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- PDB-5lba: Crystal structure of human RECQL5 helicase in complex with DSPL f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lba
タイトルCrystal structure of human RECQL5 helicase in complex with DSPL fragment(1-cyclohexyl-3-(oxolan-2-ylmethyl)urea, SGC - Diamond XChem I04-1 fragment screening.
要素ATP-dependent DNA helicase Q5
キーワードHYDROLASE / Helicase / RecQ / Transcription / Fragment screening / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / DIAMOND I04-1 XCHEM"
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic DNA-templated DNA replication / chromosome separation / cellular response to camptothecin / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / transcription preinitiation complex / DNA 3'-5' helicase / DNA metabolic process / 3'-5' DNA helicase activity / RNA polymerase II complex binding / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...mitotic DNA-templated DNA replication / chromosome separation / cellular response to camptothecin / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / transcription preinitiation complex / DNA 3'-5' helicase / DNA metabolic process / 3'-5' DNA helicase activity / RNA polymerase II complex binding / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / DNA helicase activity / replication fork / helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / cellular response to xenobiotic stimulus / mitotic cell cycle / chromosome / four-way junction helicase activity / DNA replication / cell division / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RecQ helicase-like 5 / RecQ helicase protein-like 5 (RecQ5) / Set2 Rpb1 interacting domain / SRI (Set2 Rpb1 interacting) domain / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DEAD/DEAH box helicase domain ...RecQ helicase-like 5 / RecQ helicase protein-like 5 (RecQ5) / Set2 Rpb1 interacting domain / SRI (Set2 Rpb1 interacting) domain / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-cyclohexyl-3-[[(2~{R})-oxolan-2-yl]methyl]urea / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ATP-dependent DNA helicase Q5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Newman, J.A. / Aitkenhead, H. / Talon, R. / Savitsky, P. / Krojer, T. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Gileadi, O. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of human RECQL5 helicase in complex with 3D fragment (1-cyclohexyl-3-(oxolan-2-ylmethyl)urea)
著者: Newman, J.A. / Talon, R. / Aitkenhead, H. / Savitsky, P. / Krojer, T. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Gileadi, O.
履歴
登録2016年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: ATP-dependent DNA helicase Q5
A: ATP-dependent DNA helicase Q5
C: ATP-dependent DNA helicase Q5
D: ATP-dependent DNA helicase Q5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,67720
ポリマ－198,1494
非ポリマー2,52816
水6,089338
1
B: ATP-dependent DNA helicase Q5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3596
ポリマ－49,5371
非ポリマー8215
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: ATP-dependent DNA helicase Q5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1325
ポリマ－49,5371
非ポリマー5954
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: ATP-dependent DNA helicase Q5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0544
ポリマ－49,5371
非ポリマー5173
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: ATP-dependent DNA helicase Q5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1325
ポリマ－49,5371
非ポリマー5954
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.926, 85.261, 105.915
Angle α, β, γ (deg.)109.90, 90.02, 97.01
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 BACD

#1: タンパク質
ATP-dependent DNA helicase Q5 / DNA helicase / RecQ-like type 5 / RecQ5 / RecQ protein-like 5


分子量: 49537.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RECQL5, RECQ5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O94762, DNA helicase

-
非ポリマー , 6種, 354分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-6SV / 1-cyclohexyl-3-[[(2~{R})-oxolan-2-yl]methyl]urea


分子量: 226.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H22N2O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M tris pH 9.0 -- 29% PEG3350 -- 0.1M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→79.49 Å / Num. obs: 69069 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.47→2.53 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5LB5

5lb5


解像度: 2.5→79.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 15.593 / SU ML: 0.329 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.829 / ESU R Free: 0.37 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30292 3363 5 %RANDOM
Rwork0.23665 ---
obs0.24 63558 92.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 48.293 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.92 Å2-1.61 Å2-0.7 Å2
2--1.47 Å21.54 Å2
3----1.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→79.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13429 0 144 338 13911
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01913879
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0213357
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4961.97418798
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.958330661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.67551732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.66823.057592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.231152366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.26215115
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.22122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02115588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0624.7276946
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0624.7276945
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9427.0778672
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.9417.0778673
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9064.9986933
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9064.9986934
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8317.37110127
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.6836.61515044
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.6836.61815045
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.496→2.561 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 264 -
Rwork0.33 4818 -
obs--93.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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