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- PDB-5lg1: Room temperature structure of human IgG4-Fc from crystals analyse... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lg1
タイトルRoom temperature structure of human IgG4-Fc from crystals analysed in situ
要素Ig gamma-4 chain C region
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody Immunoglobulin
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin complex / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade ...IgG immunoglobulin complex / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / FCGR3A-mediated phagocytosis / antigen binding / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / blood microparticle / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold ...Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Davies, A.M. / Rispens, T. / Ooijevaar-de Heer, P. / Aalberse, R.C. / Sutton, B.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G1100090 英国
引用ジャーナル: Mol. Immunol. / 年: 2016
タイトル: Room temperature structure of human IgG4-Fc from crystals analysed in situ.
著者: Davies, A.M. / Rispens, T. / Ooijevaar-de Heer, P. / Aalberse, R.C. / Sutton, B.J.
履歴
登録2016年7月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ig gamma-4 chain C region
B: Ig gamma-4 chain C region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4234
ポリマ－48,4972
非ポリマー2,9272
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7450 Å2
ΔGint64 kcal/mol
Surface area21560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.294, 81.934, 103.883
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ig gamma-4 chain C region


分子量: 24248.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HUMAN IGG 4 FC REGION / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01861
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1463.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4/a4-b1_a6-h1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.75 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES, 18-20% PEG 20 000

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→48.35 Å / Num. obs: 17764 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.7 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 8.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.433 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4c54

4c54


解像度: 2.7→48.349 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 位相誤差: 26.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2313 886 5.02 %
Rwork0.1753 --
obs0.1781 17653 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.349 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3260 0 198 20 3478
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033578
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.544915
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6482161
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04590
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003607
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7002-2.86940.39331590.33552710X-RAY DIFFRACTION99
2.8694-3.09090.30511440.28962753X-RAY DIFFRACTION99
3.0909-3.40190.29051260.22832781X-RAY DIFFRACTION100
3.4019-3.8940.24461590.1882775X-RAY DIFFRACTION100
3.894-4.90520.1821580.13862804X-RAY DIFFRACTION100
4.9052-48.35710.20751400.13762944X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.34040.40470.60642.22260.15930.6576-0.08050.32060.0353-0.27470.0553-0.0815-0.03940.241-00.5463-0.04670.11510.66010.05130.511139.672166.0523-3.0347
20.98780.1899-0.2512.08430.6950.368-0.1149-0.00680.2110.24430.0669-0.35080.01540.05210.00780.533-0.02770.00410.48840.08890.498342.542475.780920.2219
30.9992-1.0908-0.32471.5260.97971.2958-0.2186-0.0644-0.23650.41070.0044-0.3330.27560.0986-00.6647-0.0446-0.07610.50960.06260.479842.78771.91228.533
40.1752-0.084-0.02650.79520.38010.1755-0.46480.49430.5783-0.05820.37390.3358-0.07320.4701-0.01890.8741-0.1846-0.29820.94190.01260.84121.307396.322412.7079
50.1033-0.02490.09090.0333-0.04440.0913-0.24040.1310.4725-0.4457-0.14350.5111-0.53050.0671-0.00281.2306-0.1589-0.51231.09260.28841.152415.505998.6153-2.2426
60.0509-0.09910.02390.28130.0960.23070.51650.0426-0.4388-0.2869-0.34370.0885-0.9380.42530.00011.3044-0.1955-0.35761.36480.26631.676919.404100.7392.3204
70.29830.08670.3510.31540.09540.4003-0.279-0.13970.2381-0.4974-0.04990.687-0.14420.1711-0.00261.0568-0.1462-0.34021.0006-0.03651.05414.909493.99277.2079
80.2263-0.5368-0.07861.61920.6830.8547-0.1677-0.12290.04530.27740.16850.01120.3043-0.0371-00.619-0.0407-0.13890.7022-0.02870.714434.113883.934532.354
90.8676-0.9765-0.30421.2625-0.02390.8218-0.0684-0.21150.28730.1304-0.0143-0.16960.035-0.0620.00010.6131-0.055-0.13380.5658-0.05210.664435.496188.567729.4312
100.2806-0.09040.06740.7623-0.51460.3585-0.059-0.24410.43350.48770.18550.0619-0.12610.08870.16150.6625-0.0699-0.14870.6804-0.20890.590330.283393.041836.7575
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 236 through 325 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 326 through 383 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 384 through 444 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 237 through 266 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 267 through 279 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 280 through 299 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 300 through 336 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 337 through 361 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 362 through 418 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 419 through 444 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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