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- PDB-5lgj: THE CRYSTAL STRUCTURE OF IGE FC MUTANT - P333C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lgj
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF IGE FC MUTANT - P333C
要素(Ig epsilon chain C ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / type I hypersensitivity / B cell antigen processing and presentation / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / type 2 immune response ...adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / type I hypersensitivity / B cell antigen processing and presentation / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / type 2 immune response / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / mast cell degranulation / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / B cell proliferation / macrophage differentiation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / complement activation, classical pathway / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCERI mediated MAPK activation / B cell receptor signaling pathway / FCERI mediated NF-kB activation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / inflammatory response / immune response / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant epsilon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Dhaliwal, B. / Pang, M.O.Y. / Sutton, B.J.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom) 英国
Wellcome Trust 英国
Asthma UK 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: THE CRYSTAL STRUCTURE OF IGE FC MUTANT - P333C
著者: Dhaliwal, B. / Pang, M.O.Y. / Keeble, A.H. / Taylor, A.I. / James, L.K. / Gould, H.J. / McDonnell, J.M. / Beavil, A.J. / Sutton, B.J.
履歴
登録2016年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年10月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ig epsilon chain C region
B: Ig epsilon chain C region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,13111
ポリマ－71,1212
非ポリマー3,0119
水4,234235
1
A: Ig epsilon chain C region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1197
ポリマ－35,5321
非ポリマー1,5876
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ig epsilon chain C region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0124
ポリマ－35,5891
非ポリマー1,4233
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)129.450, 74.910, 79.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

-
Ig epsilon chain C ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ig epsilon chain C region


分子量: 35531.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHE / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01854
#2: タンパク質 Ig epsilon chain C region


分子量: 35588.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHE / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01854

-
糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d3-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-4)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-4)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-4]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 242分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.41 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 16% w/v PEG 8,000, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 0.2 M lithium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→67.5 Å / Num. obs: 24092 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.611

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ収集
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNT2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WQR

2wqr


解像度: 2.6→29.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9254 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8728 / SU R Cruickshank DPI: 0.668 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.855 / SU Rfree Blow DPI: 0.305 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.303
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2476 1223 5.09 %RANDOM
Rwork0.1879 ---
obs0.1909 24044 98.94 %-
原子変位パラメータBiso max: 211.02 Å2 / Biso mean: 57.46 Å2 / Biso min: 13.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.1765 Å20 Å20 Å2
2--0.5431 Å20 Å2
3----2.7196 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.338 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→29.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4875 0 195 235 5305
Biso mean--93.86 42.61 -
残基数----624
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1792SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes110HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes728HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5186HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion743SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5544SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5186HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7071HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.63
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.76
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.71 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2745 142 4.87 %
Rwork0.2276 2772 -
all0.2299 2914 -
obs--98.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.59541.84736.99772.89083.47519.95610.25990.4116-0.5296-0.3073-0.3359-0.2110.43020.60520.0760.108-0.00110.03640.37180.01320.129223.19099.213454.2513
22.4698-0.74921.10343.2076-0.21624.07090.2914-0.1854-0.3835-0.0872-0.06090.40850.2976-0.132-0.23050.0034-0.048600.07520.03350.127617.660314.78359.0996
30.712-11.5293.833227.3392-3.480300.204-0.14040.2216-2.1841-0.12351.342-0.282-0.6078-0.08051.07980.52030.04460.5911-0.02790.434321.157423.896231.5826
41.0222-4.0665-0.184611.78570.26259.39860.39830.20350.5744-0.66930.1297-1.1624-1.59720.3187-0.52790.372-0.06950.16090.0588-0.16260.427939.974413.053729.309
535.564657.8027-8.827298.6886-20.52373.016-0.55640.3336-2.0853-0.27230.4431-2.3371-0.15070.06130.11330.99360.31990.05730.5001-0.09831.076423.26135.583325.9396
63.87730.43661.89556.16830.55063.110.2730.30971.1688-0.9607-0.0255-0.5069-1.6953-0.0463-0.24761.36120.02830.26810.1080.04440.356435.309627.145231.4017
74.80390.39330.107810.29776.99673.23380.5339-0.28170.4777-0.69090.283-1.388-1.08170.0785-0.8170.57170.02210.25110.0525-0.01480.262538.755317.613134.9356
815.1221-18.25851.520424.6883.78095.2607-0.05830.45240.2682-0.7734-0.50590.4273-1.0586-0.32270.56421.03750.4810.20280.51360.02890.448625.466929.122237.2598
90.78990.47412.64212.6594-0.15580.02290.19910.02740.16610.226-0.02070.03490.290.3052-0.1784-0.0301-0.01450.06210.10330.03390.083534.6118-1.549416.7363
103.4077-0.00291.27031.86090.23841.57090.13780.16080.32590.1273-0.1976-0.1698-0.07930.01050.05980.08230.00380.02960.06820.02440.130139.8859-0.273915.9476
112.3534-2.35890.38975.67982.11383.63330.3747-0.1419-1.40160.1078-0.54591.1721.1923-0.61720.17130.3854-0.1415-0.23230.1414-0.00970.572613.16750.604747.8549
1221.5880.458425.522212.348711.10429.02190.6774-0.7404-0.6804-0.35280.1248-0.12390.5152-0.3302-0.80220.90770.2412-0.16190.2968-0.02410.534820.6093-3.940336.4272
136.4791-4.094-1.17489.03466.00030.7557-0.00910.1646-1.229-0.09090.08970.48480.5846-0.0577-0.08060.38570.2325-0.33410.361-0.15060.267518.48151.529645.2664
145.55982.3531-1.390212.77580.02261.35810.459-0.0756-1.21721.1034-0.87930.40330.3505-0.98620.42030.61810.0188-0.46090.473-0.35220.72859.74460.625840.6827
155.2181-5.9896-8.17233.62077.423915.91330.21370.15880.0438-0.076-0.0785-0.0565-0.2889-0.3959-0.13521.0334-0.0724-0.3370.673-0.08730.79839.673524.823531.9819
166.9221-2.061-0.80335.08370.25150.2192-0.0215-0.67130.27320.0493-0.0382-0.0817-0.0294-0.0050.0597-0.0878-0.0009-0.05970.1685-0.01190.17433.270113.508110.161
175.3725-1.0124.38814.69470.62550.176-0.1984-0.73760.3590.39450.1044-0.615-0.1059-0.65870.094-0.11710.0119-0.08320.272-0.03780.0455-1.912313.093115.2717
182.0694-0.70430.32731.0093-0.70880.68810.0473-0.03080.46520.0792-0.0973-0.0828-0.08040.09090.050.0839-0.0247-0.02740.1226-0.03350.168615.49137.058.7211
192.07620.15090.46062.2805-0.15652.8807-0.08730.27770.30960.20230.09190.0799-0.2755-0.1363-0.00460.00330.02230.04150.18380.02610.081719.4361-0.70279.3681
202.7727-0.05370.49161.655-0.68170.94620.06620.0916-0.2482-0.10810.06180.12420.23250.0019-0.1280.06050.0080.01790.11670.00180.208120.8044-9.83818.0607
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|228 - A|244 }A228 - 244
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|245 - A|329 }A245 - 329
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|334 - A|341 }A334 - 341
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|342 - A|362 }A342 - 362
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|363 - A|368 }A363 - 368
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|369 - A|396 }A369 - 396
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|397 - A|417 }A397 - 417
8X-RAY DIFFRACTION8{ A|418 - A|431 }A418 - 431
9X-RAY DIFFRACTION9{ A|432 - A|470 }A432 - 470
10X-RAY DIFFRACTION10{ A|471 - A|545 }A471 - 545
11X-RAY DIFFRACTION11{ B|231 - B|272 }B231 - 272
12X-RAY DIFFRACTION12{ B|273 - B|282 }B273 - 282
13X-RAY DIFFRACTION13{ B|283 - B|309 }B283 - 309
14X-RAY DIFFRACTION14{ B|310 - B|330 }B310 - 330
15X-RAY DIFFRACTION15{ B|331 - B|336 }B331 - 336
16X-RAY DIFFRACTION16{ B|337 - B|380 }B337 - 380
17X-RAY DIFFRACTION17{ B|381 - B|407 }B381 - 407
18X-RAY DIFFRACTION18{ B|408 - B|469 }B408 - 469
19X-RAY DIFFRACTION19{ B|470 - B|502 }B470 - 502
20X-RAY DIFFRACTION20{ B|503 - B|546 }B503 - 546

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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