PDB-5lgx: Structure of Oxidised Pentaerythritol Tetranitrate Reductase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lgx

タイトル

Structure of Oxidised Pentaerythritol Tetranitrate Reductase

要素

Pentaerythritol tetranitrate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PETNR / PETN reductase / FMN

機能・相同性

機能・相同性情報

FMN binding / oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter cloacae (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Kwon, H. / Smith, O.M. / Moody, P.C.E.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Combining X-ray and neutron crystallography with spectroscopy.
著者: Kwon, H. / Smith, O. / Raven, E.L. / Moody, P.C.

履歴

登録	2016年7月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月1日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lgx.cif.gz	105.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lgx.ent.gz	76.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lgx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lgx_validation.pdf.gz	785.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lgx_full_validation.pdf.gz	793.2 KB	表示
XML形式データ	5lgx_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	5lgx_validation.cif.gz	36.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/5lgx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/5lgx	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5lgzC 1h50S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6gia-d 1h62-d 5lgz-d 1gvq-d 3p81-d 3p84-d 3p8j-d 1h50-d 1vys-d 3kft-2 1h63-d 1h60-d 1gvs-d 3p8i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pentaerythritol tetranitrate reductase

ヘテロ分子

40 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.760, 68.587, 88.574
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Pentaerythritol tetranitrate reductase 分子量: 39316.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア) 遺伝子: onr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P71278
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 618 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25 % PEG 3000, 0.1 M sodium citrate, 0.1 M cacodylate pH 6.2, 17 % isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→20.82 Å / Num. obs: 53305 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 1.49→1.52 Å / R_merge(I) obs: 0.44

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1H50

1h50

解像度: 1.5→20.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 1.553 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20016	2715	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15584	-	-	-
obs	0.15811	50507	93.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.637 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.27 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.5→20.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2769	0	47	618	3434

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	3048
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2892
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.082	1.974	4167
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.123	3	6648
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.683	5	401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.563	23.732	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.033	15	488
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.734	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.133	0.2	453
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.021	3601
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	706
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.052	0.837	1541
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.046	0.836	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.599	1.256	1954
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.598	1.256	1955
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.631	0.973	1507
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.631	0.975	1508
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.484	1.401	2211
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.584	9.275	4268
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.584	9.28	4269
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.495→1.534 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	163	-
R_work	0.261	3118	-
obs	-	-	79.19 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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