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- PDB-5lip: PSEUDOMONAS LIPASE COMPLEXED WITH RC-(RP, SP)-1,2-DIOCTYLCARBAMOY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lip
タイトルPSEUDOMONAS LIPASE COMPLEXED WITH RC-(RP, SP)-1,2-DIOCTYLCARBAMOYLGLYCERO-3-O-OCTYLPHOSPHONATE
要素TRIACYL-GLYCEROL HYDROLASE
キーワードLIPASE / PSEUDOMONADACEAE / COVALENT INTERMEDIATE / TRIGLYCERIDE ANALOGUE / ENANTIOSELECTIVITY
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipases, serine active site. / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OCP / Triacylglycerol lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Lang, D.A. / Dijkstra, B.W.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998
タイトル: Structural basis of the chiral selectivity of Pseudomonas cepacia lipase
著者: Lang, D.A. / Mannesse, M.L.M. / De Haas, G. / Verheij, H.M. / Dijkstra, B.W.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The Open Conformation of a Pseudomonas Lipase
著者: Schrag, J.D. / Li, Y. / Cygler, M. / Lang, D. / Burgdorf, T. / Hecht, H.J. / Schmid, R. / Schomburg, D. / Rydel, T.J. / Oliver, J.D. / Strickland, L.C. / Dunaway, C.M. / Larson, S.B. / Day, J. / McPherson, A.
#2: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1991
タイトル: Extracellular Lipase of Pseudomonas Sp. Strain Atcc 21808: Purification, Characterization, Crystallization, and Preliminary X-Ray Diffraction Data
著者: Kordel, M. / Hofmann, B. / Schomburg, D. / Schmid, R.D.
履歴
登録1997年9月2日処理サイト: BNL
改定 1.01998年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRIACYL-GLYCEROL HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7703
ポリマ－33,1511
非ポリマー6192
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.730, 46.420, 83.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.23, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 TRIACYL-GLYCEROL HYDROLASE / LIPASE


分子量: 33150.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cepacia (バクテリア)
細胞内の位置: EXTRACELLULAR / プラスミド: PHES12 / 発現宿主: Pseudomonas sp. (バクテリア) / 株 (発現宿主): 21808 / 参照: UniProt: P22088, triacylglycerol lipase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-OCP / OCTYL-PHOSPHINIC ACID 1,2-BIS-OCTYLCARBAMOYLOXY-ETHYL ESTER


分子量: 578.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H59N2O7P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE STARTING MATERIAL FOR THE INHIBITOR WAS RC-(RP,SP)-1,2- DIOCTYLCARBAMOYL-GLYCERO-3-O-P- ...THE STARTING MATERIAL FOR THE INHIBITOR WAS RC-(RP,SP)-1,2- DIOCTYLCARBAMOYL-GLYCERO-3-O-P-NITROPHENYL- OCTYLPHOSPHONATE. BY THE REACTION DESCRIBED IN THE JNRL ABOVE, THIS TURNED INTO RC-SP-1,2-DIOCTYLCARBAMOYL-GLYCERO-3-O-OCTYLPHOSPHONATE, COVALENTLY BOUND TO THE PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化pH: 4
詳細: 14 % ISOPROPANOL, 0.020 M CACL2, 0.1 M ACETATE, PH 4, pH 4.0
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 12 ℃ / pH: 9 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 mg/mlprotein1drop
220 mMglycine1drop
314 %isopropanol1reservoir
420 mM1reservoirCaCl2
5100 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. obs: 6515 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / Rsym value: 0.158 / % possible all: 87.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 22335 / Rmerge(I) obs: 0.092
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.158

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.843精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LIP

3lip


解像度: 2.9→8 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 0
詳細: THE CIS-PEPTIDE BOND VISIBLE IN THE HIGH RESOLUTION STRUCTURES COULD NOT BE KEPT AT 2.9 ANG.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 -9 %
Rwork0.206 --
obs0.206 6221 98.5 %
原子変位パラメータBiso mean: 7 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2335 0 39 4 2378
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.98
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.03 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数
Rfree0.27 -
Rwork0.23 623
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2OCP.PROOCP.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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