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万見
- PDB-5l6n: Disulfated madanin-thrombin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l6n
タイトルDisulfated madanin-thrombin complex
要素
  • (Prothrombin) x 2
  • Thrombin inhibitor madanin 1
キーワードHYDROLASE / Anticoagulant Sulfotyrosine
機能・相同性
機能・相同性情報


molecular function inhibitor activity / positive regulation of lipid kinase activity / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / ligand-gated ion channel signaling pathway ...molecular function inhibitor activity / positive regulation of lipid kinase activity / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / negative regulation of astrocyte differentiation / negative regulation of platelet activation / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / fibrinolysis / regulation of cytosolic calcium ion concentration / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / acute-phase response / Regulation of Complement cascade / negative regulation of proteolysis / Cell surface interactions at the vascular wall / lipopolysaccharide binding / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / positive regulation of insulin secretion / platelet activation / response to wounding / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / blood coagulation / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / heparin binding / regulation of cell shape / positive regulation of cell growth / G alpha (q) signalling events / collagen-containing extracellular matrix / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / blood microparticle / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Thrombin inhibitor Madanin / Thrombin inhibitor Madanin / : / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site ...Thrombin inhibitor Madanin / Thrombin inhibitor Madanin / : / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Prothrombin / Thrombin inhibitor madanin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Haemaphysalis longicornis (ダニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.627 Å
データ登録者Ripoll-Rozada, J. / Pereira, P.J.B.
引用ジャーナル: Nat Chem / 年: 2017
タイトル: Tyrosine sulfation modulates activity of tick-derived thrombin inhibitors.
著者: Thompson, R.E. / Liu, X. / Ripoll-Rozada, J. / Alonso-Garcia, N. / Parker, B.L. / Pereira, P.J.B. / Payne, R.J.
履歴
登録2016年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Prothrombin
H: Prothrombin
I: Thrombin inhibitor madanin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1515
ポリマ－37,9073
非ポリマー2442
水4,197233
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5310 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area13910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.546, 80.238, 91.369
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 LI

#1: タンパク質・ペプチド Prothrombin / Coagulation factor II


分子量: 4096.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00734, thrombin
#3: タンパク質・ペプチド Thrombin inhibitor madanin 1


分子量: 4030.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Haemaphysalis longicornis (ダニ) / 参照: UniProt: Q86FP9

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 H

#2: タンパク質 Prothrombin / Coagulation factor II


分子量: 29780.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00734, thrombin
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 234分子

#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MMT buffer pH 7.0, 30% (w/v) PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.627→44.55 Å / Num. obs: 41771 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 1.63→1.71 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U69

3u69


解像度: 1.627→39.701 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1985 2144 5.14 %
Rwork0.1666 --
obs0.1682 41712 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.627→39.701 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2481 0 15 233 2729
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092586
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8983496
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.4381559
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058365
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006452
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6267-1.66450.25891280.26922564X-RAY DIFFRACTION97
1.6645-1.70610.28141440.25532584X-RAY DIFFRACTION100
1.7061-1.75230.28331570.24512600X-RAY DIFFRACTION100
1.7523-1.80380.27041480.22442575X-RAY DIFFRACTION100
1.8038-1.86210.26331500.20642634X-RAY DIFFRACTION100
1.8621-1.92860.22881430.1882604X-RAY DIFFRACTION100
1.9286-2.00580.21621460.17782610X-RAY DIFFRACTION100
2.0058-2.09710.23581340.17492618X-RAY DIFFRACTION100
2.0971-2.20770.18891400.15782638X-RAY DIFFRACTION100
2.2077-2.3460.20191270.16622672X-RAY DIFFRACTION100
2.346-2.52710.1891450.16872626X-RAY DIFFRACTION100
2.5271-2.78130.20821480.16662671X-RAY DIFFRACTION100
2.7813-3.18360.19661520.17042659X-RAY DIFFRACTION100
3.1836-4.01040.17791450.14322694X-RAY DIFFRACTION99
4.0104-39.71240.15991370.14332819X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.14841.1177-1.75277.1908-1.93632.0509-0.0454-0.27360.08480.20030.12240.56190.0856-0.6069-0.1070.18490.01660.06050.1909-0.00970.2044-2.144310.925230.9735
22.4605-0.5141-2.06353.9777-0.52045.8779-0.0422-0.90240.4290.5414-0.02280.1759-0.4205-0.13910.00410.2965-0.02110.0460.2649-0.05710.14353.413312.743537.4586
36.79270.88942.70722.5788-1.41452.69660.307-0.58730.7870.4785-0.2339-0.4633-1.22620.6651-0.21770.4139-0.07650.05450.2755-0.12630.343713.28321.404931.2157
41.70540.3719-0.35861.41230.12072.352-0.05490.0876-0.1983-0.04490.0046-0.09910.31130.05810.05180.18560.00810.02090.1427-0.00680.17527.4717-2.21917.6374
52.96390.0075-0.80842.24461.08876.0072-0.1106-0.0961-0.21320.1047-0.080.05930.7007-0.12930.13630.2932-0.01950.04880.112-0.00160.22322.3715-8.327526.0732
62.01130.2427-0.44362.0245-0.12012.6198-0.04550.2396-0.0505-0.1918-0.03690.12650.1283-0.22470.07030.1576-0.0026-0.01120.1666-0.00230.13891.94722.55212.7084
72.8985-0.8542-0.19342.9767-0.0821.20760.1430.11790.4381-0.1647-0.0679-0.2251-0.32920.0059-0.07020.21530.00020.05490.14640.00990.18349.947819.090920.9891
81.6080.1975-2.61393.024-1.00534.4243-0.6372-0.6538-1.10050.0172-0.1066-0.3350.59570.91740.62930.24910.08190.04850.3070.06910.315319.1488-4.059826.5233
92.3236-0.1842-0.59211.54340.38391.91180.07630.05190.202-0.08420.0293-0.2528-0.19290.3096-0.08210.141-0.02430.03520.1488-0.00020.181617.360912.131218.2873
102.1143.7284-0.66457.3210.4395.7224-0.1590.70370.5045-0.48760.2150.8019-0.0219-0.99930.00550.23280.0752-0.0510.39810.04880.2672-2.932710.29927.7086
112.23081.1274-0.51542.47361.74822.24070.21860.61320.0721-1.723-0.34490.9088-0.4813-1.62050.03670.64460.0675-0.11070.64330.15410.46013.463215.97861.0343
122.46870.4204-2.26284.99270.78762.49820.22290.58460.1178-0.8325-0.31940.5103-0.7528-0.86780.0960.9620.4365-0.05751.2521-0.16620.5419.66428.1645-7.0019
134.16111.2734-1.40391.1182-0.01163.4348-0.38890.4978-0.139-0.46630.2024-0.0710.18070.18320.20320.3094-0.03470.03350.3234-0.00460.225122.77133.75942.2814
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 291 through 299 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 300 through 308 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 309 through 319 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 321 through 375 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 376 through 396 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 397 through 442 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 443 through 460 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 461 through 480 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 481 through 563 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 564 through 579 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'I' and (resid 31 through 37 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'I' and (resid 38 through 42 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'I' and (resid 43 through 54 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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