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- PDB-5l9f: S. enterica HisA mutant - D10G, G11D, dup13-15, G44E, G102A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l9f
タイトルS. enterica HisA mutant - D10G, G11D, dup13-15, G44E, G102A
要素1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase
キーワードISOMERASE / HisA / protein evolution / IAD model / TrpF
機能・相同性
機能・相同性情報


1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase activity / L-histidine biosynthetic process / L-tryptophan biosynthetic process / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
HisA, bacterial-type / HisA/PriA, bacterial-type / Histidine biosynthesis, HisA-like / Histidine biosynthesis protein / Histidine biosynthesis protein / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella choleraesuis (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.594 Å
データ登録者Guo, X. / Soderholm, A. / Selmer, M.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural and functional innovations in the real-time evolution of new ( beta alpha )8 barrel enzymes.
著者: Newton, M.S. / Guo, X. / Soderholm, A. / Nasvall, J. / Lundstrom, P. / Andersson, D.I. / Selmer, M. / Patrick, W.M.
履歴
登録2016年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月26日Group: Database references
改定 1.22017年5月10日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase
B: 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5376
ポリマ－55,2992
非ポリマー2384
水84747
1
A: 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7693
ポリマ－27,6501
非ポリマー1192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7693
ポリマ－27,6501
非ポリマー1192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.215, 91.088, 117.865
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase / Phosphoribosylformimino-5-aminoimidazole carboxamide ribotide isomerase


分子量: 27649.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella choleraesuis (サルモネラ菌)
遺伝子: hisA, AL032_11160, IN36_13675, IN69_03475, IN95_11755
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0M0QTF7, UniProt: P10372*PLUS, 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH4.5, 30 % w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→50 Å / Num. all: 82382 / Num. obs: 17013 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.988 / Rsym value: 0.204 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.59→2.71 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.795 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5g1t

5g1t


解像度: 2.594→49.48 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.46
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2885 856 5.06 %
Rwork0.2221 --
obs0.2254 16926 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.594→49.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3361 0 12 47 3420
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093411
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2724629
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.31241
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05561
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006593
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5942-2.75670.3471510.29082581X-RAY DIFFRACTION98
2.7567-2.96950.32651520.27392626X-RAY DIFFRACTION100
2.9695-3.26830.32271450.23892659X-RAY DIFFRACTION100
3.2683-3.74110.29621410.22952654X-RAY DIFFRACTION100
3.7411-4.71280.21781330.18642701X-RAY DIFFRACTION100
4.7128-49.48860.29651340.19382849X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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