[日本語] English
万見
- PDB-5lfa: Crystal structure of iron-sulfur cluster containing bacterial (6-... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lfa
タイトルCrystal structure of iron-sulfur cluster containing bacterial (6-4) photolyase PhrB - Y424F mutant with impaired DNA repair activity
要素(6-4) photolyase
キーワードLYASE / PHOTOLYASE / DNA REPAIR / IRON-SULFUR CLUSTER / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


(6-4)DNA photolyase / DNA (6-4) photolyase activity / photoreactive repair / FAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Deoxyribodipyrimidine photolyase-related / Photolyase PhrB-like / : / Deoxyribodipyrimidine photo-lyase-related protein / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold ...Deoxyribodipyrimidine photolyase-related / Photolyase PhrB-like / : / Deoxyribodipyrimidine photo-lyase-related protein / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Arc Repressor Mutant, subunit A / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DLZ / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / IRON/SULFUR CLUSTER / (6-4) photolyase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium fabrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kwiatkowski, D. / Zhang, F. / Krauss, N. / Lamparter, T. / Scheerer, P.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB 740 - B6 ドイツ
German Research FoundationSFB 1078 - B6 ドイツ
German Research FoundationCluster of Excellence - Unifying Concepts in Catalysis - D3/E3 ドイツ
引用ジャーナル: Photochem. Photobiol. / 年: 2017
タイトル: Crystal Structures of Bacterial (6-4) Photolyase Mutants with Impaired DNA Repair Activity.
著者: Zhang, F. / Ma, H. / Bowatte, K. / Kwiatkowski, D. / Mittmann, E. / Qasem, H. / Krau, N. / Zeng, X. / Ren, Z. / Scheerer, P. / Yang, X. / Lamparter, T.
履歴
登録2016年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: (6-4) photolyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9487
ポリマ－59,2081
非ポリマー1,7406
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.183, 94.441, 103.579
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-801-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 (6-4) photolyase / (6-4)DNA photolyase / DNA photolyase PhrB / Photoreactivating enzyme PhrB


分子量: 59207.867 Da / 分子数: 1 / 変異: Y424F / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Y424F mutant
由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア)
遺伝子: phrB, Atu4765 / プラスミド: PET-21B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: A9CH39, (6-4)DNA photolyase

-
非ポリマー , 5種, 117分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-DLZ / 1-deoxy-1-(6,7-dimethyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropteridin-8(2H)-yl)-D-ribitol / 6,7-dimethyl-8-(1'-D-ribityl) lumazine


分子量: 326.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H18N4O6
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 100 MM MES, 5% PEG400, PH 6.0,

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月17日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→69.79 Å / Num. obs: 19657 / % possible obs: 99.51 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / CC1/2: 0.963 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
PHENIX10.1-2155精密化
XDSBUILT=20160514データ削減
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DJA

4dja


解像度: 2.5→69.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 24.531 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.288 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23961 1031 5.3 %RANDOM
Rwork0.18071 ---
obs0.18388 18586 99.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.516 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20 Å20 Å2
2--0.34 Å2-0 Å2
3----0.71 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0 Å0 Å
Luzzati d res low-0 Å
Luzzati sigma a-0 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→69.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3916 0 102 111 4129
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0194138
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023720
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3031.9655622
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.973.0018497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0395502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.24522.941204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.12215618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5511536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2589
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024732
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021035
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9352.7742002
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9282.7732001
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7114.1562500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7114.1572501
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.922.8552136
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9192.8552136
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5324.2243109
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.53850.82917791
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.53950.82817791
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.34637856
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free32.756531
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.22257827
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 67 -
Rwork0.242 1365 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.943 Å / Origin y: -30.115 Å / Origin z: 11.099 Å
111213212223313233
T0.0041 Å2-0.0025 Å2-0.0012 Å2-0.0034 Å2-0.0002 Å2--0.054 Å2
L0.1085 °2-0.0143 °20.0762 °2-0.0381 °2-0.0495 °2--0.1409 °2
S-0.0015 Å °0.0095 Å °-0.0084 Å °0.0113 Å °-0.0101 Å °0.0063 Å °-0.0186 Å °0.0139 Å °0.0116 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る