PDB-5lfe: Protruding domain of GII.4 human norovirus isolate 8-14 in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lfe

タイトル

Protruding domain of GII.4 human norovirus isolate 8-14 in complex with HBGA type B (triglycan)

要素

VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Viral capsid protein / Protruding domain / Norovirus / HBGA / Histo-blood group antigen

機能・相同性

機能・相同性情報

Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Norovirus Hu/GII.4/Sydney/NSW0514/2012/AU (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Singh, B.K. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Four decades of structural evolution of GII.4 norovirus
著者: Singh, B.K. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2016年7月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lfe.cif.gz	353 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lfe.ent.gz	293.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lfe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5lfe_validation.pdf.gz	802.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lfe_full_validation.pdf.gz	812.9 KB	表示
XML形式データ	5lfe_validation.xml.gz	26.8 KB	表示
CIF形式データ	5lfe_validation.cif.gz	38.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/5lfe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/5lfe	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5iynC 5iypC 5iyqC 5konC 4oosS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4wze-d 4wzk-d 3sld-2 4x05-1 5kon-d 5iyp-d 4z4u-d 4ops-d 5iyr-d 4x07-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: VP1

B: VP1

ヘテロ分子

68.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.830, 55.420, 87.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.380, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	PRO	PRO	chain A	A	A	222 - 530	1 - 309
2	LYS	LYS	chain B	B	B	225 - 530	4 - 309

#1: タンパク質

VP1

分子量: 34197.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Norovirus Hu/GII.4/Sydney/NSW0514/2012/AU (ウイルス)
プラスミド: MBP-HTSHP / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: M4QNL3

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[alpha-D-galactopyranose-(1-3)]alpha-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2[DGalpa1-3]DGalpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2112h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a2-b1_a3-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.65 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PEG6000, 0.1 M MES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.965 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.965 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.27→46.58 Å / Num. obs: 26503 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 24.4 Å² / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 7.32

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
2.27-2.33		0.704	1.86	0.798	1	83.8
2.33-2.39		0.428	3.02	0.863	1	98.7
2.39-2.46		0.361	3.51	0.878	1	98.5
2.46-2.53		0.328	3.88	0.902	1	98.8
2.53-2.62		0.278	4.46	0.93	1	97.2
2.62-2.71		0.254	4.76	0.955	1	94.5
2.71-2.81		0.201	5.72	0.962	1	98.6
2.81-2.93		0.171	6.53	0.963	1	98.8
2.93-3.06		0.138	7.58	0.977	1	99.2
3.06-3.21		0.107	8.8	0.987	1	99.5
3.21-3.38		0.111	9.4	0.983	1	95.7
3.38-3.58		0.125	9.13	0.985	1	83.3
3.58-3.83		0.08	12.62	0.988	1	61.7
3.83-4.14		0.079	13.01	0.988	1	76.2
4.14-4.53		0.06	13.88	0.996	1	99.8
4.53-5.07		0.058	13.52	0.995	1	99.7
5.07-5.85		0.058	12.19	0.996	1	99.9
5.85-7.17		0.058	12.02	0.995	1	100
7.17-10.14		0.048	14.13	0.998	1	100
	10.14	0.039	15.17	0.999	1	99.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.36 Å	46.57 Å
Translation	7.36 Å	46.57 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4OOS

4oos

解像度: 2.3→46.575 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.96

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2765	1269	4.98 %
R_work	0.2325	-	-
obs	0.2347	25458	94.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 100.26 Å² / B_iso mean: 37.8752 Å² / B_iso min: 0.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→46.575 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4765	0	33	333	5131
B_iso mean	-	-	35.99	28.76	-
残基数	-	-	-	-	615

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4943
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.881	6764
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	741
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	894
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.729	1797

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3574	X-RAY DIFFRACTION	10.443	TORSIONAL
1	2	B	3574	X-RAY DIFFRACTION	10.443	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.3921	0.3462	144	0.2825	2751	2895	98
2.3921-2.501	0.3145	147	0.2518	2787	2934	99
2.501-2.6328	0.3053	145	0.2525	2772	2917	97
2.6328-2.7977	0.3043	144	0.2427	2710	2854	96
2.7977-3.0137	0.3316	148	0.2421	2814	2962	99
3.0137-3.3169	0.2784	147	0.2305	2793	2940	99
3.3169-3.7967	0.3004	106	0.2851	2105	2211	74
3.7967-4.7827	0.2579	132	0.2037	2519	2651	88
4.7827-46.5844	0.173	156	0.1664	2938	3094	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.1544	0.0366	0.1672	1.6833	-0.6037	0.3813	-0.0392	-0.0794	0.2233	0.2217	0.0655	0.0631	-0.2421	-0.1548	0.0313	0.4318	0.0229	-0.0073	0.3027	-0.0108	0.2374	54.8025	-20.8482	116.3302
2	0.8255	-0.0623	0.1631	0.2245	-0.0368	2.1098	-0.1879	0.0119	-0.3748	0.0983	-0.3479	0.1352	0.5391	-0.3244	0.0143	0.231	0.0137	-0.0465	0.3245	-0.054	0.3395	47.4744	4.257	100.4347
3	0.2408	0.2812	0.0653	0.4326	-0.7822	2.2513	-0.0165	-0.1257	0.0024	0.1232	0.0428	0.116	-0.2967	-0.045	-0.033	0.4055	0.0438	0.0537	0.2151	0.0092	0.2812	49.4352	-2.078	102.0573
4	1.0272	0.2566	0.9982	0.7215	-0.1245	6.0322	-0.1909	0.074	-0.3496	0.1938	-0.1206	0.3647	0.4783	-0.3576	-0.0408	0.283	0.0551	-0.0221	0.2837	-0.0269	0.252	54.2907	1.1583	117.0319
5	0.0032	0.011	-0.0018	1.1123	-0.8342	-0.0044	0.0511	-0.091	0.05	0.0606	-0.049	0.1174	-0.059	-0.1068	-0.0157	0.2878	-0.0214	0.0094	0.2984	-0.0043	0.1914	53.7812	-20.5252	122.4365
6	0.5278	0.3497	-0.4442	0.8785	-0.4709	1.0819	-0.0017	-0.5398	-0.4149	0.2098	-0.2499	-0.1005	-0.049	-0.0447	0.0494	0.3799	-0.0205	-0.0065	0.2957	-0.0024	0.2513	55.4904	-34.4141	127.914
7	0.0493	0.7117	-0.2354	1.779	0.3569	0.7974	-0.0723	-0.0094	0.0482	-0.0543	0.1369	-0.0353	-0.053	0.05	-0.047	0.2852	0.0126	0	0.2269	0.0182	0.2431	69.2385	-19.9253	98.8458
8	1.0305	-0.8	-0.6358	1.6623	1.6259	2.6252	0.0351	-0.0434	0.1067	-0.0706	0.1949	-0.2921	0.0295	0.0229	-0.212	0.3823	-0.04	-0.033	0.2729	0.009	0.2588	74.2928	-1.9736	113.1727
9	1.2893	-2.2406	-0.1991	3.8406	0.1811	3.0166	0.0929	0.0304	0.2869	-0.2267	-0.1625	-0.2805	-0.1303	-0.3812	0.0849	0.2753	-0.0011	-0.0695	0.2861	-0.0155	0.3519	76.604	2.8908	112.07
10	-0.5037	0.1873	0.4805	0.1603	0.3983	0.5609	0.0019	-0.038	-0.0155	0.0417	-0.0083	-0.0834	-0.0786	0.0491	0.0127	0.3005	0.0082	0.0011	0.2619	-0.0016	0.2367	72.9858	-12.1259	96.0404
11	0.9114	-0.7423	0.5653	2.1652	-0.6348	1.9868	0.0656	-0.0443	-0.1227	-0.3192	-0.1182	0.1988	0.4488	-0.2602	-0.0556	0.5824	-0.0339	-0.0365	0.2123	-0.0462	0.435	63.7712	-34.4432	91.5944
12	1.6497	-0.6106	-0.5565	0.7336	-0.1009	1.1207	0.017	0.0365	-0.2263	-0.0096	0.0629	-0.0864	0.1817	-0.1204	-0.0472	0.4303	0.0223	-0.0239	0.2237	-0.0308	0.2698	66.3321	-25.9472	86.6064
13	1.4392	-1.353	-0.6189	1.9722	-1.0061	2.9146	-0.1541	0.3707	-0.3542	-0.3129	-0.0453	0.1608	-0.1932	-0.094	0.0376	0.3493	0.0096	-0.0382	0.1234	-0.084	0.3991	68.5324	-35.2043	88.1406

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 222 through 285 )	A	222 - 285
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 286 through 303 )	A	286 - 303
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 304 through 380 )	A	304 - 380
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 381 through 398 )	A	381 - 398
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 399 through 513 )	A	399 - 513
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 514 through 530 )	A	514 - 530
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 225 through 285 )	B	225 - 285
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 286 through 352 )	B	286 - 352
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 353 through 380 )	B	353 - 380
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 381 through 464 )	B	381 - 464
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 465 through 484 )	B	465 - 484
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 485 through 513 )	B	485 - 513
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 514 through 530 )	B	514 - 530

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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