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- PDB-5lcc: Oceanobacillus iheyensis macrodomain mutant D40A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lcc
タイトルOceanobacillus iheyensis macrodomain mutant D40A
要素MACROD-TYPE MACRODOMAIN
キーワードHYDROLASE / macrodomain / ADP-ribosylation / deacetylase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hypothetical conserved protein
類似検索 - 構成要素
生物種Oceanobacillus iheyensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gil-Ortiz, F. / Zapata-Perez, R. / Martinez, A.B. / Juanhuix, J. / Sanchez-Ferrer, A.
引用ジャーナル: Open Biol / 年: 2017
タイトル: Structural and functional analysis of Oceanobacillus iheyensis macrodomain reveals a network of waters involved in substrate binding and catalysis.
著者: Zapata-Perez, R. / Gil-Ortiz, F. / Martinez-Monino, A.B. / Garcia-Saura, A.G. / Juanhuix, J. / Sanchez-Ferrer, A.
履歴
登録2016年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MACROD-TYPE MACRODOMAIN
B: MACROD-TYPE MACRODOMAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5042
ポリマ－45,5042
非ポリマー00
水2,738152
1
A: MACROD-TYPE MACRODOMAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7521
ポリマ－22,7521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MACROD-TYPE MACRODOMAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7521
ポリマ－22,7521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.716, 63.245, 120.365
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A1 - 500
2116B1 - 500

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.634474, 0.718625, -0.284642), (0.741081, -0.460926, 0.488207), (0.219639, -0.520697, -0.825005)17.82845, 8.67876, 20.50243

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要素

#1: タンパク質 MACROD-TYPE MACRODOMAIN


分子量: 22751.889 Da / 分子数: 2 / 変異: D40A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Engineered mutant D40A
由来: (組換発現) Oceanobacillus iheyensis (strain DSM 14371 / JCM 11309 / KCTC 3954 / HTE831) (バクテリア)
株: DSM 14371 / JCM 11309 / KCTC 3954 / HTE831 / 遺伝子: OB2288 / プラスミド: pET28-MacroD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rossetta 2 / 参照: UniProt: Q8EP31
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M magnesium formate, 20% (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月3日 / 詳細: KB mirrors
放射モノクロメーター: Channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→15 Å / Num. obs: 25874 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 32.39 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 90.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1spv

1spv


解像度: 2→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 4.629 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.173 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23134 1253 4.9 %RANDOM
Rwork0.18498 ---
obs0.18718 24291 89.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 42.243 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.23 Å20 Å20 Å2
2--1.59 Å2-0 Å2
3----3.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2882 0 0 152 3034
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192942
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022866
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4241.9664002
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96636593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7035379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.24726.063127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.75715506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.457158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2476
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02629
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3733.991510
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.373.9881509
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4465.9681885
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4465.9711886
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2684.491432
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2674.4921433
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1586.5542116
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.69832.5063301
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.66732.3233241
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2799 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Aloose positional0.685
Bloose thermal3.910
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 99 -
Rwork0.238 1937 -
obs--99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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