PDB-5lkg: Protruding domain of GII.17 norovirus Kawasaki308 in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lkg

タイトル

Protruding domain of GII.17 norovirus Kawasaki308 in complex with 2-fucosyllactose (2'FL)

要素

Capsid protein VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Norovirus / Virus capsid / HMO / Protruding domain / P domain

機能・相同性

機能・相同性情報

Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Norovirus Hu/GII/JP/2015/GII.P17_GII.17/Kawasaki308 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Singh, B.K. / Morozov, V. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: Virology / 年: 2017
タイトル: Human norovirus inhibition by a human milk oligosaccharide.
著者: Koromyslova, A. / Tripathi, S. / Morozov, V. / Schroten, H. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2016年7月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lkg.cif.gz	360.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lkg.ent.gz	296.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lkg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lkg_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lkg_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5lkg_validation.xml.gz	29.6 KB	表示
CIF形式データ	5lkg_validation.cif.gz	45 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/5lkg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/5lkg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lkcC 5n7mC 5fmoS 5hzb 5j35 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hza-d 5iyr-d 4opv-d 6gw1-d 2obs-1 3ony-2 3q6q-d 5f4m-d 4wze-d 4z4y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid protein VP1

B: Capsid protein VP1

ヘテロ分子

69.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.200, 86.680, 97.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Capsid protein VP1

分子量: 34315.203 Da / 分子数: 2 / 断片: Protruding domain, UNP residues 225-530 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Norovirus Hu/GII/JP/2015/GII.P17_GII.17/Kawasaki308 (ウイルス)
遺伝子: VP1 / 詳細 (発現宿主): MBP-HTSHP / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E4B1P1

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2DGalpb1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3/a4-b1_b2-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン

分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 608 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.33 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: Magnesium Chloride, PEG8000, Tris-HCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月24日

放射

モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97242 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→49.298 Å / Num. obs: 101935 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 18.85 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 11.98

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.5-1.54		0.792	2.25	0.821	1	95
1.54-1.58		0.654	3	0.863	1	98.1
1.58-1.62		0.554	3.76	0.89	1	98.6
1.62-1.67		0.493	4.72	0.889	1	98.6
1.67-1.73		0.376	5.7	0.924	1	98.1
1.73-1.79		0.283	7.71	0.956	1	99.1
1.79-1.86		0.231	8.99	0.968	1	98.9
1.86-1.93		0.26	9.15	0.954	1	95.3
1.93-2.02		0.15	11.99	0.986	1	99.3
2.02-2.12		0.11	14.39	0.989	1	99.3
2.12-2.23		0.104	14.89	0.991	1	97.8
2.23-2.37		0.092	17.38	0.99	1	98.2
2.37-2.53		0.073	19.77	0.995	1	99.8
2.53-2.74		0.067	21.02	0.995	1	99.6
2.74-3		0.061	22.16	0.996	1	99.1
3-3.35		0.055	23.7	0.997	1	98.2
3.35-3.87		0.051	24.97	0.997	1	99.2
3.87-4.74		0.044	26.06	0.998	1	99.3
4.74-6.7		0.042	24.99	0.998	1	98.4
	6.7	0.041	27.12	0.995	1	99.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.37 Å	49.3 Å
Translation	7.37 Å	49.3 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5FMO

5fmo

解像度: 1.51→49.298 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2039	4994	5 %
R_work	0.1632	-	-
obs	0.1653	99801	98.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.51→49.298 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4803	0	68	608	5479

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5053
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.243	6922
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.846	1842
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	765
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	921

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.51-1.5272	0.3252	165	0.249	3132	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5272-1.5451	0.3107	164	0.2363	3105	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5451-1.564	0.2758	165	0.2242	3129	X-RAY DIFFRACTION	99
1.564-1.5838	0.28	163	0.219	3111	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5838-1.6046	0.2856	166	0.1987	3137	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6046-1.6266	0.2369	164	0.1858	3125	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6266-1.6498	0.2213	165	0.172	3128	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6498-1.6745	0.2394	165	0.1707	3144	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6745-1.7006	0.2155	163	0.1613	3092	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7006-1.7285	0.2197	164	0.1562	3112	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7285-1.7583	0.2098	167	0.1474	3173	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7583-1.7903	0.1847	166	0.1373	3147	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7903-1.8247	0.2145	164	0.1406	3124	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8247-1.862	0.1788	168	0.1503	3184	X-RAY DIFFRACTION	99
1.862-1.9025	0.3387	160	0.2235	3035	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9025-1.9467	0.3014	160	0.2684	3042	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9467-1.9954	0.2201	166	0.1638	3153	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9954-2.0494	0.1875	168	0.1476	3173	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0494-2.1097	0.1979	168	0.1534	3196	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1097-2.1778	0.1873	166	0.1595	3154	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1778-2.2556	0.2665	163	0.222	3096	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2556-2.3459	0.2296	165	0.1635	3131	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3459-2.4527	0.203	170	0.1471	3217	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4527-2.582	0.2038	168	0.1539	3204	X-RAY DIFFRACTION	100
2.582-2.7437	0.2113	170	0.1586	3233	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7437-2.9555	0.2041	170	0.1626	3222	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9555-3.2529	0.1684	167	0.1555	3165	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2529-3.7235	0.1872	171	0.1574	3263	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7235-4.6906	0.1456	172	0.1335	3270	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6906-49.3246	0.1868	181	0.1525	3410	X-RAY DIFFRACTION	99

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