PDB-5ljp: E20K/I59A/E72K/I92A/D126K/A142V FLAVODOXIN FROM ANABAENA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ljp

タイトル

E20K/I59A/E72K/I92A/D126K/A142V FLAVODOXIN FROM ANABAENA

要素

Flavodoxin

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / FLAVOPROTEIN / ELECTRON TRANSFER

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to iron ion starvation / electron transport chain / FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Nostoc sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Martinez-Julvez, M. / Sancho, J. / Lamazares, E.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Phys Chem Chem Phys / 年: 2017
タイトル: Direct examination of the relevance for folding, binding and electron transfer of a conserved protein folding intermediate.
著者: Lamazares, E. / Vega, S. / Ferreira, P. / Medina, M. / Galano-Frutos, J.J. / Martinez-Julvez, M. / Velazquez-Campoy, A. / Sancho, J.

履歴

登録	2016年7月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ljp.cif.gz	51 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ljp.ent.gz	34.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ljp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ljp_validation.pdf.gz	751.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ljp_full_validation.pdf.gz	751.2 KB	表示
XML形式データ	5ljp_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	5ljp_validation.cif.gz	13.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/5ljp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/5ljp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1flvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1czo-d 3esz-1 4j5d-d 1dx9-3 1r2i-d 1dx9-2 1d03-d 2bmv-d 1xq7-2 4eyv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (3) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Flavodoxin

ヘテロ分子

19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.919, 62.911, 64.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Flavodoxin 分子量: 18805.646 Da / 分子数: 1 / 変異: E20K/I59A/E72K/I92A/D126K/A142V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nostoc sp. (strain ATCC 29151 / PCC 7119) (バクテリア) 遺伝子: isiB / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A3E0
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.01 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 4000 26 % and TRIS/HCl 0,1 M, pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月4日 / 詳細: KB mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→64.65 Å / Num. obs: 62821 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 1.1→1.16 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / CC_1/2: 0.933 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
XDS		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1flv

1flv

解像度: 1.1→45.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / SU B: 0.421 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.031 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17605	3088	4.9 %	RANDOM
R_work	0.16011	-	-	-
obs	0.1609	59664	98.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.933 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.74 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→45.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1323	0	31	123	1477

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.02	1385
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.699	1.97	1879
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.993	3	2886
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.212	5	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.142	25.857	70
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.739	15	229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.966	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	198
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1600
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	320
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.242	1.186	673
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.226	1.184	672
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.886	1.787	840
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.887	1.788	841
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.173	1.403	712
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.174	1.404	711
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.243	2.021	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.681	10.753	1770
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.603	10.513	1739
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.1→1.129 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.206	244	-
R_work	0.207	4230	-
obs	-	-	97.09 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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