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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5lgp | |||||||||
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Title | Crystal structure of mouse CARM1 in complex with ligand P1C3s | |||||||||
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![]() | TRANSFERASE / PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE / CATALYTIC DOMAIN / CHROMATIN REGULATOR / MRNA PROCESSING / MRNA SPLICING / NUCLEUS / S-ADENOSYL-L-METHIONINE / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION | |||||||||
Function / homology | ![]() regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / mCRD-mediated mRNA stability complex / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / endochondral bone morphogenesis / translation activator activity / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / RMTs methylate histone arginines / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / type I protein arginine methyltransferase ...regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / mCRD-mediated mRNA stability complex / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / endochondral bone morphogenesis / translation activator activity / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / RMTs methylate histone arginines / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / Cytoprotection by HMOX1 / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / Estrogen-dependent gene expression / protein methyltransferase activity / Deadenylation of mRNA / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / replication fork reversal / histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / histone H3R8 methyltransferase activity / histone H3R26 methyltransferase activity / histone H3K37 methyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / histone H4K12 methyltransferase activity / poly(A) binding / positive regulation of cytoplasmic translation / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / histone H3K56 methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / mRNA stabilization / histone H2AQ104 methyltransferase activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / poly(U) RNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / histone methyltransferase activity / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Translation initiation complex formation / cell leading edge / nuclear replication fork / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / positive regulation of fat cell differentiation / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / positive regulation of viral genome replication / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / protein localization to chromatin / estrogen receptor signaling pathway / catalytic step 2 spliceosome / mRNA 3'-UTR binding / : / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / mRNA splicing, via spliceosome / RNA polymerase II transcription regulator complex / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / lamellipodium / methylation / transcription coactivator activity / cell population proliferation / transcription cis-regulatory region binding / ribonucleoprotein complex / focal adhesion / mRNA binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Marechal, N. / Troffer-Charlier, N. / Cura, V. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Transition state mimics are valuable mechanistic probes for structural studies with the arginine methyltransferase CARM1. Authors: van Haren, M.J. / Marechal, N. / Troffer-Charlier, N. / Cianciulli, A. / Sbardella, G. / Cavarelli, J. / Martin, N.I. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 801.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 685.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5lgqC ![]() 5lgrC ![]() 5lgsC ![]() 5ih3S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 40850.457 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase #2: Protein/peptide | Mass: 1394.643 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically Details: URG is a modified ARG residue ARP is an acetylated PRO residue Source: (synth.) ![]() #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-8ZB / ( #5: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: 100 mM Tris-HCl pH 8.5 16% PEG 3350 200 mM A.S. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 7, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.04→48 Å / Num. obs: 98498 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 31.63 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 9.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.04→2.07 Å / Redundancy: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 2.331 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / CC1/2: 0.313 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5IH3 Resolution: 2.04→48 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / Phase error: 22.65
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.04→48 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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