PDB-5laa: X-RAY STRUCTURE OF THE METHYLTRANSFERASE SUBUNIT A FROM METHANOTH...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5laa

タイトル

X-RAY STRUCTURE OF THE METHYLTRANSFERASE SUBUNIT A FROM METHANOTHERMUS FERVIDUS IN COMPLEX WITH COBALAMIN

要素

(Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A) x 2

キーワード

TRANSFERASE / Methanogenesis / Motor pump / Membrane protein / Methyltransferase / Cobalamin / Vitamin B12 / CoenzymeM / Rossmann fold / Hyperthermophile / Marine organism

機能・相同性

機能・相同性情報

tetrahydromethanopterin S-methyltransferase activity / tetrahydromethanopterin S-methyltransferase / methanogenesis, from carbon dioxide / sodium ion transport / cobalt ion binding / one-carbon metabolic process / methylation / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermus fervidus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Wagner, T. / Ermler, U. / Shima, S.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: MtrA of the sodium ion pumping methyltransferase binds cobalamin in a unique mode.
著者: Wagner, T. / Ermler, U. / Shima, S.

履歴

登録	2016年6月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月11日	Group: Data collection / Experimental preparation / Source and taxonomy カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen / exptl_crystal_grow Item: _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_atcc ..._diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_atcc / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cell / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_organ / _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5laa.cif.gz	203.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5laa.ent.gz	166.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5laa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5laa_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5laa_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5laa_validation.xml.gz	22.3 KB	表示
CIF形式データ	5laa_validation.cif.gz	27.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/5laa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/5laa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5l8xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6r58-3 2x5y-d 1l1r-d 4ma6-1 2g8v-d 4xur-3 6kit-d 1l1q-d 6fu9-1 1zuo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A

B: Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A

C: Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A

ヘテロ分子

58.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.604, 100.604, 262.706
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	GLU	GLU	A	A	2 - 159	2 - 159
2	1	VAL	VAL	GLU	GLU	B	B	2 - 159	2 - 159
1	2	MET	MET	PHE	PHE	A	A	1 - 158	1 - 158
2	2	MET	MET	PHE	PHE	C	C	1 - 158	4 - 161
1	3	VAL	VAL	PHE	PHE	B	B	2 - 158	2 - 158
2	3	VAL	VAL	PHE	PHE	C	C	2 - 158	5 - 161

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A / N5-methyltetrahydromethanopterin--coenzyme M methyltransferase subunit A 分子量: 18182.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Obtained from gene synthesis 由来: (組換発現) Methanothermus fervidus (strain ATCC 43054 / DSM 2088 / JCM 10308 / V24 S) (古細菌) 株: ATCC 43054 / DSM 2088 / JCM 10308 / V24 S / 組織: / / 遺伝子: mtrA, Mfer_0072 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: E3GWY7, tetrahydromethanopterin S-methyltransferase
#2: タンパク質	Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A / N5-methyltetrahydromethanopterin--coenzyme M methyltransferase subunit A 分子量: 18465.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Obtained from gene synthesis 由来: (組換発現) Methanothermus fervidus (strain ATCC 43054 / DSM 2088 / JCM 10308 / V24 S) (古細菌) 株: ATCC 43054 / DSM 2088 / JCM 10308 / V24 S / 組織: / / 遺伝子: mtrA, Mfer_0072 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: E3GWY7, tetrahydromethanopterin S-methyltransferase
#3: 化合物	ChemComp-B12 / COBALAMIN 分子量: 1330.356 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₂H₈₉CoN₁₃O₁₄P

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.7 % / 解説: About 100 microns cube, pink colour and brick shape
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Protein concentration 20 mg/mL complexed with hydroxy-cobalamin. A pink brick shape crystal appeared in 26% PEG 3000, 100 mM Na citrate pH 5.5. Temp details: The unique crystal which appeared after 1 year was obtained at room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.602 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.602 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→131.35 Å / Num. obs: 13764 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 17.1 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.224 / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 11.9 % / R_merge(I) obs: 1.06 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3→131.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 50.138 / SU ML: 0.408 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.427

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25424	681	5 %	RANDOM
R_work	0.20838	-	-	-
obs	0.21057	13073	98.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 86.158 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.35 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	4.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3→131.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3644	0	273	0	3917

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	4005
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.019	3935
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.302	2.073	5504
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.578	3	9123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.406	5	477
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.383	27.07	157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.251	15	679
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.208	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.211	0.2	630
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4419
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.019	769
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.876	4.651	1917
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.874	4.651	1916
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.306	6.963	2391
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.306	6.964	2392
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.991	5.293	2086
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.991	5.294	2087
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.432	7.899	3113
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.786	38.377	4158
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.785	38.384	4159
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	19022	0.11
1	2	B	19022	0.11
2	1	A	19182	0.1
2	2	C	19182	0.1
3	1	B	18714	0.11
3	2	C	18714	0.11

LS精密化シェル

解像度: 3.001→3.079 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.41	48	-
R_work	0.455	812	-
obs	-	-	85.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3048	0.8121	0.9146	3.2521	0.7856	4.32	0.1112	-0.1748	-0.2369	0.1992	0.027	-0.066	0.1901	0.0477	-0.1382	0.4958	0.1043	0.0295	0.4303	-0.0042	0.017	16.0251	40.8163	119.9428
2	3.0186	0.3663	0.3152	4.4476	-0.9181	4.4053	-0.1833	-0.1051	-0.325	-0.0364	0.1268	0.2553	0.2964	0.0126	0.0565	0.4032	0.036	0.0794	0.3912	-0.0029	0.088	-9.3194	25.2535	93.2091
3	1.9756	0.1308	-0.4642	4.4034	1.372	5.0707	-0.1242	0.1509	-0.021	-0.2081	-0.0235	-0.3196	0.2865	0.3204	0.1478	0.4633	0.021	0.0774	0.5136	0.0479	0.1453	21.6444	48.8514	81.1359

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 159
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 160
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 159

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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