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- PDB-5lb1: Crystal structure of the Mycobacterium tuberculosis L,D-transpept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lb1
タイトルCrystal structure of the Mycobacterium tuberculosis L,D-transpeptidase-2 (LdtMt2) BC-module with thionitrobenzoate (TNB) adduct at the active site cysteine-354
要素L,D-transpeptidase 2
キーワードTRANSFERASE / cell wall / peptidoglycan / transpeptidase / Mycobacterium tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3710 / Bacterial Ig domain, transpeptidase-associated / Bacterial Ig domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain ...Immunoglobulin-like - #3710 / Bacterial Ig domain, transpeptidase-associated / Bacterial Ig domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-MERCAPTO-2-NITRO-BENZOIC ACID / L,D-transpeptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Steiner, E.M. / Schnell, R. / Schneider, G.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号
Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: FEBS J. / : 2017
タイトル: Binding and processing of beta-lactam antibiotics by the transpeptidase LdtMt2 from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Steiner, E.M. / Schneider, G. / Schnell, R.
履歴
登録2016年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L,D-transpeptidase 2
B: L,D-transpeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4164
ポリマ-57,0172
非ポリマー3982
12,106672
1
A: L,D-transpeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7082
ポリマ-28,5091
非ポリマー1991
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: L,D-transpeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7082
ポリマ-28,5091
非ポリマー1991
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.368, 53.910, 57.174
Angle α, β, γ (deg.)68.84, 75.03, 88.64
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 L,D-transpeptidase 2 / LDT 2 / Ldt(Mt2)


分子量: 28508.646 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 149-408 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Covalent adduct (Thio-nitro-benzoate) on Cys354, mixed disulphide bond
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: ldtB, lppS, Rv2518c, RVBD_2518c, P425_02624 / プラスミド: pNIC28Bsa4 / 詳細 (発現宿主): N-terminal His-tag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: I6Y9J2, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-MNB / 5-MERCAPTO-2-NITRO-BENZOIC ACID


分子量: 199.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C7H5NO4S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 672 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 % / 解説: spear tip
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES/Imidazol pH 6.5 0.02M of each carboxylic acid (sodium formate, ammonium acetate, tri-sodium citrate, sodium potassium DL-tartrate, sodium oxamate) 10% PEG 20000 20%PEGMME 550

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月8日 / 詳細: Pt coated mirrors
放射モノクロメーター: Si (111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→51.4 Å / Num. obs: 79462 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 11.2 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/av σ(I): 9.7 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.55→1.57 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 89.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HUC
解像度: 1.55→51.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.013 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19415 3953 5 %RANDOM
Rwork0.14746 ---
obs0.14981 75507 95.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.581 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å20.12 Å2-0.03 Å2
2---0.06 Å2-0.12 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.55→51.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3935 0 26 672 4633
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194247
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023835
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4531.9215836
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87938815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9145545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.65424.072194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.8215621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1771524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215019
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021019
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.27938082
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free29.8135190
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.5858434
LS精密化 シェル解像度: 1.549→1.589 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 255 -
Rwork0.267 5388 -
obs--91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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