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- PDB-5lhd: Structure of glycosylated human aminopeptidase N -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lhd
タイトルStructure of glycosylated human aminopeptidase N
要素Aminopeptidase N
キーワードHYDROLASE / Human aminopeptidase N / CD13 / metalloprotease
機能・相同性
機能・相同性情報


alanyl aminopeptidase activity / membrane alanyl aminopeptidase / peptide catabolic process / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / angiotensin maturation / peptide binding / secretory granule membrane ...alanyl aminopeptidase activity / membrane alanyl aminopeptidase / peptide catabolic process / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / angiotensin maturation / peptide binding / secretory granule membrane / metallopeptidase activity / signaling receptor activity / virus receptor activity / angiogenesis / cell differentiation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zincin-like fold - #20 / Immunoglobulin-like - #1910 / Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / : / ERAP1-like C-terminal domain / Zincin-like fold / tricorn interacting facor f3 domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase ...Zincin-like fold - #20 / Immunoglobulin-like - #1910 / Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / : / ERAP1-like C-terminal domain / Zincin-like fold / tricorn interacting facor f3 domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Alpha Horseshoe / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Recacha, R. / Mudgal, G. / Santiago, C. / Casasnovas, J.M.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of ScienceBFU2011-23940 and BIO2014-52683-R スペイン
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Allosteric inhibition of aminopeptidase N functions related to tumor growth and virus infection.
著者: Santiago, C. / Mudgal, G. / Reguera, J. / Recacha, R. / Albrecht, S. / Enjuanes, L. / Casasnovas, J.M.
履歴
登録2016年7月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Database references
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_chiral.details / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminopeptidase N
B: Aminopeptidase N
C: Aminopeptidase N
D: Aminopeptidase N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)454,60689
ポリマ－431,8554
非ポリマー22,75185
水11,980665
1
A: Aminopeptidase N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,37027
ポリマ－107,9641
非ポリマー5,40726
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Aminopeptidase N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,93922
ポリマ－107,9641
非ポリマー4,97521
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Aminopeptidase N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,98523
ポリマ－107,9641
非ポリマー7,02122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Aminopeptidase N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,31217
ポリマ－107,9641
非ポリマー5,34816
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.093, 168.856, 244.249
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Aminopeptidase N / hAPN / Alanyl aminopeptidase / Aminopeptidase M / AP-M / Microsomal aminopeptidase / Myeloid plasma ...hAPN / Alanyl aminopeptidase / Aminopeptidase M / AP-M / Microsomal aminopeptidase / Myeloid plasma membrane glycoprotein CD13 / gp150


分子量: 107963.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANPEP, APN, CD13, PEPN
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P15144, membrane alanyl aminopeptidase

-
糖 , 8種, 35分子

#2: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4) ...beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3[DManpb1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4) ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-6)-[beta-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-6)-[beta-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3DManpb1-6[DManpb1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3[DManpb1-6]DManpb1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d3-e1_d6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 715分子

#10: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#11: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 665 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.66 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50 mM Imidazol-HCl pH 8.0, 20% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 160764 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→19.973 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.8 / 位相誤差: 23.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2141 15393 5.02 %
Rwork0.1815 --
obs0.1831 306485 98.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.973 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29175 0 1491 665 31331
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00331497
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77942928
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.40911882
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0544927
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035348
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.62950.32315370.27619656X-RAY DIFFRACTION99
2.6295-2.66030.29435120.25879656X-RAY DIFFRACTION98
2.6603-2.69270.30394910.26249731X-RAY DIFFRACTION98
2.6927-2.72670.30234500.2659605X-RAY DIFFRACTION97
2.7267-2.76250.30624950.25299616X-RAY DIFFRACTION97
2.7625-2.80030.3075130.24629506X-RAY DIFFRACTION97
2.8003-2.84010.26924600.23679796X-RAY DIFFRACTION99
2.8401-2.88240.27125450.23229774X-RAY DIFFRACTION99
2.8824-2.92730.28924980.24119715X-RAY DIFFRACTION99
2.9273-2.97520.27244890.23139796X-RAY DIFFRACTION99
2.9752-3.02630.27275580.23059779X-RAY DIFFRACTION99
3.0263-3.08110.25814680.23229787X-RAY DIFFRACTION99
3.0811-3.14020.29954800.22099791X-RAY DIFFRACTION99
3.1402-3.2040.2585280.22259853X-RAY DIFFRACTION99
3.204-3.27340.25375470.22199632X-RAY DIFFRACTION99
3.2734-3.34920.25635760.21289751X-RAY DIFFRACTION99
3.3492-3.43250.23375190.20589791X-RAY DIFFRACTION99
3.4325-3.52490.235170.20339543X-RAY DIFFRACTION97
3.5249-3.6280.22314910.19389561X-RAY DIFFRACTION97
3.628-3.74440.2115370.17999610X-RAY DIFFRACTION98
3.7444-3.87720.21155510.18059713X-RAY DIFFRACTION99
3.8772-4.03130.20565670.16999752X-RAY DIFFRACTION99
4.0313-4.21310.16484870.14949806X-RAY DIFFRACTION99
4.2131-4.43290.17245650.13889748X-RAY DIFFRACTION99
4.4329-4.70730.16235060.12939785X-RAY DIFFRACTION99
4.7073-5.06520.17454580.149749X-RAY DIFFRACTION98
5.0652-5.5650.17114990.14919477X-RAY DIFFRACTION96
5.565-6.34750.21155000.16839844X-RAY DIFFRACTION100
6.3475-7.91360.18695220.16259763X-RAY DIFFRACTION99
7.9136-19.97350.1495270.13499506X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.51570.79420.49052.37670.04781.7852-0.0424-0.05050.1492-0.03530.0070.4081-0.0207-0.33630.03660.26350.0213-0.01940.4402-0.02990.3309-32.565412.856146.696
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112.274-0.80210.22532.3292-0.86882.12170.04980.0220.105-0.24760.018-0.3479-0.00280.4261-0.03920.3616-0.08630.09530.4882-0.0560.418755.2973-44.240837.987
121.31750.3251-0.02630.9298-0.12681.56870.02560.0257-0.1454-0.0770.0782-0.00230.0806-0.1702-0.10350.35120.0220.01570.35310.02680.295922.2902-55.619332.4922
131.12640.7748-0.62410.9969-0.12412.36230.0450.17710.0194-0.12090.06370.1574-0.1048-0.5523-0.11340.47450.011-0.07820.55710.03820.378113.3468-51.55546.7035
141.77650.8575-0.4382.58110.45342.50440.1311-0.072-0.24970.41310.0657-0.48420.53850.3493-0.18870.65080.0657-0.12280.4216-0.01910.389134.8386-57.58523.8022
152.53311.08170.84881.06090.58711.6679-0.21630.15170.1043-0.58570.08980.1997-0.065-0.06420.14080.88690.0081-0.00590.72660.06580.706125.0517-41.72125.9535
161.50540.44980.00682.038-0.17831.69540.0939-0.2065-0.08890.1297-0.0925-0.4677-0.18970.63710.01920.3385-0.1086-0.06870.68990.02270.452256.2408-40.888689.7669
171.0674-0.24390.03640.79550.08711.4180.0254-0.10080.0790.08470.02740.0451-0.2394-0.1559-0.0530.4079-0.0429-0.010.43460.00920.300923.2135-29.694996.5322
181.1046-0.79360.60580.9043-0.04662.4002-0.0126-0.2154-0.0620.0860.20440.19960.0564-0.6168-0.18230.421-0.00010.11650.57930.0350.355314.9903-33.8266122.5615
191.0667-0.59030.82373.4745-0.78512.55190.00860.02890.1831-0.4027-0.0612-0.6663-0.41130.3220.06310.5650.00910.16040.4964-0.0580.436536.0284-26.5666125.0947
201.9443-1.0493-0.52221.6770.70930.64980.0173-0.4675-0.04020.37750.17730.0692-0.02540.2177-0.17150.7791-0.0112-0.04270.99220.1080.552933.103-42.978398.0337
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resseq 63:286)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' and resseq 287:652)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'A' and resseq 653:802)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'A' and resseq 803:967)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'A' and resseq 1281:8181)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'B' and resseq 64:286)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'B' and resseq 287:652)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'B' and resseq 653:802)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain 'B' and resseq 803:967)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain 'B' and resseq 1281:8181)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain 'C' and resseq 63:286)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain 'C' and resseq 287:652)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain 'C' and resseq 653:802)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain 'C' and resseq 803:967)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain 'C' and resseq 1281:7356)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain 'D' and resseq 64:286)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain 'D' and resseq 287:652)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain 'D' and resseq 653:802)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain 'D' and resseq 803:967)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain 'D' and resseq 1281:8181)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る