chain A and resseq 321:327)AA321 - 327323 - 329
211VALVALARGARG(chain B and resseq 321:327)BB321 - 327323 - 329
112ASPASPSERSER(chain A and resseq 530:682)AA530 - 682532 - 684
212ASPASPSERSER(chain B and resseq 530:682)BB530 - 682532 - 684
113ALAALALEULEU(chain A and resseq 487:525)AA487 - 525489 - 527
213ALAALALEULEU(chain B and resseq 487:525)BB487 - 525489 - 527
114ASNASNALAALA(chain A and resseq 150:206)AA150 - 206152 - 208
214ASNASNALAALA(chain B and resseq 150:206)BB150 - 206152 - 208
115ILEILETYRTYR(chain A and resseq 22:120)AA22 - 12024 - 122
215ILEILETYRTYR(chain B and resseq 22:120)BB22 - 12024 - 122
116HISHISILEILE(chain A and resseq 121:149)AA121 - 149123 - 151
216HISHISILEILE(chain B and resseq 121:149)BB121 - 149123 - 151
117ALAALAPROPRO(chain A and resseq 15:21)AA15 - 2117 - 23
217ALAALAPROPRO(chain B and resseq 15:21)BB15 - 2117 - 23
118LEULEULEULEU(chain A and (resseq 354:387 or resseq 394:423 or resseq 433:484))AA354 - 387356 - 389
128SERSERPROPRO(chain A and (resseq 354:387 or resseq 394:423 or resseq 433:484))AA394 - 423396 - 425
138TYRTYRTRPTRP(chain A and (resseq 354:387 or resseq 394:423 or resseq 433:484))AA433 - 484435 - 486
218LEULEULEULEU(chain B and (resseq 354:387 or resseq 394:423 or resseq 433:484))BB354 - 387356 - 389
228SERSERPROPRO(chain B and (resseq 354:387 or resseq 394:423 or resseq 433:484))BB394 - 423396 - 425
238TYRTYRTRPTRP(chain B and (resseq 354:387 or resseq 394:423 or resseq 433:484))BB433 - 484435 - 486
119HISHISLYSLYS(chain A and resseq 338:353)AA338 - 353340 - 355
219HISHISLYSLYS(chain B and resseq 338:353)BB338 - 353340 - 355
1110METMETTRPTRP(chain A and resseq 207:309)AA207 - 309209 - 311
2110METMETTRPTRP(chain B and resseq 207:309)BB207 - 309209 - 311

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein / Photosensory Module of Bacteriophytochrome


分子量: 78160.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Idiomarina sp. A28L (バクテリア)
遺伝子: A28LD_0430 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F7RW09, diguanylate cyclase

-
非ポリマー , 5種, 12分子

#2: 化合物 ChemComp-LBV / 3-[2-[(Z)-[3-(2-carboxyethyl)-5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-pyrrol-1-ium -2-ylidene]methyl]-5-[(Z)-[(3E)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrolidin-2-ylidene]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3- yl]propanoic acid / 2(R),3(E)- PHYTOCHROMOBILIN


分子量: 585.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H37N4O6
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.35 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.1 M ammonium acetate, 17 % (w/v) PEG 10,000. Soaked 5 minutes in GTP 10mM in reservoir solution.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月15日
放射モノクロメーター: chanel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48.0783 Å / Num. obs: 44894 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.37 % / Biso Wilson estimate: 78.22 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.184 / Net I/σ(I): 7.81
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.8-2.92.5560.610.142199.3
2.9-31.9180.820.262198.5
3-3.11.4261.160.364198.9
3.1-3.30.9431.780.608197.9
3.3-3.50.5583.160.845198.9
3.5-3.80.3494.970.93197.3
3.8-40.2087.610.968195.9
4-4.30.14110.990.988197.3
4.3-4.50.09914.380.991198.5
4.5-50.08616.060.994195.9
5-60.09115.210.993196.6
6-100.05322.130.998195.2
10-200.02935.030.999193.1
200.02535.340.999186

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.58 Å48.08 Å
Translation7.58 Å48.08 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PadC

解像度: 2.8→48.078 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2703 2243 5 %
Rwork0.2231 --
obs0.2255 44889 97.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 183.32 Å2 / Biso mean: 92.4639 Å2 / Biso min: 30.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→48.078 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10647 0 154 4 10805
Biso mean--80.2 56.04 -
残基数----1321
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911049
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79714988
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491623
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051938
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4776596
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A56X-RAY DIFFRACTION5.752TORSIONAL
12B56X-RAY DIFFRACTION5.752TORSIONAL
21A1509X-RAY DIFFRACTION5.752TORSIONAL
22B1509X-RAY DIFFRACTION5.752TORSIONAL
31A364X-RAY DIFFRACTION5.752TORSIONAL
32B364X-RAY DIFFRACTION5.752TORSIONAL
41A558X-RAY DIFFRACTION5.752TORSIONAL
42B558X-RAY DIFFRACTION5.752TORSIONAL
51A944X-RAY DIFFRACTION5.752TORSIONAL
52B944X-RAY DIFFRACTION5.752TORSIONAL
61A274X-RAY DIFFRACTION5.752TORSIONAL
62B274X-RAY DIFFRACTION5.752TORSIONAL
71A60X-RAY DIFFRACTION5.752TORSIONAL
72B60X-RAY DIFFRACTION5.752TORSIONAL
81A1084X-RAY DIFFRACTION5.752TORSIONAL
82B1084X-RAY DIFFRACTION5.752TORSIONAL
91A144X-RAY DIFFRACTION5.752TORSIONAL
92B144X-RAY DIFFRACTION5.752TORSIONAL
101A1002X-RAY DIFFRACTION5.752TORSIONAL
102B1002X-RAY DIFFRACTION5.752TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8001-2.8610.42051380.37242616275499
2.861-2.92760.4221410.375626882829100
2.9276-3.00080.44711390.3642645278498
3.0008-3.08190.34921370.35132606274399
3.0819-3.17260.37441410.34682669281097
3.1726-3.27490.38951380.30972629276799
3.2749-3.3920.40781420.2762689283199
3.392-3.52770.32011390.249826382777100
3.5277-3.68820.30321390.24052650278997
3.6882-3.88260.27121410.23052674281597
3.8826-4.12570.24551370.18942601273896
4.1257-4.44410.21111410.17572677281898
4.4441-4.89090.22981400.16592662280297
4.8909-5.59770.23181410.18182675281696
5.5977-7.04890.24061420.21582716285897
7.0489-48.08540.21661470.19152811295894
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.71631.0998-0.71731.02150.17512.6504-0.33190.1423-0.3501-0.58060.1162-0.304-0.1330.24170.12881.0676-0.00270.00270.40130.05460.619311.81557.0126455.4745
21.00020.49910.47482.66960.36731.8422-0.0198-0.1973-0.06520.1522-0.0339-0.0574-0.0678-0.27530.08571.19370.02120.02920.41840.07010.5517-1.6939.1595472.0675
31.21330.16820.5492-0.0043-0.0092.7346-0.0479-0.6692-0.2944-0.1008-0.09330.06150.3163-0.49580.07850.98840.00340.01460.80280.21820.6995-3.08760.3962504.6895
49.04150.7053-0.6415.7426-0.10785.90710.2457-1.23420.21970.8712-0.09720.3521-0.48460.0078-0.09990.48810.0420.01460.7657-0.05760.729613.84161.9528578.9929
52.7542-1.17810.03081.8148-1.15561.03690.09340.07370.3067-0.1917-0.00140.0088-0.3631-0.2169-0.05861.2076-0.07350.04640.42290.10290.66089.825549.6249474.5022
62.1542-1.31340.21792.9293-0.59611.5016-0.0485-0.19630.2380.4446-0.0197-0.50560.1350.1360.08231.2524-0.081-0.08540.44210.07020.678923.389835.3359484.3001
70.3014-0.0039-0.07653.204-2.93163.52770.0418-0.4130.03930.3959-0.1319-0.2516-0.32760.17440.04520.8239-0.0098-0.05630.77690.05410.617124.115415.3493513.3896
88.01352.79211.15277.38772.68164.37740.6253-0.9647-0.4821.0069-0.5647-0.35350.7542-0.17870.0630.6051-0.0464-0.13370.72420.18920.716711.8715-24.04575.3012
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 8 through 127 )B8 - 127
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 128 through 290 )B128 - 290
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 291 through 521 )B291 - 521
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 530 through 682 )B530 - 682
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 10 through 127 )A10 - 127
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 128 through 290 )A128 - 290
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 291 through 523 )A291 - 523
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 530 through 682 )A530 - 682

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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