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万見
- PDB-5l78: Crystal structure of human aminoadipate semialdehyde synthase, sa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l78
タイトルCrystal structure of human aminoadipate semialdehyde synthase, saccharopine dehydrogenase domain (in NAD+ bound form)
要素Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / AASS / aminoadipate semialdehyde synthase / SDH
機能・相同性
機能・相同性情報


saccharopine dehydrogenase (NADP+, L-lysine-forming) / saccharopine dehydrogenase (NAD+, L-glutamate-forming) / saccharopine dehydrogenase (NADP+, L-lysine-forming) activity / saccharopine dehydrogenase (NAD+, L-glutamate-forming) activity / saccharopine dehydrogenase activity / saccharopine dehydrogenase (NAD+, L-lysine-forming) activity / lysine catabolic process / L-lysine catabolic process to acetyl-CoA via saccharopine / lysine biosynthetic process via aminoadipic acid / Lysine catabolism ...saccharopine dehydrogenase (NADP+, L-lysine-forming) / saccharopine dehydrogenase (NAD+, L-glutamate-forming) / saccharopine dehydrogenase (NADP+, L-lysine-forming) activity / saccharopine dehydrogenase (NAD+, L-glutamate-forming) activity / saccharopine dehydrogenase activity / saccharopine dehydrogenase (NAD+, L-lysine-forming) activity / lysine catabolic process / L-lysine catabolic process to acetyl-CoA via saccharopine / lysine biosynthetic process via aminoadipic acid / Lysine catabolism / transcription corepressor activity / histone binding / mitochondrial matrix / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Saccharopine dehydrogenase, NADP binding domain / Saccharopine dehydrogenase-like, C-terminal / Saccharopine dehydrogenase NADP binding domain / Saccharopine dehydrogenase C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, N-terminal / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, NAD(H)-binding domain ...: / Saccharopine dehydrogenase, NADP binding domain / Saccharopine dehydrogenase-like, C-terminal / Saccharopine dehydrogenase NADP binding domain / Saccharopine dehydrogenase C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, N-terminal / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, NAD(H)-binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Kopec, J. / Pena, I.A. / Rembeza, E. / Strain-Damerell, C. / Chalk, R. / Borkowska, O. / Goubin, S. / Velupillai, S. / Burgess-Brown, N. / Arrowsmith, C. ...Kopec, J. / Pena, I.A. / Rembeza, E. / Strain-Damerell, C. / Chalk, R. / Borkowska, O. / Goubin, S. / Velupillai, S. / Burgess-Brown, N. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bountra, C. / Arruda, P. / Yue, W.W.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human aminoadipate semialdehyde synthase, saccharopine dehydrogenase domain (in NAD+ bound form)
著者: Kopec, J. / Yue, W.W.
履歴
登録2016年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial
B: Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,7597
ポリマ－109,2462
非ポリマー1,5135
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4950 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area35030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.222, 86.633, 149.924
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial / LKR/SDH


分子量: 54622.836 Da / 分子数: 2 / 断片: SDH domain, UNP residues 455-926 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AASS / プラスミド: pFB-LIC-Bse / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UDR5, saccharopine dehydrogenase (NADP+, L-lysine-forming), saccharopine dehydrogenase (NAD+, L-glutamate-forming)
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M sodium chloride -- 25% PEG3350 -- 0.1M tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→75.01 Å / Num. obs: 26685 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.68→2.81 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L76

5l76


解像度: 2.68→75.01 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2591 1346 5.05 %
Rwork0.1865 --
obs0.1902 26633 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→75.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6598 0 100 110 6808
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096852
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0839295
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.694128
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561080
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071165
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.68-2.77580.39281360.29462426X-RAY DIFFRACTION98
2.7758-2.8870.35761120.2592526X-RAY DIFFRACTION100
2.887-3.01840.35141350.24152489X-RAY DIFFRACTION100
3.0184-3.17750.27011250.22272512X-RAY DIFFRACTION100
3.1775-3.37660.30331530.22782471X-RAY DIFFRACTION100
3.3766-3.63730.30691400.19992536X-RAY DIFFRACTION100
3.6373-4.00330.25231290.182528X-RAY DIFFRACTION100
4.0033-4.58250.21431570.1492516X-RAY DIFFRACTION100
4.5825-5.77320.26011340.15562572X-RAY DIFFRACTION99
5.7732-75.03960.17611250.1592711X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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