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- PDB-5lc1: L-threonine dehydrogenase from Trypanosoma brucei with NAD and th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lc1
タイトルL-threonine dehydrogenase from Trypanosoma brucei with NAD and the inhibitor pyruvate bound.
要素L-threonine 3-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase / holo-enzyme / Rossman fold
機能・相同性
機能・相同性情報


L-threonine 3-dehydrogenase / L-threonine 3-dehydrogenase activity / L-threonine catabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / BETA-MERCAPTOETHANOL / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PYRUVIC ACID / L-threonine 3-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Erskine, P.T. / Adjogatse, E. / Wood, S.P. / Cooper, J.B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Structure and function of L-threonine-3-dehydrogenase from the parasitic protozoan Trypanosoma brucei revealed by X-ray crystallography and geometric simulations.
著者: Adjogatse, E. / Erskine, P. / Wells, S.A. / Kelly, J.M. / Wilden, J.D. / Chan, A.W.E. / Selwood, D. / Coker, A. / Wood, S. / Cooper, J.B.
履歴
登録2016年6月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年10月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 2.12024年1月10日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年4月3日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id ..._struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-threonine 3-dehydrogenase
B: L-threonine 3-dehydrogenase
C: L-threonine 3-dehydrogenase
D: L-threonine 3-dehydrogenase
E: L-threonine 3-dehydrogenase
F: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,06429
ポリマ－215,0846
非ポリマー4,98023
水35,3451962
1
C: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,38110
ポリマ－71,6952
非ポリマー1,6868
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x+1/2,-y+1/2,-z1
手法PISA
2
A: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

C: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,38110
ポリマ－71,6952
非ポリマー1,6868
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455x-1/2,-y+1/2,-z1
Buried area6150 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area23910 Å2
手法PISA
3
D: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

B: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,38110
ポリマ－71,6952
非ポリマー1,6868
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x+1/2,-y+1/2,-z1
手法PISA
4
B: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

D: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,38110
ポリマ－71,6952
非ポリマー1,6868
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455x-1/2,-y+1/2,-z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area24360 Å2
手法PISA
5
F: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

E: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3039
ポリマ－71,6952
非ポリマー1,6087
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_654-x+1,-y,z-11
手法PISA
6
E: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

F: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3039
ポリマ－71,6952
非ポリマー1,6087
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,-y,z+11
Buried area5970 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area24230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.040, 276.490, 55.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
L-threonine 3-dehydrogenase


分子量: 35847.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7YW97, L-threonine 3-dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 1985分子

#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1962 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 20 % w/v PEG 10K; TDH 2.0 mg/ml, 1 mM NAD(+), 30 mM pyruvate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.074 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.074 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→95.5 Å / Num. obs: 117204 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 81.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0151精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L9A

5l9a


解像度: 2.1→95.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 4.668 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.176
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Note that the R-free set was chosen in thin resolution shells and hence the outer shell (Shell 1, below) did not contain any free-set ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Note that the R-free set was chosen in thin resolution shells and hence the outer shell (Shell 1, below) did not contain any free-set reflections. The R-free and N(R-free) given below relate the highest resolution shell which contained free-set reflections.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20763 5563 4.8 %RANDOM
Rwork0.14654 ---
obs0.14952 111527 97.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.767 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.76 Å2-0 Å2
3----0.77 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→95.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15010 0 326 1962 17298
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01915737
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0214971
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7942.00521374
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.035334610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.87451922
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.18823.891622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.461152693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6051590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.22409
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02117295
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023341
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7531.9337694
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7521.9327693
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6742.8849609
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6752.8859610
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9862.2818043
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9862.288042
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6013.26811764
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.48925.24319191
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.12424.08218523
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 603 -
Rwork0.214 6960 -
obs--79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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