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- PDB-5ler: Structure of the bacterial sex F pilus (13.2 Angstrom rise) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ler
タイトルStructure of the bacterial sex F pilus (13.2 Angstrom rise)
要素Pilin
キーワードPROTEIN FIBRIL / F-pilus Conjugation Type IV secretion system Phospholipid / Cell adhesion
機能・相同性TraA / TraA / extracellular region / plasma membrane / Chem-6V6 / Pilin / Pilin
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5 Å
データ登録者Costa, T.R.D. / Ilangovan, I. / Ukleja, M. / Redzej, A. / Santini, J.M. / Smith, T.K. / Egelman, E.H. / Waksman, G.
資金援助 英国, 米国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust098302 英国
Wellcome Trust093228 英国
National Institutes of HealthGM035269 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Structure of the Bacterial Sex F Pilus Reveals an Assembly of a Stoichiometric Protein-Phospholipid Complex.
著者: Tiago R D Costa / Aravindan Ilangovan / Marta Ukleja / Adam Redzej / Joanne M Santini / Terry K Smith / Edward H Egelman / Gabriel Waksman /
要旨: Conjugative pili are widespread bacterial appendages that play important roles in horizontal gene transfer, in spread of antibiotic resistance genes, and as sites of phage attachment. Among ...Conjugative pili are widespread bacterial appendages that play important roles in horizontal gene transfer, in spread of antibiotic resistance genes, and as sites of phage attachment. Among conjugative pili, the F "sex" pilus encoded by the F plasmid is the best functionally characterized, and it is also historically the most important, as the discovery of F-plasmid-mediated conjugation ushered in the era of molecular biology and genetics. Yet, its structure is unknown. Here, we present atomic models of two F family pili, the F and pED208 pili, generated from cryoelectron microscopy reconstructions at 5.0 and 3.6 Å resolution, respectively. These structures reveal that conjugative pili are assemblies of stoichiometric protein-phospholipid units. We further demonstrate that each pilus type binds preferentially to particular phospholipids. These structures provide the molecular basis for F pilus assembly and also shed light on the remarkable properties of conjugative pili in bacterial secretion and phage infection.
履歴
登録2016年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.name
改定 1.22017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: em_software
改定 1.32018年1月31日Group: Data processing / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-4044
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4044
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4044
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1A: Pilin
1B: Pilin
1C: Pilin
1D: Pilin
1E: Pilin
1F: Pilin
1G: Pilin
1H: Pilin
1I: Pilin
1J: Pilin
1K: Pilin
1L: Pilin
1M: Pilin
1N: Pilin
1O: Pilin
2A: Pilin
2B: Pilin
2C: Pilin
2D: Pilin
2E: Pilin
2F: Pilin
2G: Pilin
2H: Pilin
2I: Pilin
2J: Pilin
2K: Pilin
2L: Pilin
2M: Pilin
2N: Pilin
2O: Pilin
3A: Pilin
3B: Pilin
3C: Pilin
3D: Pilin
3E: Pilin
3F: Pilin
3G: Pilin
3H: Pilin
3I: Pilin
3J: Pilin
3K: Pilin
3L: Pilin
3M: Pilin
3N: Pilin
3O: Pilin
4A: Pilin
4B: Pilin
4C: Pilin
4D: Pilin
4E: Pilin
4F: Pilin
4G: Pilin
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4I: Pilin
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4N: Pilin
4O: Pilin
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5B: Pilin
5C: Pilin
5D: Pilin
5E: Pilin
5F: Pilin
5G: Pilin
5H: Pilin
5I: Pilin
5J: Pilin
5K: Pilin
5L: Pilin
5M: Pilin
5N: Pilin
5O: Pilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)562,808145
ポリマ－512,34175
非ポリマー50,46770
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Pilin


分子量: 6831.216 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1VC86, UniProt: P04737*PLUS
#2: 化合物...
ChemComp-6V6 / [(2~{S})-3-[[(2~{R})-2,3-bis(oxidanyl)propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-hexadec-9-enoyloxy-propyl] hexadecanoate


分子量: 720.954 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H73O10P

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: F-pilus filament made by an assembly of a stoichiometric protein-phospholipid complex
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 7.3 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Lacey
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1.67 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM3.5.0画像取得
4SPIDER22CTF補正
7Coot0.8.2モデルフィッティング
9PHENIX1.10.1-2155モデル精密化
10SPIDER22初期オイラー角割当
11SPIDER22最終オイラー角割当
12SPIDER22分類
13IHRSR３次元再構成
14SPIDER22３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 27.9 ° / 軸方向距離/サブユニット: 13.2 Å / らせん対称軸の対称性: C5
3次元再構成解像度: 5 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 11969 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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