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- PDB-5l6y: il13 in complex with tralokinumab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l6y
タイトルil13 in complex with tralokinumab
要素
  • Interleukin-13
  • tralokinumab FAb digest VH
  • tralokiumab FAb digest VL
キーワードIMMUNE SYSTEM / IL13 antibody tralokinumab asthma / IL13
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-13 receptor binding / negative regulation of lung ciliated cell differentiation / positive regulation of lung goblet cell differentiation / positive regulation of pancreatic stellate cell proliferation / regulation of proton transport / positive regulation of connective tissue growth factor production / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / Interleukin-18 signaling / negative regulation of transforming growth factor beta production / macrophage activation ...interleukin-13 receptor binding / negative regulation of lung ciliated cell differentiation / positive regulation of lung goblet cell differentiation / positive regulation of pancreatic stellate cell proliferation / regulation of proton transport / positive regulation of connective tissue growth factor production / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / Interleukin-18 signaling / negative regulation of transforming growth factor beta production / macrophage activation / positive regulation of mast cell degranulation / positive regulation of macrophage activation / positive regulation of immunoglobulin production / cellular response to cytokine stimulus / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / cytokine activity / positive regulation of protein secretion / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / microglial cell activation / response to nicotine / negative regulation of inflammatory response / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to ethanol / response to lipopolysaccharide / inflammatory response / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-13 / Interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13, conserved site / Interleukins -4 and -13 signature. / Interleukins 4 and 13 / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulins ...Interleukin-13 / Interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13, conserved site / Interleukins -4 and -13 signature. / Interleukins 4 and 13 / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Interleukin-13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Breed, J.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural Characterisation Reveals Mechanism of IL-13-Neutralising Monoclonal Antibody Tralokinumab as Inhibition of Binding to IL-13R alpha 1 and IL-13R alpha 2.
著者: Popovic, B. / Breed, J. / Rees, D.G. / Gardener, M.J. / Vinall, L.M. / Kemp, B. / Spooner, J. / Keen, J. / Minter, R. / Uddin, F. / Colice, G. / Wilkinson, T. / Vaughan, T. / May, R.D.
履歴
登録2016年6月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Database references
改定 1.22017年1月25日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Interleukin-13
H: tralokinumab FAb digest VH
L: tralokiumab FAb digest VL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,06718
ポリマ－60,3773
非ポリマー69015
水3,783210
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7410 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area23930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.998, 53.195, 62.050
Angle α, β, γ (deg.)107.91, 101.42, 96.94
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-13 / IL-13


分子量: 12359.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: IL13 R&D Systems (Recombinant Human IL-13 cat no:213-ILB/CF)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL13, NC30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35225
#2: 抗体 tralokinumab FAb digest VH


分子量: 25333.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 tralokiumab FAb digest VL


分子量: 22684.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9749 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9749 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→49.65 Å / Num. obs: 39821 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 22.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.99→2.1 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in-house model

解像度: 1.99→49.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.158 / SU Rfree Blow DPI: 0.134 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.146
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 1763 4.98 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.19 35416 97.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.2556 Å2-8.8266 Å2-2.1301 Å2
2---6.5742 Å2-5.621 Å2
3---4.3187 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→49.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3953 0 45 210 4208
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0224104HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.185592HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1284SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes72HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes606HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4104HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion6.04
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.94
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion557SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4669SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 -3.82 %
Rwork0.213 1460 -
all0.213 1518 -
obs--87.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3377-0.7499-0.25150.99960.66091.3035-0.02210.0140.141-0.0304-0.0992-0.0976-0.0528-0.10550.12120.00250.07070.0383-0.05710.00610.029-21.823626.3244-13.4211
20.8022-0.30580.99350.4419-0.68691.39190.09640.01570.0235-0.0814-0.0690.02290.1547-0.013-0.0274-0.02370.01970.0309-0.0016-0.0445-0.04667.4588-10.9978-1.7492
30.8143-0.35680.49960.1357-0.32820.302-0.017-0.16750.0913-0.0020.0386-0.045-0.0164-0.05-0.0216-0.0140.01390.00720.0104-0.03880.00571.56520.12088.3157
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ C|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ H|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ L|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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