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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lk9 | ||||||
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タイトル | Dehaloperoxidase B from Amphitrite ornata: indazole complex | ||||||
![]() | Dehaloperoxidase B | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / indazole / dehaloperoxidase / heme | ||||||
機能・相同性 | ![]() oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chicano, T.M. / Dworkowski, F.S.N. / Hough, M.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Dehaloperoxidase B from Amphitrite ornata: indazole complex 著者: Chicano, T.M. / Hough, M.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 151.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 118.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 387分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/LZ1.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/LZ1.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.1 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 12 mg/ml protein in 20 mM cacodylate pH 6.4 Reservoir 18% PEG 4000, 200 mM ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月25日 |
放射 | モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9163 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.12→48.4 Å / Num. obs: 108968 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 50.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.12→1.15 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.926 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.576 / % possible all: 98.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.74 Å2 / Biso mean: 13.963 Å2 / Biso min: 6.96 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.12→48.38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.12→1.149 Å / Total num. of bins used: 20
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