ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.9_1692精密化 | XDS | | データ削減 | XSCALE | | データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5LFZ 解像度: 2.09→36.341 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.18
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2225 | 567 | 5.15 % |
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Rwork | 0.1847 | - | - |
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obs | 0.1868 | 11015 | 94.03 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.09→36.341 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1558 | 0 | 29 | 40 | 1627 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.006 | 1630 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.93 | 2225 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d14.889 | 594 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.037 | 257 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.004 | 284 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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2.0886-2.2987 | 0.2989 | 108 | 0.2087 | 2179 | X-RAY DIFFRACTION | 80 | 2.2987-2.6313 | 0.2568 | 131 | 0.2147 | 2719 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 2.6313-3.3148 | 0.2363 | 162 | 0.2038 | 2714 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 3.3148-36.3469 | 0.1998 | 166 | 0.1656 | 2836 | X-RAY DIFFRACTION | 98 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 11.2094 Å / Origin y: -3.4553 Å / Origin z: -14.5284 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.1409 Å2 | -0.0068 Å2 | 0.0162 Å2 | - | 0.2282 Å2 | 0.0252 Å2 | - | - | 0.2637 Å2 |
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L | 2.7145 °2 | 0.6097 °2 | 0.2756 °2 | - | 2.9798 °2 | 1.2516 °2 | - | - | 2.7399 °2 |
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S | 0.0221 Å ° | -0.0998 Å ° | -0.2167 Å ° | 0.0463 Å ° | 0.0377 Å ° | -0.1396 Å ° | -0.0357 Å ° | 0.1572 Å ° | -0.0413 Å ° |
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精密化 TLSグループ | Selection details: (chain A and resseq 18:216) |
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