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万見
- PDB-5lfk: Crystal structure of CpxAHDC (hemiphosphorylated form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lfk
タイトルCrystal structure of CpxAHDC (hemiphosphorylated form)
要素(Sensor histidine kinase CpxA) x 2
キーワードTRANSFERASE / Two-Componet Systems / Histidine Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


cell adhesion involved in biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / histidine kinase / phosphoprotein phosphatase activity / phosphorelay sensor kinase activity / response to radiation / signal transduction / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Two-component sensor protein CpxA, periplasmic domain / Two-component sensor protein CpxA, periplasmic domain superfamily / Two-component sensor protein CpxA, periplasmic domain / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain ...Two-component sensor protein CpxA, periplasmic domain / Two-component sensor protein CpxA, periplasmic domain superfamily / Two-component sensor protein CpxA, periplasmic domain / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Sensor histidine kinase CpxA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.094 Å
データ登録者Mechaly, A.E. / Alzari, P.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Coupling between Autokinase and Phosphotransferase Reactions in a Bacterial Histidine Kinase.
著者: Mechaly, A.E. / Soto Diaz, S. / Sassoon, N. / Buschiazzo, A. / Betton, J.M. / Alzari, P.M.
履歴
登録2016年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / exptl_crystal / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _exptl_crystal.density_Matthews / _exptl_crystal.density_percent_sol / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor histidine kinase CpxA
B: Sensor histidine kinase CpxA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,34712
ポリマ－66,7082
非ポリマー1,63910
水00
1
A: Sensor histidine kinase CpxA
B: Sensor histidine kinase CpxA
ヘテロ分子

A: Sensor histidine kinase CpxA
B: Sensor histidine kinase CpxA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,69424
ポリマ－133,4164
非ポリマー3,27920
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_557x,x-y,-z+13/61
Buried area22110 Å2
ΔGint-281 kcal/mol
Surface area41290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.734, 145.734, 225.191
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-503-

SO4

-
要素

#1: タンパク質 Sensor histidine kinase CpxA


分子量: 33314.422 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 188-457 / 変異: M228V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cpxA, ecfB, eup, ssd, b3911, JW3882 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B5 / 参照: UniProt: P0AE82, histidine kinase
#2: タンパク質 Sensor histidine kinase CpxA


分子量: 33393.395 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 188-457 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cpxA, ecfB, eup, ssd, b3911, JW3882 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B5 / 参照: UniProt: P0AE82, histidine kinase
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 100 mM Tris (pH 8.5), 1.5 M ammonium sulphate and 12 % v/v glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.09→48.3 Å / Num. obs: 26453 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 3.09→3.31 Å / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.774 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / CC1/2: 0.921 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BIW

4biw


解像度: 3.094→47.703 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.96 / 位相誤差: 26.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2201 2469 5.08 %
Rwork0.1947 --
obs0.1961 26377 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.094→47.703 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3769 0 94 0 3863
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0183926
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.225334
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4962364
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057590
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006689
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0945-3.1540.41481590.40982386X-RAY DIFFRACTION94
3.154-3.21840.34461360.37982572X-RAY DIFFRACTION100
3.2184-3.28830.39831310.35132580X-RAY DIFFRACTION100
3.2883-3.36480.36561420.32082535X-RAY DIFFRACTION100
3.3648-3.44890.32631230.2932598X-RAY DIFFRACTION100
3.4489-3.54210.26431310.25592584X-RAY DIFFRACTION100
3.5421-3.64630.28541360.24822581X-RAY DIFFRACTION100
3.6463-3.7640.34331400.23452558X-RAY DIFFRACTION100
3.764-3.89840.23621250.21662582X-RAY DIFFRACTION100
3.8984-4.05450.2141530.19712584X-RAY DIFFRACTION100
4.0545-4.23890.20581550.18942532X-RAY DIFFRACTION100
4.2389-4.46220.18311340.1442576X-RAY DIFFRACTION100
4.4622-4.74150.13851380.12852563X-RAY DIFFRACTION100
4.7415-5.10720.16831300.14352575X-RAY DIFFRACTION100
5.1072-5.62050.22131480.16892580X-RAY DIFFRACTION100
5.6205-6.43210.23531350.18562568X-RAY DIFFRACTION100
6.4321-8.09730.16181300.16732591X-RAY DIFFRACTION100
8.0973-47.70830.16351230.15042590X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5331-1.4665-0.8053.30120.5071.85380.09740.5834-0.3385-0.3749-0.20910.6922-0.1845-0.16920.09390.481-0.0606-0.07330.7323-0.04781.1189115.176575.089230.8568
23.9923-0.1302-0.92214.79940.1263.28750.25520.36920.7867-0.4805-0.36870.265-0.30250.00020.13580.49410.01430.1010.7720.04930.9334141.562874.5786220.0353
37.399-2.1471-1.60232.11313.42885.9737-0.2841-0.25161.0644-0.07820.10540.0198-0.4587-0.17310.15910.4752-0.06030.04390.6774-0.02511.1169136.316376.5457231.3179
45.963-2.9646-1.08985.14691.19261.8185-0.1350.25010.19050.1213-0.121-0.3316-0.0814-0.11470.21010.4677-0.05290.03490.6775-0.00380.9973117.896673.7384239.8758
57.05112.57472.00321.61890.97312.91150.07740.0427-0.08490.16320.0383-0.2548-0.0770.1819-0.05630.46910.0768-0.10690.7832-0.05050.923493.99270.5884228.5034
66.20871.04730.22547.2179-3.57238.577-0.10440.7881-0.2195-0.89890.3023-0.36780.02790.6999-0.16110.5462-0.0439-0.04350.8741-0.24940.833199.970168.5953216.2854
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 213 through 298 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 299 through 394 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 395 through 455 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 216 through 294 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 295 through 386 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 387 through 455 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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