PDB-5ldm: Crystal structure of E.coli LigT complexed with 2'-AMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ldm

タイトル

Crystal structure of E.coli LigT complexed with 2'-AMP

要素

RNA 2',3'-cyclic phosphodiesterase

キーワード

HYDROLASE / Enzyme / 2H phosphoesterase/ligase

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA 2',3'-cyclic 3'-phosphodiesterase / RNA 2',3'-cyclic 3'-phosphodiesterase activity / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity / ligase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Myllykoski, M. / Kursula, P.

引用

ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Structural aspects of nucleotide ligand binding by a bacterial 2H phosphoesterase.
著者: Myllykoski, M. / Kursula, P.

履歴

登録	2016年6月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月8日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ldm.cif.gz	219.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ldm.ent.gz	182.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ldm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ldm_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ldm_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	5ldm_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	5ldm_validation.cif.gz	19.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/5ldm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/5ldm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ldiSC 5ldjC 5ldkC 5ldoC 5ldpC 5ldqC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dxq-d 5zmo-d 5c00-2 4fhr-1 5ldj-1 5hzt-10 3h8b-3 4r30-1 3r8j-1 1m6z-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RNA 2',3'-cyclic phosphodiesterase

B: RNA 2',3'-cyclic phosphodiesterase

ヘテロ分子

40.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RNA 2',3'-cyclic phosphodiesterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RNA 2',3'-cyclic phosphodiesterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.070, 108.070, 72.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

#1: タンパク質	RNA 2',3'-cyclic phosphodiesterase / RNA 2' / 3'-CPDase 分子量: 20045.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌) 遺伝子: thpR, ECBD_3472 / プラスミド: pTH 27 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A140NFI1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-2AM / ADENOSINE-2'-MONOPHOSPHATE / 2′-AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 7.5, 0.2 M MgCl2, 12% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.04 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.46→30 Å / Num. obs: 15451 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 47.4 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 18.01
反射シェル	解像度: 2.46→2.52 Å / 冗長度: 2.58 % / R_merge(I) obs: 0.621 / Mean I/σ(I) obs: 1.51 / CC_1/2: 0.712 / % possible all: 52.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDBid: 5ldi

5ldi

解像度: 2.46→29.035 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.61

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2528	1544	10.01 %	Random selection
R_work	0.197	-	-	-
obs	0.2028	15432	95.53 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.46→29.035 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2770	0	47	63	2880

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2943
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.937	4015
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.405	1097
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	427
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	517

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4602-2.5395	0.3944	78	0.3424	728	X-RAY DIFFRACTION	57
2.5395-2.6302	0.385	138	0.297	1210	X-RAY DIFFRACTION	93
2.6302-2.7355	0.3005	143	0.2563	1295	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7355-2.8599	0.3416	144	0.2528	1289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8599-3.0105	0.309	146	0.2425	1314	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0105-3.1989	0.3151	145	0.2337	1304	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1989-3.4455	0.264	146	0.2155	1309	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4455-3.7916	0.2847	146	0.2019	1307	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7916-4.3386	0.2112	150	0.1673	1338	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3386-5.4603	0.197	148	0.147	1353	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4603-29.0372	0.2089	160	0.1688	1441	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.1637	-0.2966	4.3495	2.5554	0.6151	7.6628	0.6282	0.2529	1.1604	0.2181	-0.2598	-0.8641	-0.2954	0.8725	-0.2514	0.4212	-0.0469	0.0033	0.3878	0.0166	0.6393	23.8002	-39.5382	21.2884
2	5.8992	-1.1097	1.0064	3.1745	-5.1118	9.7205	-0.304	1.0938	0.5658	-1.3141	-0.0036	-0.3357	0.2866	-0.2767	0.2108	0.4536	0.0133	-0.0191	0.5851	0.0319	0.3983	6.4018	-32.9244	10.2894
3	8.9813	-3.019	5.605	5.8562	-2.6145	7.8786	0.1719	1.1157	0.3767	-0.409	-0.2762	-0.7945	0.0603	0.863	0.091	0.4431	-0.0631	0.0335	0.4187	-0.0106	0.4922	21.994	-36.3906	21.5925
4	5.3229	-1.0483	0.9653	2.5241	-0.8526	2.1482	0.013	-0.1337	0.5802	0.4577	-0.0632	-0.5205	-0.0906	0.2811	0.0282	0.4755	-0.0368	-0.0903	0.4008	-0.103	0.428	14.8952	-36.2193	27.6629
5	2.0465	3.6438	-2.0541	8.6376	-2.2181	4.1961	0.3935	-0.7842	-0.197	1.1134	-0.3104	-0.8129	-0.4147	0.6838	-0.2581	0.7815	-0.0503	-0.1382	0.4843	-0.1127	0.6266	19.8735	-37.9518	35.7304
6	6.0063	-3.4078	-0.1912	4.1324	-2.5453	4.7599	-0.3036	-0.231	1.9212	0.8311	-0.3837	-0.5133	-1.0143	0.4068	0.9976	0.6478	-0.1104	-0.0819	0.505	-0.0377	0.8458	16.977	-27.3701	24.2355
7	5.4111	-0.8237	0.7128	4.6261	0.7499	0.1114	-0.0485	0.2383	0.4599	-0.0842	-0.0478	-0.3241	-0.1271	-0.0703	0.0441	0.349	-0.0147	-0.0015	0.4196	-0.0111	0.238	11.6882	-37.4756	18.4298
8	3.1407	1.8777	-4.437	9.5638	-2.9824	6.5569	-0.3329	0.4755	-0.1605	-0.4058	0.3491	-0.4869	0.5995	-0.4893	0.4364	0.373	-0.0459	-0.0931	0.5034	-0.0583	0.555	21.6774	-45.2679	21.0763
9	7.3815	-0.6735	1.5583	1.2607	2.6719	6.8451	-0.6629	-0.4466	-1.2043	0.761	0.7851	0.5299	1.3949	0.2143	-0.0682	0.5674	-0.0452	0.1428	0.4332	-0.0272	0.6719	46.8987	-27.8321	13.9091
10	6.5782	-1.1274	-2.7499	6.8852	2.617	5.5295	-0.2171	-0.4157	-0.6735	0.2638	0.2386	0.0931	0.4138	0.2367	-0.0391	0.334	-0.0203	-0.0844	0.3725	0.0361	0.3917	41.9146	-20.6731	16.8025
11	5.3821	0.0637	0.4887	2.5646	-0.9371	1.7305	0.0237	0.6431	-0.4346	-0.4847	0.029	0.2579	0.2672	0.0099	0.0064	0.4484	-0.0007	-0.061	0.4898	-0.1369	0.4105	38.3977	-16.2633	6.3133
12	5.7326	-0.1749	-3.0838	8.291	5.7052	8.1315	0.5071	1.4035	-0.9924	-0.328	-0.779	0.4208	1.3424	-0.9978	0.2726	0.979	-0.0873	-0.1939	0.7997	-0.3038	1.1441	38.61	-27.2779	3.1007
13	2.5858	0.4472	-0.8501	4.816	1.4459	0.2704	0.0488	-0.1289	-0.0922	0.0135	-0.1171	0.7588	0.0838	-0.2649	0.0806	0.3243	0.0153	0.0202	0.3931	-0.0014	0.4203	37.9469	-14.9587	16.5448
14	4.198	3.4304	-2.7418	4.6094	-5.547	9.6396	0.295	-0.4573	-0.4572	0.9237	-0.234	0.1923	-0.485	-0.3683	-0.1337	0.5662	-0.0488	0.1195	0.5297	0.029	0.6101	48.9203	-24.6098	16.9464

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 14 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 15 through 38 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 39 through 53 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 54 through 96 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 97 through 113 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 114 through 134 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 135 through 162 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 163 through 176 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 2 through 14 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 15 through 66 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 67 through 110 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 111 through 125 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 126 through 158 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 159 through 176 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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