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- PDB-3e4d: Structural and Kinetic Study of an S-Formylglutathione Hydrolase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e4d
タイトルStructural and Kinetic Study of an S-Formylglutathione Hydrolase from Agrobacterium tumefaciens
要素Esterase D
キーワードHYDROLASE / S-Formylglutathione Hydrolase / Hydrolase fold family / catalytic triad / kinetics / proposed reaction mechanism
機能・相同性
機能・相同性情報


S-formylglutathione hydrolase / S-formylglutathione hydrolase activity / formaldehyde catabolic process / carboxylic ester hydrolase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
S-formylglutathione hydrolase / Esterase-like / Putative esterase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-formylglutathione hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Van Straaten, K.E. / Gonzalez, C.F. / Valladares, R.B. / Xu, X. / Savchenko, A.V. / Sanders, D.A.R.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: The structure of a putative S-formylglutathione hydrolase from Agrobacterium tumefaciens
著者: van Straaten, K.E. / Gonzalez, C.F. / Valladares, R.B. / Xu, X. / Savchenko, A.V. / Sanders, D.A.
履歴
登録2008年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Esterase D
B: Esterase D
C: Esterase D
E: Esterase D
D: Esterase D
F: Esterase D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,11624
ポリマ－191,5456
非ポリマー57118
水12,070670
1
A: Esterase D
B: Esterase D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0398
ポリマ－63,8482
非ポリマー1906
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Esterase D
D: Esterase D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0398
ポリマ－63,8482
非ポリマー1906
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Esterase D
F: Esterase D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0398
ポリマ－63,8482
非ポリマー1906
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.433, 68.949, 95.648
Angle α, β, γ (deg.)92.410, 99.790, 98.470
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Esterase D


分子量: 31924.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
遺伝子: AGR_C_2723, Atu1476 / プラスミド: p15TV-lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-GOLD (DE3) / 参照: UniProt: A9CJ11
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 670 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 3350, MgCl2, Bis-Tris buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→32.4 Å / Num. all: 106354 / Num. obs: 106354 / % possible obs: 95 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 2.02→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.288 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 106354 / % possible all: 80

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB code 1PV1

1pv1


解像度: 2.01→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / WRfactor Rfree: 0.211 / WRfactor Rwork: 0.176 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.857 / SU B: 4.186 / SU ML: 0.117 / SU R Cruickshank DPI: 0.205 / SU Rfree: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 5368 5 %RANDOM
Rwork0.181 ---
all0.183 106354 --
obs0.183 106327 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.4 Å2 / Biso mean: 26.912 Å2 / Biso min: 10.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å21.32 Å2-0.84 Å2
2--0.7 Å2-0.15 Å2
3----0.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13226 0 18 670 13914
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02113586
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2071.93818424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.42351664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.67923.374652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.296152150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9111584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21880
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210648
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1840.26554
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.29184
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.2885
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0130.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1730.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1240.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5561.58544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.927213269
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.45635904
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2164.55153
LS精密化 シェル解像度: 2.014→2.066 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 342 -
Rwork0.181 6659 -
all-7001 -
obs-100959 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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