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万見
- PDB-5lk0: Structure of hantavirus envelope glycoprotein Gc in postfusion co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lk0
タイトルStructure of hantavirus envelope glycoprotein Gc in postfusion conformation in presence of 100 mM KCL
要素Envelopment polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Hantavirus / Glycoprotein / Viral fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


suppression by virus of host autophagy / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / induction by virus of host autophagy / virus-mediated perturbation of host defense response ...suppression by virus of host autophagy / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / induction by virus of host autophagy / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / signal transduction / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / : / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / Hantavirus glycoprotein Gn, base / ITAM motif hantavirus type profile. / Hantavirus glycoprotein Gc / : ...Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / : / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / Hantavirus glycoprotein Gn, base / ITAM motif hantavirus type profile. / Hantavirus glycoprotein Gc / : / Hantavirus glycoprotein Gc, N-terminal / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hantaan virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Guardado-Calvo, P. / Rey, F.A.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2016
タイトル: Mechanistic Insight into Bunyavirus-Induced Membrane Fusion from Structure-Function Analyses of the Hantavirus Envelope Glycoprotein Gc.
著者: Guardado-Calvo, P. / Bignon, E.A. / Stettner, E. / Jeffers, S.A. / Perez-Vargas, J. / Pehau-Arnaudet, G. / Tortorici, M.A. / Jestin, J.L. / England, P. / Tischler, N.D. / Rey, F.A.
履歴
登録2016年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Database references
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8853
ポリマ－54,2921
非ポリマー5942
水7,314406
1
A: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子

A: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子

A: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,6569
ポリマ－162,8753
非ポリマー1,7816
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area16370 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area51190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.536, 107.536, 127.888
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-504-

NA

21A-925-

HOH

31A-976-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Envelopment polyprotein / Glycoprotein precursor / M polyprotein / glycoprotein Gc


分子量: 54291.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hantaan virus (ウイルス) / 株: 76-118 / 遺伝子: GP / プラスミド: pMT / 細胞株 (発現宿主): S2 cells
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P08668
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10.7% (w/v) PEG 8000 0.1 M MES 6.5 7% (v/v) glycerol 0.1 M KCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976251 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月7日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976251 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→37.64 Å / Num. obs: 50655 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LJZ

5ljz


解像度: 1.8→37.64 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 18.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1957 2575 5.08 %
Rwork0.1653 --
obs0.1669 50654 98.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3159 0 39 406 3604
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093359
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1534548
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5791213
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055499
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006586
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7989-1.83350.25621590.20762552X-RAY DIFFRACTION96
1.8335-1.87090.26441560.19992635X-RAY DIFFRACTION98
1.8709-1.91160.2111410.1922670X-RAY DIFFRACTION99
1.9116-1.9560.19871330.18712679X-RAY DIFFRACTION98
1.956-2.00490.1811550.17052607X-RAY DIFFRACTION98
2.0049-2.05910.21921230.16212717X-RAY DIFFRACTION99
2.0591-2.11970.2121210.16172698X-RAY DIFFRACTION99
2.1197-2.18810.1931230.16072694X-RAY DIFFRACTION99
2.1881-2.26630.20171320.16952686X-RAY DIFFRACTION99
2.2663-2.35710.22311510.17092677X-RAY DIFFRACTION99
2.3571-2.46430.20441520.16952650X-RAY DIFFRACTION99
2.4643-2.59420.20531580.16762683X-RAY DIFFRACTION100
2.5942-2.75670.19191320.17162701X-RAY DIFFRACTION100
2.7567-2.96950.21251450.16742684X-RAY DIFFRACTION100
2.9695-3.26810.19971300.1622735X-RAY DIFFRACTION100
3.2681-3.74070.17551410.15462673X-RAY DIFFRACTION99
3.7407-4.71140.18321620.14812674X-RAY DIFFRACTION100
4.7114-37.64980.17481610.16762664X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.06350.1516-0.06860.5587-0.3650.5896-0.04710.3732-0.0481-0.48560.05110.0963-0.0197-0.03950.04040.2462-0.0041-0.04760.24040.00570.0978-9.2838-0.6194-39.0982
21.68441.86030.08682.05460.09540.00640.33540.8468-0.6804-1.21420.3233-0.4589-0.0132-0.03170.16350.96960.08680.01310.81860.09390.3829-15.21388.5737-56.9294
30.6841-0.2434-0.17360.6226-0.23610.5533-0.01270.05780.0596-0.13820.01160.1678-0.1127-0.1923-0.00520.1036-0.0162-0.01550.11490.02640.1366-16.42777.6195-11.2387
40.59220.12370.22120.01590.01830.0702-0.0572-1.4181-0.23190.5613-0.0321-0.05190.7072-0.1169-0.04230.78010.16650.15961.050.26140.5848-16.01550.944237.0236
50.7644-0.4292-0.15081.0239-0.28630.2049-0.1119-0.5425-0.09320.05960.10780.65160.0986-0.18250.168-0.02430.13210.14240.04220.05620.1255-16.1086.63548.0799
60.71240.0744-0.19671.01820.29020.47630.17230.3181-0.278-0.2290.10160.29140.2474-0.45170.0110.216-0.0473-0.07940.35170.03030.2382-18.13012.7046-33.1768
70.61470.07040.32240.53920.27532.01560.0156-0.01820.0114-0.00750.03880.10480.0201-0.11930.0010.08890.0099-0.00340.1050.02590.1758-12.03582.9884-6.0506
80.09050.1614-0.02580.2087-0.02450.0019-0.5824-1.38990.32291.04710.3714-0.139-0.8933-0.5366-0.35580.64950.31530.00720.8286-0.08130.1832-6.1617.023633.7394
90.4091-0.0779-0.22370.78260.33410.29190.02960.10870.05-0.1469-0.01540.1502-0.0673-0.0938-0.00060.10880.0082-0.02720.12980.02880.1405-11.7026.1228-19.0043
101.04710.23950.96890.88660.89691.26570.0598-0.0035-0.10590.0783-0.13220.04380.1743-0.3384-0.00970.1228-0.0459-0.02250.1788-0.03710.1831-22.2208-16.3096-19.4403
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 6:40)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 41:53)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 54:80)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 81:130)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 131:151)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 152:172)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 173:241)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 242:262)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 263:322)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 323:415)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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