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万見
- PDB-5lew: DNA polymerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lew
タイトルDNA polymerase
要素DNA polymerase III subunit alpha
キーワードTRANSFERASE / DNA Polymerase Multi-domain
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-5' exonuclease activity / peptidoglycan-based cell wall / DNA replication / nucleic acid binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / DNA polymerase III, alpha subunit / Bacterial DNA polymerase III, alpha subunit, NTPase domain / DNA polymerase, helix-hairpin-helix motif / DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Bacterial DNA polymerase III alpha NTPase domain / Helix-hairpin-helix motif / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit finger domain / PHP domain ...Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / DNA polymerase III, alpha subunit / Bacterial DNA polymerase III, alpha subunit, NTPase domain / DNA polymerase, helix-hairpin-helix motif / DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Bacterial DNA polymerase III alpha NTPase domain / Helix-hairpin-helix motif / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit finger domain / PHP domain / PHP domain / Polymerase/histidinol phosphatase, N-terminal / DNA polymerase alpha chain like domain / Polymerase/histidinol phosphatase-like / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Metal-dependent hydrolases / Arc Repressor Mutant, subunit A / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase III subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Banos-Mateos, S. / Lang, U.F. / Maslen, S.L. / Skehel, J.M. / Lamers, M.H.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: High-fidelity DNA replication in Mycobacterium tuberculosis relies on a trinuclear zinc center.
著者: Banos-Mateos, S. / van Roon, A.M. / Lang, U.F. / Maslen, S.L. / Skehel, J.M. / Lamers, M.H.
履歴
登録2016年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase III subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,46414
ポリマ－102,1651
非ポリマー1,29913
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-244 kcal/mol
Surface area39230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)256.044, 256.044, 187.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase III subunit alpha


分子量: 102164.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
遺伝子: dnaE1, dnaE, Rv1547, MTCY48.18c
発現宿主: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: P9WNT7, DNA-directed DNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.2M lithium sulphate 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96864 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96864 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→49.09 Å / Num. obs: 57577 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.975 / Rmerge(I) obs: 0.207 / Rpim(I) all: 0.129 / Rrim(I) all: 0.244 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 197467 / Scaling rejects: 103
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.8-2.883.51.5011557744780.3150.9191.7651.299.7
12.2-49.093.10.05422507290.9860.0390.06717.197.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.5データスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HNH

2hnh


解像度: 2.8→143.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 11.841 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.298 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2306 2925 5.1 %RANDOM
Rwork0.1959 ---
obs0.1976 54650 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 202.86 Å2 / Biso mean: 49.364 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20.12 Å20 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----0.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→143.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7109 0 63 81 7253
Biso mean--92.38 33.14 -
残基数----919
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0197333
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1391.9719941
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4815921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.05223.254335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.279151209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.5621564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.21086
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215605
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.6654.7253681
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.1247.0764600
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.2835.0693651
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 230 -
Rwork0.366 4015 -
all-4245 -
obs--99.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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