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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5li0 | ||||||
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タイトル | 70S ribosome from Staphylococcus aureus | ||||||
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![]() | RIBOSOME / pathogenic ribosome / bL31 B-type | ||||||
機能・相同性 | ![]() large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding ...large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
![]() | Khusainov, I. / Vicens, Q. / Bochler, A. / Grosse, F. / Myasnikov, A. / Menetret, J.F. / Chicher, J. / Marzi, S. / Romby, P. / Yusupova, G. ...Khusainov, I. / Vicens, Q. / Bochler, A. / Grosse, F. / Myasnikov, A. / Menetret, J.F. / Chicher, J. / Marzi, S. / Romby, P. / Yusupova, G. / Yusupov, M. / Hashem, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the 70S ribosome from human pathogen Staphylococcus aureus. 著者: Iskander Khusainov / Quentin Vicens / Anthony Bochler / François Grosse / Alexander Myasnikov / Jean-François Ménétret / Johana Chicher / Stefano Marzi / Pascale Romby / Gulnara Yusupova ...著者: Iskander Khusainov / Quentin Vicens / Anthony Bochler / François Grosse / Alexander Myasnikov / Jean-François Ménétret / Johana Chicher / Stefano Marzi / Pascale Romby / Gulnara Yusupova / Marat Yusupov / Yaser Hashem / ![]() ![]() 要旨: Comparative structural studies of ribosomes from various organisms keep offering exciting insights on how species-specific or environment-related structural features of ribosomes may impact ...Comparative structural studies of ribosomes from various organisms keep offering exciting insights on how species-specific or environment-related structural features of ribosomes may impact translation specificity and its regulation. Although the importance of such features may be less obvious within more closely related organisms, their existence could account for vital yet species-specific mechanisms of translation regulation that would involve stalling, cell survival and antibiotic resistance. Here, we present the first full 70S ribosome structure from Staphylococcus aureus, a Gram-positive pathogenic bacterium, solved by cryo-electron microscopy. Comparative analysis with other known bacterial ribosomes pinpoints several unique features specific to S. aureus around a conserved core, at both the protein and the RNA levels. Our work provides the structural basis for the many studies aiming at understanding translation regulation in S. aureus and for designing drugs against this often multi-resistant pathogen. | ||||||
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 200.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 350.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 aAB
#1: RNA鎖 | 分子量: 500464.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: GenBank: 87201381 |
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#21: RNA鎖 | 分子量: 945058.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() 参照: GenBank: 87201381 |
#22: RNA鎖 | 分子量: 36692.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: GenBank: 87201381 |
-30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 bcdefghijklmnopqrst
#2: タンパク質 | 分子量: 29136.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2FZ25 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 24143.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2FW12 |
#4: タンパク質 | 分子量: 22920.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2FXK6 |
#5: タンパク質 | 分子量: 17639.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2FW23 |
#6: タンパク質 | 分子量: 11368.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2G113 |
#7: タンパク質 | 分子量: 17167.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P48940 |
#8: タンパク質 | 分子量: 14723.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2FW20 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14440.450 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2FW39 |
#10: タンパク質 | 分子量: 11600.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q931G5 |
#11: タンパク質 | 分子量: 12562.294 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2FW31 |
#12: タンパク質 | 分子量: 15131.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q5HID0 |
#13: タンパク質 | 分子量: 13487.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2FW30 |
#14: タンパク質 | 分子量: 7186.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2FW19 |
#15: タンパク質 | 分子量: 10503.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2G2Q1 |
#16: タンパク質 | 分子量: 10122.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2FZ45 |
#17: タンパク質 | 分子量: 10065.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2FW15 |
#18: タンパク質 | 分子量: 8418.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2G111 |
#19: タンパク質 | 分子量: 9605.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2FW10 |
#20: タンパク質 | 分子量: 8708.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2FXY6 |
+50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 DEFGHMNOPQRSTUVWXYZ012345678
-非ポリマー , 4種, 203分子 






#51: 化合物 | ChemComp-MG / #52: 化合物 | ChemComp-O / #53: 化合物 | ChemComp-ZN / | #54: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: 70S ribosome from Staphylococcus aureus / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#50 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 5 mM Hepes-KOH pH 7.5 50 mM KCl 10 mM NH4Cl 10 mM Mg(OAc)2 1 mM DTT |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot force 5, blot waiting time 30 s |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: DARK FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3850 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 17 / 利用したフレーム数/画像: 2-8 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_2341: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 423497 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 110000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 8 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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