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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5l99 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of BAZ2B bromodomain in complex with 3-amino-2-methylpyridine derivative 6 | |||||||||
要素 | Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B | |||||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / four helical bundle | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 クロマチンリモデリング / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / metal ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Lolli, G. / Marchand, J.-R. / Caflisch, A. | |||||||||
資金援助 | スイス, 2件
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引用 | ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2016 タイトル: Derivatives of 3-Amino-2-methylpyridine as BAZ2B Bromodomain Ligands: In Silico Discovery and in Crystallo Validation. 著者: Marchand, J.R. / Lolli, G. / Caflisch, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5l99.cif.gz | 65 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5l99.ent.gz | 46.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5l99.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/5l99 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/5l99 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13531.574 Da / 分子数: 1 / 断片: Bromodomain (residues 2054-2168) 変異: First two residues SM derive from the expression tag 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAZ2B, KIAA1476 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UIF8 |
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#2: 化合物 | ChemComp-6S0 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.99 % / Mosaicity: 0.25 ° |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG500MME (20%), PEG1000 (2%), PEG3350 (2%), PEG20000 (10%), MPD (2%) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月5日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→48.42 Å / Num. obs: 15886 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 14.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4IR5 解像度: 2→48.419 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.39
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 120.86 Å2 / Biso mean: 44.8716 Å2 / Biso min: 24.26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→48.419 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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