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- PDB-5l80: Structure of Exuperantia EXO-like and SAM-like domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l80
タイトルStructure of Exuperantia EXO-like and SAM-like domains
要素Maternal protein exuperantia,Maternal protein exuperantia
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Exonuclease / RNA / pseudo nuclease / SAM domain
機能・相同性
機能・相同性情報


ovarian nurse cell to oocyte transport / embryonic development via the syncytial blastoderm / bicoid mRNA localization / regulation of pole plasm oskar mRNA localization / pole plasm oskar mRNA localization / anterior/posterior axis specification, embryo / precatalytic spliceosome / P-body / mRNA splicing, via spliceosome / cytoplasmic ribonucleoprotein granule ...ovarian nurse cell to oocyte transport / embryonic development via the syncytial blastoderm / bicoid mRNA localization / regulation of pole plasm oskar mRNA localization / pole plasm oskar mRNA localization / anterior/posterior axis specification, embryo / precatalytic spliceosome / P-body / mRNA splicing, via spliceosome / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / spermatogenesis / single-stranded RNA binding / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Maternal protein exuperantia / Exuperantia, SAM-like domain / : / Exuperantia SAM-like domain / Exuperantia RNAse H-like domain / Ribonuclease H superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Maternal protein exuperantia
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lazzaretti, D. / Veith, K. / Bono, F.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: The bicoid mRNA localization factor Exuperantia is an RNA-binding pseudonuclease.
著者: Lazzaretti, D. / Veith, K. / Kramer, K. / Basquin, C. / Urlaub, H. / Irion, U. / Bono, F.
履歴
登録2016年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月13日Group: Database references
改定 1.22016年8月17日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maternal protein exuperantia,Maternal protein exuperantia
B: Maternal protein exuperantia,Maternal protein exuperantia


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4012
ポリマ－79,4012
非ポリマー00
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2770 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area27410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.540, 66.590, 81.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Maternal protein exuperantia,Maternal protein exuperantia


分子量: 39700.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: exu, CG8994 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28750
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: Sodium Malonate, PEG 1000, MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 19360 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1.045 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L7Z

5l7z


解像度: 2.8→47.336 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2765 969 5.01 %
Rwork0.2523 --
obs0.2535 19360 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.336 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4229 0 0 11 4240
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034294
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6585823
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7411485
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027693
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002743
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.94760.36761370.31452600X-RAY DIFFRACTION99
2.9476-3.13230.35431380.30652616X-RAY DIFFRACTION100
3.1323-3.37410.29471360.29742592X-RAY DIFFRACTION100
3.3741-3.71350.28441380.26312622X-RAY DIFFRACTION100
3.7135-4.25050.2741380.23352611X-RAY DIFFRACTION100
4.2505-5.3540.24531390.22432652X-RAY DIFFRACTION100
5.354-47.30.26551430.24792698X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7696-0.5839-1.57276.56311.17515.4759-0.12-0.009-0.44270.35660.02340.54510.4809-0.23310.04340.45190.00860.03430.35440.04760.4713-25.5027-21.197-11.062
20.97220.1921-0.60291.392-2.29755.52550.4695-0.6938-0.79390.11990.0663-0.26470.4638-0.7855-0.18210.9197-0.1124-0.16050.90190.20520.9874-34.86185.7499-33.2847
31.4502-2.2631-0.30415.14222.52912.7174-0.0795-0.93890.09360.9976-0.08481.0225-1.2403-0.8514-0.3361.31430.1818-0.01220.97660.15240.9085-41.4918.7445-30.7237
44.68241.1299-0.34254.9491-1.01993.8267-0.0079-0.12820.00160.038-0.2233-0.7303-0.41851.06090.11910.6417-0.1462-0.01320.65950.05720.6491-3.50588.9962-18.8851
54.004-0.1891.40368.3511-1.01650.59961.04890.57041.0419-0.8727-0.457-0.711-0.887-1.80920.23441.58560.77750.04771.78810.00610.9395-15.35574.420115.7894
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 26 through 268 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 269 through 329 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 330 through 344 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 28 through 261 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 262 through 343 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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