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- PDB-5lgk: Crystal structure of the human IgE-Fc bound to its B cell recepto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lgk
タイトルCrystal structure of the human IgE-Fc bound to its B cell receptor derCD23
要素
  • Ig epsilon chain C region
  • Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / IMMUNOGLOBULIN FOLD LECTIN / ANTIBODY RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


low-affinity IgE receptor activity / IgE B cell receptor complex / adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / type I hypersensitivity / B cell antigen processing and presentation / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / eosinophil degranulation ...low-affinity IgE receptor activity / IgE B cell receptor complex / adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / type I hypersensitivity / B cell antigen processing and presentation / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / マクロファージ / IgE binding / type 2 immune response / positive regulation of killing of cells of another organism / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / 抗体依存性細胞傷害 / mast cell degranulation / B cell proliferation / immunoglobulin complex, circulating / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / immunoglobulin receptor binding / Interleukin-10 signaling / macrophage differentiation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / complement activation, classical pathway / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / FCERI mediated MAPK activation / B cell receptor signaling pathway / FCERI mediated NF-kB activation / integrin binding / antibacterial humoral response / carbohydrate binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / 獲得免疫系 / 免疫応答 / 炎症 / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
CD209-like, C-type lectin-like domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily ...CD209-like, C-type lectin-like domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant epsilon / Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Dhaliwal, B. / Pang, M.O.Y. / Sutton, B.J.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom) 英国
Wellcome Trust 英国
Asthma UK 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: IgE binds asymmetrically to its B cell receptor CD23.
著者: Dhaliwal, B. / Pang, M.O. / Keeble, A.H. / James, L.K. / Gould, H.J. / McDonnell, J.M. / Sutton, B.J. / Beavil, A.J.
履歴
登録2016年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月12日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Advisory / Author supporting evidence
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ig epsilon chain C region
B: Ig epsilon chain C region
C: Ig epsilon chain C region
D: Ig epsilon chain C region
E: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor
F: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,58210
ポリマ－164,9676
非ポリマー1,6164
水0
1
A: Ig epsilon chain C region
B: Ig epsilon chain C region
E: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2915
ポリマ－82,4833
非ポリマー8082
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9060 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area37340 Å2
手法PISA
2
C: Ig epsilon chain C region
D: Ig epsilon chain C region
F: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2915
ポリマ－82,4833
非ポリマー8082
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8950 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area37850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.520, 85.320, 88.230
Angle α, β, γ (deg.)117.870, 90.320, 112.620
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Ig epsilon chain C region


分子量: 34271.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHE / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01854
#2: タンパク質 Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor / BLAST-2 / C-type lectin domain family 4 member J / Fc-epsilon-RII / Immunoglobulin E-binding factor ...BLAST-2 / C-type lectin domain family 4 member J / Fc-epsilon-RII / Immunoglobulin E-binding factor / Lymphocyte IgE receptor


分子量: 13940.530 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCER2, CD23A, CLEC4J, FCE2, IGEBF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06734
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.87 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15% (w/v) PEG 8,000, 0.1 M sodium citrate, 0.05 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→76 Å / Num. obs: 21032 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.319 / Net I/σ(I): 2.1
反射 シェル解像度: 3.5→3.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.758

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNT2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EZM, 2WQR and 4J6J

4ezm

2wqr

4j6j


解像度: 3.5→75.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.5353 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.4725 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.71
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2784 1087 5.2 %RANDOM
Rwork0.2659 ---
obs0.2665 20922 88.83 %-
原子変位パラメータBiso max: 300 Å2 / Biso mean: 36.63 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.8689 Å27.9391 Å27.5666 Å2
2---13.3133 Å2-8.9135 Å2
3---2.4444 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.947 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→75.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11314 0 106 0 11420
Biso mean--92.93 --
残基数----1430
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4042SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes267HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1698HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11711HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1576SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11221SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d11711HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg15920HARMONIC20.84
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.11
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.23
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.67 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2468 139 5.18 %
Rwork0.2411 2546 -
all0.2414 2685 -
obs--88.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.219-2.5736-0.21352.7771-1.2098-2.10020.00750.08880.1232-0.1672-0.00230.0558-0.0651-0.0076-0.0052-0.17040.2208-0.0857-0.009-0.04440.106430.8499-35.54921.8062
28.4668-0.49270.29692.97674.31815.915-0.07640.0202-0.33180.11390.026-0.03350.2359-0.03790.05030.18510.0746-0.07580.0171-0.04060.202137.6788-44.722327.7746
32.9665-5.45230.80966.1309-1.19366.2198-0.00410.1834-0.4548-0.1462-0.1903-0.23640.2905-0.13640.19440.15680.1597-0.03790.40370.03320.111335.9667-47.282923.215
45.46282.7117-1.49926.934.16066.6964-0.0609-0.0741-0.08370.07220.0632-0.07280.11250.1425-0.00230.1107-0.0107-0.1532-0.1339-0.12260.240728.3292-47.579728.766
56.59071.1161-0.94363.2486-3.5286-1.66230.12050.2736-0.0171-0.0855-0.27670.0518-0.04390.14710.1562-0.1758-0.22720.0778-0.0792-0.21570.0986.1156-28.711830.8463
64.1178-1.50013.71156.71541.30682.1749-0.00150.41260.4932-0.39780.04090.235-0.2925-0.4875-0.03940.3133-0.0411-0.17220.2886-0.09480.19612.6546-35.76121.6311
72.43593.4666-1.70676.7737-0.48276.9676-0.07130.6456-0.0771-0.6651-0.0021-0.00940.0744-0.04790.0734-0.38980.1185-0.1674-0.09210.03030.03849.1471-34.669726.2241
82.8898-0.3997-2.3547-0.8104-1.4236-1.11670.043-0.0559-0.00460.0411-0.0523-0.0031-0.068-0.02790.0093-0.1964-0.04810.0535-0.19080.18770.069415.4077-19.421745.0199
91.4524-0.7018-1.77860.6769-1.43553.3851-0.00150.04320.0181-0.13450.00850.2414-0.1268-0.0471-0.0070.17020.08060.0248-0.09210.10650.1545-4.62773.399838.5012
103.565-3.1066-3.28919.103-2.79283.52070.0475-0.03880.2333-0.0102-0.24830.3643-0.5173-0.58580.2008-0.2207-0.15670.1376-0.3056-0.0655-0.37511.2037-11.648141.9072
11-1.53271.2889-0.03737.4557-1.86441.6551-0.03440.0513-0.2896-0.0784-0.1059-0.10520.49490.15130.14040.08950.02230.09550.0275-0.0572-0.217734.6915-27.872225.3369
122.5621-1.9836-2.56210.2614-0.4346.76320.0114-0.0430.2251-0.0024-0.01470.4026-0.0745-0.12880.00330.14280.02210.24860.2648-0.01130.117637.6658-21.3231.6077
134.7447-2.3727-5.23853.9083-0.77558.66730.08250.31920.0247-0.52770.01450.1210.1032-0.1082-0.0970.1501-0.16260.14510.08210.158-0.252733.4162-24.472421.7859
143.6597-0.7152-3.67640.5696-2.65677.78660.0865-0.1383-0.10790.0173-0.04620.03810.02580.0719-0.04030.1009-0.01360.03880.25890.191-0.174912.8483-5.263110.4735
15-1.92490.79110.83571.47310.31798.9875-0.0456-0.0611-0.15910.0068-0.1066-0.11510.19360.1820.15220.012-0.16660.01830.02860.27-0.052416.9128-1.05233.1963
163.09680.369-0.42584.69520.691410.1081-0.05640.1042-0.1218-0.00690.0683-0.37390.2059-0.0034-0.0119-0.1689-0.13040.02260.00160.35930.015418.4282-2.55045.2382
171.3176-0.4166-0.3908-0.27770.37551.4833-0.0107-0.0087-0.04120.0002-0.0108-0.02790.07320.01210.02150.3846-0.0458-0.04840.06920.10270.319119.924-15.9502-4.4275
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17X-RAY DIFFRACTION17{ B|420 - B|424 }B420 - 424
18X-RAY DIFFRACTION18{ B|425 - B|486 }B425 - 486
19X-RAY DIFFRACTION19{ B|487 - B|515 }B487 - 515
20X-RAY DIFFRACTION20{ B|516 - B|540 }B516 - 540
21X-RAY DIFFRACTION21{ C|235 - C|295 }C235 - 295
22X-RAY DIFFRACTION22{ C|296 - C|331 }C296 - 331
23X-RAY DIFFRACTION23{ C|332 - C|362 }C332 - 362
24X-RAY DIFFRACTION24{ C|363 - C|383 }C363 - 383
25X-RAY DIFFRACTION25{ C|384 - C|393 }C384 - 393
26X-RAY DIFFRACTION26{ C|394 - C|435 }C394 - 435
27X-RAY DIFFRACTION27{ C|436 - C|444 }C436 - 444
28X-RAY DIFFRACTION28{ C|445 - C|471 }C445 - 471
29X-RAY DIFFRACTION29{ C|472 - C|509 }C472 - 509
30X-RAY DIFFRACTION30{ C|510 - C|540 }C510 - 540
31X-RAY DIFFRACTION31{ D|235 - D|278 }D235 - 278
32X-RAY DIFFRACTION32{ D|279 - D|341 }D279 - 341
33X-RAY DIFFRACTION33{ D|342 - D|348 }D342 - 348
34X-RAY DIFFRACTION34{ D|349 - D|391 }D349 - 391
35X-RAY DIFFRACTION35{ D|392 - D|418 }D392 - 418
36X-RAY DIFFRACTION36{ D|419 - D|437 }D419 - 437
37X-RAY DIFFRACTION37{ D|438 - D|458 }D438 - 458
38X-RAY DIFFRACTION38{ D|459 - D|477 }D459 - 477
39X-RAY DIFFRACTION39{ D|478 - D|521 }D478 - 521
40X-RAY DIFFRACTION40{ D|522 - D|540 }D522 - 540
41X-RAY DIFFRACTION41{ E|166 - E|182 }E166 - 182
42X-RAY DIFFRACTION42{ E|183 - E|193 }E183 - 193
43X-RAY DIFFRACTION43{ E|194 - E|200 }E194 - 200
44X-RAY DIFFRACTION44{ E|201 - E|207 }E201 - 207
45X-RAY DIFFRACTION45{ E|208 - E|224 }E208 - 224
46X-RAY DIFFRACTION46{ E|225 - E|229 }E225 - 229
47X-RAY DIFFRACTION47{ E|230 - E|238 }E230 - 238
48X-RAY DIFFRACTION48{ E|239 - E|243 }E239 - 243
49X-RAY DIFFRACTION49{ E|258 - E|270 }E258 - 270
50X-RAY DIFFRACTION50{ E|271 - E|284 }E271 - 284
51X-RAY DIFFRACTION51{ F|165 - F|173 }F165 - 173
52X-RAY DIFFRACTION52{ F|174 - F|179 }F174 - 179
53X-RAY DIFFRACTION53{ F|180 - F|189 }F180 - 189
54X-RAY DIFFRACTION54{ F|190 - F|203 }F190 - 203
55X-RAY DIFFRACTION55{ F|204 - F|210 }F204 - 210
56X-RAY DIFFRACTION56{ F|211 - F|218 }F211 - 218
57X-RAY DIFFRACTION57{ F|219 - F|229 }F219 - 229
58X-RAY DIFFRACTION58{ F|230 - F|242 }F230 - 242
59X-RAY DIFFRACTION59{ F|243 - F|273 }F243 - 273
60X-RAY DIFFRACTION60{ F|274 - F|284 }F274 - 284
61X-RAY DIFFRACTION61{ A|601 - A|601 }A601
62X-RAY DIFFRACTION62{ B|601 - B|603 }B601 - 603
63X-RAY DIFFRACTION63{ C|601 - C|601 }C601
64X-RAY DIFFRACTION64{ D|601 - D|603 }D601 - 603

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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