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万見
- PDB-5lg5: Crystal structure of allantoin racemase from Pseudomonas fluoresc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lg5
タイトルCrystal structure of allantoin racemase from Pseudomonas fluorescens AllR
要素Allantoin racemase
キーワードISOMERASE / evolution of catalytic mechanisms / rate degradation / racemization intermediates / proton transfer / gene identification
機能・相同性
機能・相同性情報


Isomerases; Racemases and epimerases; Acting on other compounds / allantoin racemase / allantoin racemase activity / :
類似検索 - 分子機能
: / Rossmann fold - #12500 / : / Asp/Glu/hydantoin racemase / Asp/Glu/Hydantoin racemase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Allantoin racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cendron, l. / Zanotti, G. / Percudani, R. / Ragazzina, I. / Puggioni, V. / Maccacaro, E. / Liuzzi, A. / Secchi, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: The Structure and Function of a Microbial Allantoin Racemase Reveal the Origin and Conservation of a Catalytic Mechanism.
著者: Cendron, L. / Ramazzina, I. / Puggioni, V. / Maccacaro, E. / Liuzzi, A. / Secchi, A. / Zanotti, G. / Percudani, R.
履歴
登録2016年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / database_2
Item: _audit_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Allantoin racemase
B: Allantoin racemase
C: Allantoin racemase
D: Allantoin racemase
F: Allantoin racemase
G: Allantoin racemase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,0566
ポリマ－155,0566
非ポリマー00
水15,799877
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24150 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area41960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.220, 142.320, 146.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Allantoin racemase


分子量: 25842.611 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / プラスミド: pGEM-AllR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: E3SAZ9, allantoin racemase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 877 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2M CaCl2, 0.1M HEPES pH 7.5, 28% w/v PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.97372 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→39.78 Å / Num. obs: 74201 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.329 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FLD

5fld


解像度: 2.1→39.78 Å / SU ML: 0.24 / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.72
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2326 3716 5.05 %random selection
Rwork0.1858 ---
obs0.1882 73629 99.36 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10557 0 0 877 11434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810692
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22114540
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.673916
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0821775
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051888
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.12660.311530.2292543X-RAY DIFFRACTION100
2.1266-2.15460.31121350.21332507X-RAY DIFFRACTION97
2.1546-2.18410.25681470.21082532X-RAY DIFFRACTION100
2.1841-2.21530.29591330.21322590X-RAY DIFFRACTION99
2.2153-2.24840.27591090.20772527X-RAY DIFFRACTION98
2.2484-2.28350.22111300.19422570X-RAY DIFFRACTION100
2.2835-2.32090.28311510.1992526X-RAY DIFFRACTION98
2.3209-2.36090.28341310.2012570X-RAY DIFFRACTION100
2.3609-2.40390.25311290.19242566X-RAY DIFFRACTION99
2.4039-2.45010.24381200.19632575X-RAY DIFFRACTION99
2.4501-2.50010.21551130.18892622X-RAY DIFFRACTION99
2.5001-2.55440.23491340.18882532X-RAY DIFFRACTION99
2.5544-2.61380.25641380.18372584X-RAY DIFFRACTION99
2.6138-2.67920.24111440.19112540X-RAY DIFFRACTION100
2.6792-2.75160.24151340.18862610X-RAY DIFFRACTION99
2.7516-2.83260.26391500.19712555X-RAY DIFFRACTION100
2.8326-2.9240.24711380.20052589X-RAY DIFFRACTION99
2.924-3.02840.25121600.19612580X-RAY DIFFRACTION99
3.0284-3.14970.25751570.18562565X-RAY DIFFRACTION100
3.1497-3.29290.24041210.19182608X-RAY DIFFRACTION100
3.2929-3.46640.23351360.17322607X-RAY DIFFRACTION100
3.4664-3.68350.2071340.16832630X-RAY DIFFRACTION100
3.6835-3.96770.19631410.16462636X-RAY DIFFRACTION100
3.9677-4.36650.18331520.15462604X-RAY DIFFRACTION100
4.3665-4.99730.20181370.16782688X-RAY DIFFRACTION100
4.9973-6.2920.21861300.19882674X-RAY DIFFRACTION99
6.292-39.7870.21651590.18992783X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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