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万見
- PDB-5l75: A protein structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l75
タイトルA protein structure
要素
  • FIG000906: Predicted Permease
  • FIG000988: Predicted permease
  • Lipopolysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein LptB
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Gram-negative bacteria
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Permease LptG/LptF-related / LPS export ABC transporter permease LptF / LPS export ABC transporter permease LptG / Lipopolysaccharide export system permease LptF/LptG / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter, C-terminal / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter / LPS export ABC transporter, ATP-binding protein LptB / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...Permease LptG/LptF-related / LPS export ABC transporter permease LptF / LPS export ABC transporter permease LptG / Lipopolysaccharide export system permease LptF/LptG / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter, C-terminal / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter / LPS export ABC transporter, ATP-binding protein LptB / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Lipopolysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein LptB / FIG000988: Predicted permease / FIG000906: Predicted Permease
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae IS22 (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Dong, C. / Dong, H. / Zhang, Z. / Paterson, N. / Tang, X.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural and functional insights into the lipopolysaccharide ABC transporter LptB2FG.
著者: Dong, H. / Zhang, Z. / Tang, X. / Paterson, N.G. / Dong, C.
履歴
登録2016年6月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_data_processing_status ...diffrn_source / pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipopolysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein LptB
B: Lipopolysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein LptB
F: FIG000988: Predicted permease
G: FIG000906: Predicted Permease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,2946
ポリマ－133,9044
非ポリマー3902
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8910 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area54220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.259, 210.521, 258.942
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

#1: タンパク質 Lipopolysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein LptB


分子量: 26879.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae IS22 (肺炎桿菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W1B6A5
#2: タンパク質 FIG000988: Predicted permease


分子量: 40481.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae IS22 (肺炎桿菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W1B830
#3: タンパク質 FIG000906: Predicted Permease


分子量: 39662.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae IS22 (肺炎桿菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W1B8C5
#4: 化合物 ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 mM MES pH 6.5, 0.1 M sodium chloride, 0.1 M Lithium sulfate and 24% PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.0723 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月10日
放射モノクロメーター: Zr filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→29.96 Å / Num. obs: 1198560 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 120 % / Biso Wilson estimate: 110.6 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.262 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 3.7→3.9 Å / 冗長度: 117.5 % / Rmerge(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.7→29.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.74 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.771 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.876
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.322 1041 5.13 %RANDOM
Rwork0.284 ---
obs0.286 20311 65.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 112.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--325.8464 Å20 Å20 Å2
2--210.6615 Å20 Å2
3---115.1849 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.74 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.7→29.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8822 0 2 0 8824
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0098974HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1112146HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3148SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes200HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1302HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8974HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.07
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.99
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1180SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10697SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.7→3.9 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 109 6.25 %
Rwork0.34 1635 -
all0.341 1744 -
obs--38.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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