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万見
- PDB-5l6w: Structure Of the LIMK1-ATPgammaS-CFL1 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l6w
タイトルStructure Of the LIMK1-ATPgammaS-CFL1 Complex
要素
  • Cofilin-1
  • LIM domain kinase 1
キーワードTRANSFERASE / kinase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament fragmentation / positive regulation of embryonic development / establishment of spindle localization / positive regulation of actin filament bundle assembly / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / actin filament severing / regulation of dendritic spine morphogenesis / positive regulation by host of viral process / actin filament depolymerization / RHO GTPases Activate ROCKs ...actin filament fragmentation / positive regulation of embryonic development / establishment of spindle localization / positive regulation of actin filament bundle assembly / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / actin filament severing / regulation of dendritic spine morphogenesis / positive regulation by host of viral process / actin filament depolymerization / RHO GTPases Activate ROCKs / regulation of cell morphogenesis / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / axon extension / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / stress fiber assembly / RHO GTPases activate PAKs / lamellipodium membrane / mitotic cytokinesis / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / Rho protein signal transduction / positive regulation of axon extension / heat shock protein binding / positive regulation of stress fiber assembly / cytoskeleton organization / EPHB-mediated forward signaling / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / male germ cell nucleus / response to virus / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / ruffle membrane / nuclear matrix / actin filament binding / actin cytoskeleton / Platelet degranulation / lamellipodium / nervous system development / growth cone / actin cytoskeleton organization / vesicle / postsynapse / cytoskeleton / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / nuclear speck / neuron projection / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / ADF/Cofilin / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / Severin / Severin / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain ...: / ADF/Cofilin / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / Severin / Severin / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Cofilin-1 / LIM domain kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Salah, E. / Mathea, S. / Oerum, S. / Newman, J.A. / Tallant, C. / Adamson, R. / Canning, P. / Beltrami, A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. ...Salah, E. / Mathea, S. / Oerum, S. / Newman, J.A. / Tallant, C. / Adamson, R. / Canning, P. / Beltrami, A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S. / Bullock, A.N.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure Of the LIMK1-ATPgammaS-CFL1 Complex
著者: Salah, E. / Bullock, A.N.
履歴
登録2016年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: LIM domain kinase 1
C: Cofilin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1543
ポリマ－54,6302
非ポリマー5231
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area20710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.679, 80.679, 237.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 LIM domain kinase 1 / LIMK-1


分子量: 35994.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIMK1, LIMK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P53667, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Cofilin-1 / 18 kDa phosphoprotein / p18 / Cofilin / non-muscle isoform


分子量: 18635.674 Da / 分子数: 1 / Mutation: S3C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFL1, CFL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23528
#3: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 35% pentaerythritol propoxylate 5/4, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M potassium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→34.94 Å / Num. obs: 30888 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 19.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Q8G, 3S95

1q8g

3s95


解像度: 2.53→34.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 12.737 / SU ML: 0.254 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.27 / ESU R Free: 0.249 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28395 1489 4.8 %RANDOM
Rwork0.22614 ---
obs0.22889 29335 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 88.725 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.19 Å21.59 Å2-0 Å2
2--3.19 Å2-0 Å2
3----10.34 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.53→34.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3367 0 31 0 3398
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0193476
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8461.964735
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.07637170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9335452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.25424.031129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.1615522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5691513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2538
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214005
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02764
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.5769.4241818
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.5679.4211816
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.57114.1212266
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.56914.1242267
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.3939.5081658
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.3849.5091658
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.16814.1482470
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.43574.8943938
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.44474.8873938
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.53→2.596 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.439 81 -
Rwork0.426 2139 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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