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- PDB-5l9q: OCEANOBACILLUS IHEYENSIS MACRODOMAIN WITH ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l9q
タイトルOCEANOBACILLUS IHEYENSIS MACRODOMAIN WITH ADP
要素MACROD-TYPE MACRODOMAIN
キーワードHYDROLASE / macrodomain / ADP-ribosylation / deacetylase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Hypothetical conserved protein
類似検索 - 構成要素
生物種Oceanobacillus iheyensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Gil-Ortiz, F. / Zapata-Perez, R. / Martinez, A.B. / Juanhuix, J. / Sanchez-Ferrer, A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
MINECO-FEDERBIO2013-45336-R スペイン
引用ジャーナル: Open Biol / 年: 2017
タイトル: Structural and functional analysis of Oceanobacillus iheyensis macrodomain reveals a network of waters involved in substrate binding and catalysis.
著者: Zapata-Perez, R. / Gil-Ortiz, F. / Martinez-Monino, A.B. / Garcia-Saura, A.G. / Juanhuix, J. / Sanchez-Ferrer, A.
履歴
登録2016年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MACROD-TYPE MACRODOMAIN
B: MACROD-TYPE MACRODOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6386
ポリマ－45,5922
非ポリマー1,0474
水3,351186
1
A: MACROD-TYPE MACRODOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3193
ポリマ－22,7961
非ポリマー5232
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MACROD-TYPE MACRODOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3193
ポリマ－22,7961
非ポリマー5232
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.342, 95.714, 54.734
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A-10 - 500
2111B-10 - 500

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.999991, 0.004269, 4.0E-5), (0.004269, -0.999889, -0.014245), (-2.1E-5, 0.014245, -0.999899)-0.06203, 15.5036, -18.32752

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要素

#1: タンパク質 MACROD-TYPE MACRODOMAIN


分子量: 22795.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oceanobacillus iheyensis (strain DSM 14371 / CIP 107618 / JCM 11309 / KCTC 3954 / HTE831) (バクテリア)
遺伝子: OB2288 / プラスミド: pET28a-OiMacroD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q8EP31
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 30% (w/v) PEGMME 5K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月27日 / 詳細: KB mirrors
放射モノクロメーター: Channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.51
11-H, -K, H+L20.49
反射解像度: 1.75→47.86 Å / Num. obs: 40508 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 12.42 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.75→1.85 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / CC1/2: 0.739 / % possible all: 63

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SPV

1spv


解像度: 1.75→47.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 1.495 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19833 3203 7.9 %RANDOM
Rwork0.17029 ---
obs0.17247 37246 91.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.392 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.08 Å2-0 Å2-0.88 Å2
2--13.35 Å20 Å2
3----5.27 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.75→47.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2911 0 64 186 3161
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0193095
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022929
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5562.014233
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9436743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0695381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.36926130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.78515512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.112158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2497
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023445
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02663
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0291.8081518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0281.8061517
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.682.7031895
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6792.7051896
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3722.041577
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3682.0361570
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2152.9672325
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.73115.0863538
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.60814.9393465
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS数: 2855 / タイプ: tight thermal / Rms dev position: 1.35 Å / Weight position: 0.5
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 175 -
Rwork0.241 1633 -
obs--56.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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