PDB-5lbt: Structure of the human quinone reductase 2 (NQO2) in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lbt

タイトル

Structure of the human quinone reductase 2 (NQO2) in complex with imiquimod

要素

Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / quinone reductase 2 ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone) / dihydronicotinamide riboside quinone reductase activity / quinone catabolic process / resveratrol binding / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors / melatonin binding / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / Phase I - Functionalization of compounds / chloride ion binding / FAD binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Schneider, S. / Gross, O.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Imiquimod Inhibits Mitochondrial Complex I and Induces K+ efflux-independent Nlrp3 Inflammasome Activation via Nek7
著者: Gross, C. / Mishra, R. / Schneider, K. / Medard, G. / Wettmarshausen, J. / Dittlein, D. / Gorka, O. / Koenig, P.-A. / Fromm, S. / Magnani, G. / Cikovic, T. / Hartjes, L. / Smollich, J. / ...

履歴

登録	2016年6月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月14日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5lbt.ent.gz	165.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5lbt_validation.pdf.gz	1010.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lbt_full_validation.pdf.gz	1016.6 KB	表示
XML形式データ	5lbt_validation.xml.gz	22 KB	表示
CIF形式データ	5lbt_validation.cif.gz	30.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/5lbt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/5lbt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5lbuC 2bzsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2bzs-d 3tem-d 3ox3-d 4qod-d 4gqi-d 4u7h-d 3g5m-d 5lby-d 4fgj-d 1sg0-d 4u7g-d 3nhy-d 3nhs-d 5lbu-d 4fgl-2 3tzb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone]

B: Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone]

ヘテロ分子

56.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.689, 80.925, 106.198
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone] / NRH dehydrogenase [quinone] 2 / NRH:quinone oxidoreductase 2 / Quinone reductase 2 / QR2 分子量: 26775.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NQO2, NMOR2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P16083, ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone)

#1: タンパク質

Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone] / NRH dehydrogenase [quinone] 2 / NRH:quinone oxidoreductase 2 / Quinone reductase 2 / QR2

分子量: 26775.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NQO2, NMOR2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P16083, ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone)

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非ポリマー , 5種, 232分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-6T0 / 1-(2-methylpropyl)imidazo[4,5-c]quinolin-4-amine / イミキモド分子量: 240.304 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₆N₄ / コメント: 薬剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M Tris HCl pH 8.5 2 M ammonium sulphate

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→44.4 Å / Num. obs: 49249 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 6.01
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 1.6 / Mean I/σ(I) obs: 0.05 / % possible all: 75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 2BZS

2bzs

解像度: 1.75→44.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 6.641 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.125 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22652	2372	5 %	RANDOM
R_work	0.19765	-	-	-
obs	0.19909	45013	93.27 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.413 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.77 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.75→44.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3599	0	195	221	4015

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	3994
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3672
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.716	2.013	5460
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.975	3	8455
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.321	5	466
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.75	24.118	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.868	15	624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.838	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	575
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	4383
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	936
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.623	1.38	1831
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.619	1.378	1830
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.046	2.062	2287
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.046	2.064	2288
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.85	1.65	2163
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.769	1.629	2152
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.256	2.414	3149
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.587	15.009	5260
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.544	14.759	5182
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.751→1.796 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.82	122	-
R_work	0.833	2281	-
obs	-	-	65.12 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3859	-0.2099	0.449	0.5401	-0.2862	2.2038	0.0278	0.0022	0.0656	-0.0246	-0.0356	-0.0011	-0.0248	0.1163	0.0078	0.0169	0.0048	0.0078	0.0826	0.002	0.0063	11.6108	86.6719	9.7048
2	1.7906	1.339	0.2029	7.6114	0.0462	1.3981	-0.0497	0.0832	0.0797	0.3104	0.047	-0.176	-0.1463	0.16	0.0027	0.1163	-0.0004	0.0051	0.19	0.0158	0.1469	30.0169	94.0879	7.2829
3	1.2078	-0.1417	0.3756	0.6964	0.3434	2.7943	0.0358	0.1333	-0.0474	-0.1506	-0.0267	0.0524	0.1019	0.0497	-0.0091	0.0591	0.0184	-0.0041	0.1063	-0.0139	0.0134	9.9368	81.9265	-2.3377
4	4.9616	-0.8444	-1.4225	4.4188	-0.1953	7.3483	-0.0725	-0.3667	-0.2874	0.2394	-0.0802	-0.6585	0.1387	0.906	0.1527	0.0797	0.0281	0.0015	0.3234	0.034	0.1694	33.404	82.0968	15.2509
5	7.1296	-4.0798	5.1526	4.2518	-3.4096	4.0722	0.0573	0.3954	0.0417	-0.2313	-0.2411	-0.4976	0.1661	0.5444	0.1838	0.0912	0.0694	0.0686	0.3103	0.0383	0.1313	26.6935	81.4871	1.0881
6	1.2703	1.4389	-0.0094	2.1977	-0.298	2.819	-0.1202	0.2613	0.1879	-0.0927	0.1047	0.0175	-0.2673	0.1994	0.0155	0.0561	-0.0187	-0.0324	0.1667	0.0875	0.1012	14.8689	94.5265	0.7452
7	7.8986	0.2626	-0.4354	3.412	0.4637	2.1425	0.0013	-0.0151	0.1569	0.1444	-0.0585	0.6648	-0.2802	-0.429	0.0572	0.2051	0.02	0.0164	0.1915	0.0064	0.1336	1.3323	101.3817	11.2816
8	4.0396	1.2983	0.6586	1.5851	0.3194	1.2673	0.0716	-0.1055	0.1128	0.009	-0.0638	0.1005	-0.1458	-0.0257	-0.0079	0.0733	0.0137	-0.0044	0.0945	0.0251	0.0216	8.3169	95.6759	3.4351
9	8.1694	1.332	-4.1537	0.4662	-0.4373	2.5404	-0.1645	0.1562	-0.0584	-0.0959	0.0747	0.126	0.0717	-0.1185	0.0898	0.1575	0.0034	-0.0227	0.1563	0.0129	0.1436	-5.9217	89.5362	-5.7691
10	1.7486	1.4554	1.7868	3.5688	2.6335	6.0742	-0.0543	0.2135	0.1183	-0.314	0.0481	0.0036	-0.6095	-0.1097	0.0062	0.1143	0.033	0.0238	0.1606	0.0534	0.0731	9.7778	101.7448	-3.2087
11	1.0319	0.2731	0.9444	0.9179	-0.0361	3.343	0.0194	-0.104	-0.031	0.1818	-0.0258	-0.0546	-0.0677	0.1636	0.0064	0.0619	0.0082	-0.0056	0.1258	0.0282	0.0098	17.433	84.1458	32.0433
12	5.0157	-0.8732	-1.2452	4.1595	0.1776	5.3407	-0.0746	0.3859	-0.5574	-0.4465	0.07	0.4488	0.6354	-0.5495	0.0046	0.1374	-0.0654	-0.0296	0.2146	0.0115	0.1347	-2.7188	72.8945	13.4469
13	3.6574	2.8514	3.4424	4.8881	3.1847	3.5184	0.037	-0.2661	-0.2058	0.338	-0.0307	0.5285	0.1775	-0.2991	-0.0063	0.1252	-0.0286	0.0843	0.1701	0.0618	0.2208	0.5377	75.5931	27.3976
14	1.2853	0.4331	-0.2885	2.0077	-0.1906	2.0104	0.0167	-0.0812	0.0677	0.0784	-0.0286	0.1819	-0.1563	-0.1246	0.012	0.0446	0.02	0.0042	0.1052	0.0061	0.0198	7.7433	89.5187	24.2308
15	3.6056	-0.0043	-0.648	1.0342	-0.357	1.7193	0.047	0.0276	0.379	0.0546	-0.0156	-0.027	-0.4137	0.0264	-0.0313	0.1803	0.0222	0.0085	0.1073	-0.0033	0.0444	11.8461	100.5933	22.3399
16	7.2347	0.1205	-5.6902	2.5813	0.9401	7.2969	0.0199	-0.5105	0.3471	0.2196	0.1929	-0.636	-0.1544	1.172	-0.2128	0.216	-0.0997	-0.0683	0.4111	0.0119	0.2196	29.5457	98.1273	31.753
17	2.4188	-2.2201	2.9793	3.5546	-3.3496	6.0254	-0.1424	-0.2665	0.2031	0.4485	0.0427	0.0761	-0.5396	-0.145	0.0997	0.2626	0.0126	0.0259	0.1668	-0.0498	0.0694	9.4458	100.6068	36.17
18	4.0118	1.2368	0.4824	2.7618	2.1022	5.5982	0.0655	0.0193	0.328	-0.1721	-0.0882	-0.1382	-0.3668	0.3909	0.0227	0.1951	0.0092	0.009	0.1848	0.0158	0.1574	7.1375	107.7523	21.7653

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	100 - 120
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	121 - 130
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	2 - 51
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	52 - 77
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	78 - 93
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	94 - 152
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	153 - 170
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	171 - 196
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	197 - 209
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	210 - 229
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	2 - 51
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	52 - 73
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	74 - 93
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	94 - 152
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	153 - 191
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	192 - 208
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	209 - 225
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	226 - 230

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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