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- PDB-5li0: 70S ribosome from Staphylococcus aureus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5li0
タイトル70S ribosome from Staphylococcus aureus
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 19
  • (50S ribosomal protein ...) x 28
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
キーワードRIBOSOME / pathogenic ribosome / bL31 B-type
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding ...large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L31 type B / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily ...Ribosomal protein L31 type B / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S15, bacterial-type / L28p-like / : / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 superfamily / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6
類似検索 - ドメイン・相同性
OXYGEN ATOM / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL2 ...OXYGEN ATOM / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL31B / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL33B / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Khusainov, I. / Vicens, Q. / Bochler, A. / Grosse, F. / Myasnikov, A. / Menetret, J.F. / Chicher, J. / Marzi, S. / Romby, P. / Yusupova, G. ...Khusainov, I. / Vicens, Q. / Bochler, A. / Grosse, F. / Myasnikov, A. / Menetret, J.F. / Chicher, J. / Marzi, S. / Romby, P. / Yusupova, G. / Yusupov, M. / Hashem, Y.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2016
タイトル: Structure of the 70S ribosome from human pathogen Staphylococcus aureus.
著者: Iskander Khusainov / Quentin Vicens / Anthony Bochler / François Grosse / Alexander Myasnikov / Jean-François Ménétret / Johana Chicher / Stefano Marzi / Pascale Romby / Gulnara Yusupova ...著者: Iskander Khusainov / Quentin Vicens / Anthony Bochler / François Grosse / Alexander Myasnikov / Jean-François Ménétret / Johana Chicher / Stefano Marzi / Pascale Romby / Gulnara Yusupova / Marat Yusupov / Yaser Hashem /
要旨: Comparative structural studies of ribosomes from various organisms keep offering exciting insights on how species-specific or environment-related structural features of ribosomes may impact ...Comparative structural studies of ribosomes from various organisms keep offering exciting insights on how species-specific or environment-related structural features of ribosomes may impact translation specificity and its regulation. Although the importance of such features may be less obvious within more closely related organisms, their existence could account for vital yet species-specific mechanisms of translation regulation that would involve stalling, cell survival and antibiotic resistance. Here, we present the first full 70S ribosome structure from Staphylococcus aureus, a Gram-positive pathogenic bacterium, solved by cryo-electron microscopy. Comparative analysis with other known bacterial ribosomes pinpoints several unique features specific to S. aureus around a conserved core, at both the protein and the RNA levels. Our work provides the structural basis for the many studies aiming at understanding translation regulation in S. aureus and for designing drugs against this often multi-resistant pathogen.
履歴
登録2016年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: em_software / struct_conn / Item: _em_software.name
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.name
改定 1.32019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4050
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
a: 16S ribosomal RNA
b: 30S ribosomal protein S2
c: 30S ribosomal protein S3
d: 30S ribosomal protein S4
e: 30S ribosomal protein S5
f: 30S ribosomal protein S6
g: 30S ribosomal protein S7
h: 30S ribosomal protein S8
i: 30S ribosomal protein S9
j: 30S ribosomal protein S10
k: 30S ribosomal protein S11
l: 30S ribosomal protein S12
m: 30S ribosomal protein S13
n: 30S ribosomal protein S14 type Z
o: 30S ribosomal protein S15
p: 30S ribosomal protein S16
q: 30S ribosomal protein S17
r: 30S ribosomal protein S18
s: 30S ribosomal protein S19
t: 30S ribosomal protein S20
A: 23S ribosomal RNA
B: 5S ribosomal RNA
D: 50S ribosomal protein L2
E: 50S ribosomal protein L3
F: 50S ribosomal protein L4
G: 50S ribosomal protein L5
H: 50S ribosomal protein L6
M: 50S ribosomal protein L13
N: 50S ribosomal protein L14
O: 50S ribosomal protein L15
P: 50S ribosomal protein L16
Q: 50S ribosomal protein L17
R: 50S ribosomal protein L18
S: 50S ribosomal protein L19
T: 50S ribosomal protein L20
U: 50S ribosomal protein L21
V: 50S ribosomal protein L22
W: 50S ribosomal protein L23
X: 50S ribosomal protein L24
Y: 50S ribosomal protein L25
Z: 50S ribosomal protein L27
0: 50S ribosomal protein L28
1: 50S ribosomal protein L29
2: 50S ribosomal protein L30
3: 50S ribosomal protein L31 type B
4: 50S ribosomal protein L32
5: 50S ribosomal protein L33 2
6: 50S ribosomal protein L34
7: 50S ribosomal protein L35
8: 50S ribosomal protein L36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,097,74091
ポリマ－2,096,77750
非ポリマー96341
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area242610 Å2
ΔGint-2240 kcal/mol
Surface area785920 Å2
手法PISA

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 aAB

#1: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 500464.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: GenBank: 87201381
#21: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 945058.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: GenBank: 87201381
#22: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 36692.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: GenBank: 87201381

-
30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 bcdefghijklmnopqrst

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 29136.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FZ25
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 24143.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW12
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 22920.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FXK6
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17639.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW23
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 11368.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2G113
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17167.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: P48940
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14723.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW20
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14440.450 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW39
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11600.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q931G5
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 12562.294 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW31
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 15131.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q5HID0
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 13487.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW30
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7186.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW19
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10503.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2G2Q1
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 10122.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FZ45
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 10065.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW15
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 8418.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2G111
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 9605.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW10
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 8708.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FXY6

+
50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 DEFGHMNOPQRSTUVWXYZ012345678

#23: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29956.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: P60430
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 23499.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW06
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 21666.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW07
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 18729.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW18
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 18296.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW21
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16359.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW38
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13157.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW16
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 14193.304 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: P0A0F8
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15943.755 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW13
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13420.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW33
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 13124.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW22
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 12594.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FZ42
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13459.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FXQ1
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11354.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FXS8
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12328.358 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW11
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10380.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW08
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 10976.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW17
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 10522.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2G0S0
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 8911.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FXT0
#42: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L28


分子量: 5312.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FZ60
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7660.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW14
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6305.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: P0A0G2
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L31 type B


分子量: 9737.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FWD8
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6397.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FZF1
#47: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33 2


分子量: 4711.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FY22
#48: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5323.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FUQ0
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 6985.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FXQ0
#50: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4318.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW29

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非ポリマー , 4種, 203分子

#51: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#52: 化合物
ChemComp-O / OXYGEN ATOM / オキシド


分子量: 15.999 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#53: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#54: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 70S ribosome from Staphylococcus aureus / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#50
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 5 mM Hepes-KOH pH 7.5 50 mM KCl 10 mM NH4Cl 10 mM Mg(OAc)2 1 mM DTT
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot force 5, blot waiting time 30 s

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3850
画像スキャン動画フレーム数/画像: 17 / 利用したフレーム数/画像: 2-8

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_2341: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Xmipp3粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7VMD1.9.2モデルフィッティング
8NAMD2モデルフィッティング
10PHENIX1.10.1-2155モデル精密化
11PHENIXdev-2341モデル精密化
12ERRASER1.10.1-2155モデル精密化
13RELION1.3初期オイラー角割当
14RELION1.3最終オイラー角割当
15RELION1.3分類
16RELION1.3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 423497
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 110000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 8 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.011246899
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.183443889
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.669107275
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05529332
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00621135

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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