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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lk6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a lipase carboxylesterase from Sulfolobus islandicus | ||||||
![]() | Alpha/beta hydrolase fold-3 domain protein | ||||||
![]() | HYDROLASE / Esterase / lipase / Sulfolobus / thermostable | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schwarz-Linnet, T. / Teilum, K. / Olsen, J.G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: EstA from Sufolobus islandicus is stabilized by mono-methylation of lysine residues 著者: Schwarz-Linnet, T. / Stiefler-Jensen, D. / de Lichetenberg, C. / Olsen, J.G. / Nguyen, T.T.T.N. / Rand, K.D. / Teilum, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 247.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 201.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 468.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 482.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 47.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 67.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3aikS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34540.410 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Hyperthermophil acidophil archea 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: REY15A / Cell: Prokaryot / 細胞株: E233S / 遺伝子: SiRe_0290 / プラスミド: pSeSD 詳細 (発現宿主): D-Arabinose inducible promoter, shuttle vector Cell (発現宿主): Prokaryot / 細胞株 (発現宿主): E233S 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): SiRe_0290 / Variant (発現宿主): REY15A / 参照: UniProt: F0NDQ1 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.34 % / 解説: Larger than 0.2 mm |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Hampton Reaserch Crystal Screen 2 (HR2-112) Condition #23. 1.6 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 10% v/v 1,4-Dioxane. Reservoir volume 600 uL. 2 uL of EstA 10 mg/mL in 50 mM ...詳細: Hampton Reaserch Crystal Screen 2 (HR2-112) Condition #23. 1.6 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 10% v/v 1,4-Dioxane. Reservoir volume 600 uL. 2 uL of EstA 10 mg/mL in 50 mM Tris pH 8, mixed with 2 uL of reservoir volume for hanging drop at room temperature. PH範囲: 6.5 / Temp details: Room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月31日 詳細: First mirror: Water-cooled vertically collimating cylindrical mirror (R = 7300 m). Second mirror: Toroid mirror for horizontal and vertical focusing (R = 3300 m, R = 27 mm). |
放射 | モノクロメーター: Water-cooled double-crystal monochromator, Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→29.42 Å / Num. obs: 79041 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rsym value: 0.136 / Net I/σ(I): 5.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 10.62 % / Rmerge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3AIK 解像度: 2.6→29.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 5.985 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.085 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.42 Å
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拘束条件 |
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