PDB-5ljz: Structure of hantavirus envelope glycoprotein Gc in postfusion co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ljz

タイトル

Structure of hantavirus envelope glycoprotein Gc in postfusion conformation

要素

Envelopment polyprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Hantavirus / Glycoprotein / Viral fusion

機能・相同性

機能・相同性情報

suppression by virus of host autophagy / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / induction by virus of host autophagy / virus-mediated perturbation of host defense response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Hantaan virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Guardado-Calvo, P. / Rey, F.A.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2016
タイトル: Mechanistic Insight into Bunyavirus-Induced Membrane Fusion from Structure-Function Analyses of the Hantavirus Envelope Glycoprotein Gc.
著者: Guardado-Calvo, P. / Bignon, E.A. / Stettner, E. / Jeffers, S.A. / Perez-Vargas, J. / Pehau-Arnaudet, G. / Tortorici, M.A. / Jestin, J.L. / England, P. / Tischler, N.D. / Rey, F.A.

履歴

登録	2016年7月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月9日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ljz.cif.gz	194.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ljz.ent.gz	150.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ljz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ljz_validation.pdf.gz	884.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ljz_full_validation.pdf.gz	889.3 KB	表示
XML形式データ	5ljz_validation.xml.gz	22.4 KB	表示
CIF形式データ	5ljz_validation.cif.gz	33.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/5ljz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/5ljz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ljxC 5ljySC 5lk0C 5lk1C 5lk2C 5lk3C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lk0-1 5j81-1 5lk1-1 5g47-d 5j9h-1 1urz-1 30594 4ysz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Envelopment polyprotein

ヘテロ分子

55.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Envelopment polyprotein

ヘテロ分子

A: Envelopment polyprotein

ヘテロ分子

A: Envelopment polyprotein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
165 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.636, 107.636, 127.666
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-505- NA
2	1	A-960- HOH
3	1	A-1005- HOH
4	1	A-1015- HOH
5	1	A-1020- HOH
6	1	A-1032- HOH

#1: タンパク質

Envelopment polyprotein / Glycoprotein precursor / M polyprotein / glycoprotein Gc

分子量: 54291.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Hantaan virus (ウイルス) / 遺伝子: GP / プラスミド: pMT / 細胞株 (発現宿主): S2 cells
発現宿主:

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P08668

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸

分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM

#4: 化合物

ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン

分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.08 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 10.7% (w/v) PEG 8000 0.1M MES 6.5 7% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976251 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月7日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976251 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→37.64 Å / Num. obs: 72609 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 15.02 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.3_1471	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LJY

5ljy

解像度: 1.6→37.64 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 15.82

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1775	3690	5.08 %
R_work	0.1381	-	-
obs	0.1401	72584	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→37.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3176	0	51	445	3672

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	3433
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4	4650
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.693	1248
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	509
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	599

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6211	0.2595	154	0.1904	2589	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6211-1.6433	0.2153	136	0.1778	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6433-1.6667	0.247	159	0.1569	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6667-1.6916	0.1826	125	0.1393	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6916-1.718	0.2036	157	0.1287	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
1.718-1.7462	0.1814	136	0.1229	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7462-1.7763	0.1736	144	0.1127	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7763-1.8086	0.1858	123	0.1138	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8086-1.8434	0.162	132	0.1141	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8434-1.881	0.1588	153	0.1152	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
1.881-1.9219	0.1692	137	0.1116	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9219-1.9666	0.1613	137	0.1161	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9666-2.0158	0.1545	154	0.1075	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0158-2.0703	0.1673	153	0.1106	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0703-2.1312	0.1641	128	0.1165	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1312-2.2	0.1548	155	0.1174	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.2786	0.1749	142	0.1231	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2786-2.3699	0.1879	140	0.128	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3699-2.4777	0.1654	160	0.1331	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4777-2.6083	0.1755	138	0.1371	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6083-2.7717	0.1981	119	0.1501	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7717-2.9856	0.1917	132	0.1492	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9856-3.2859	0.1916	131	0.1507	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2859-3.761	0.1718	153	0.1462	2620	X-RAY DIFFRACTION	99
3.761-4.737	0.1629	144	0.1428	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
4.737-37.6522	0.1865	148	0.1664	2629	X-RAY DIFFRACTION	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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