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- PDB-5l6h: Uba1 in complex with Ub-ABPA3 covalent adduct -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l6h
タイトルUba1 in complex with Ub-ABPA3 covalent adduct
要素
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
  • Ubiquitin-activating enzyme E1 1
キーワードLIGASE / E1 enzyme / ubiquitin activation / Uba1 inhibitor / adenosyl sulfamate
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / E1 ubiquitin-activating enzyme / ubiquitin activating enzyme activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) ...Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / E1 ubiquitin-activating enzyme / ubiquitin activating enzyme activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic translation / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 2 / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, UFD domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, conserved site / Ubiquitin-activating enzyme signature 1. / Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain ...Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 2 / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, UFD domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, conserved site / Ubiquitin-activating enzyme signature 1. / Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme e1 C-terminal domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin/SUMO-activating enzyme E1-like / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, Cys active site / Ubiquitin-activating enzyme active site. / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Zinc-binding ribosomal protein / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Beta Barrel / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6O2 / ACETATE ION / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Ubiquitin-activating enzyme E1 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Misra, M. / Schindelin, H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationFZ82; HS ドイツ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Dissecting the Specificity of Adenosyl Sulfamate Inhibitors Targeting the Ubiquitin-Activating Enzyme.
著者: Misra, M. / Kuhn, M. / Lobel, M. / An, H. / Statsyuk, A.V. / Sotriffer, C. / Schindelin, H.
履歴
登録2016年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2017年6月14日ID: 3CMM, 4NNJ
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-activating enzyme E1 1
B: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
C: Ubiquitin-activating enzyme E1 1
D: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
E: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,99130
ポリマ－254,5265
非ポリマー2,46525
水17,853991
1
A: Ubiquitin-activating enzyme E1 1
B: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,30815
ポリマ－122,9792
非ポリマー1,32913
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Ubiquitin-activating enzyme E1 1
D: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
E: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,68315
ポリマ－131,5473
非ポリマー1,13612
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.048, 194.098, 230.172
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D
13B
23E
14D
24E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAHISHISAA11 - 102311 - 1023
21ALAALAHISHISCC11 - 102311 - 1023
12METMETGLYGLYBB1 - 761 - 76
22METMETGLYGLYDD1 - 761 - 76
13METMETLEULEUBB1 - 711 - 71
23METMETLEULEUEE1 - 711 - 71
14METMETLEULEUDD1 - 711 - 71
24METMETLEULEUEE1 - 711 - 71

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 5分子 ACBDE

#1: タンパク質 Ubiquitin-activating enzyme E1 1


分子量: 114409.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: UBA1, YKL210W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22515, E1 ubiquitin-activating enzyme
#2: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S31


分子量: 8568.769 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RPS31, RPS37, UBI3, YLR167W, L9470.14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05759

-
非ポリマー , 7種, 1016分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-6O2 / [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[6-[(3-ethynylphenyl)amino]purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl sulfamate / ABPA3


分子量: 446.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18N6O6S
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 991 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 143279 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.5 % / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル最高解像度: 2.3 Å / Rsym value: 1.866

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NNJ

4nnj


解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 14.453 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.191 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21837 7006 4.9 %RANDOM
Rwork0.1725 ---
obs0.17475 135949 99.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 58.126 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å20 Å2
2--0.32 Å2-0 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17654 0 151 991 18796
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.01918369
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.0217550
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2161.97824881
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.533340619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8152296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.81625.388876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.331153290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8281584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.22795
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02120786
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.024036
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7222.6219016
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7152.6219014
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6953.92611276
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6953.92611277
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5052.9079353
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5042.9089354
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9644.2413576
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.96821.33120760
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.95720.89520431
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A1276040.07
12C1276040.07
21B95180.09
22D95180.09
31B87300.13
32E87300.13
41D85540.14
42E85540.14
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 525 -
Rwork0.309 9850 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.64620.37070.02681.297-0.03470.6037-0.01240.0060.0436-0.1307-0.0340.44110.0425-0.15750.04640.26120.019-0.05810.2581-0.00130.1653-20.598927.9951-42.3596
25.06422.39831.46035.22651.07752.6068-0.07140.13730.0705-0.11860.0177-0.3006-0.1490.32390.05370.18260.01530.02540.2530.06220.06613.209857.0429-42.0816
30.618-0.20830.09591.37550.47770.9350.0029-0.0459-0.18220.05640.02790.0510.12970.0155-0.03090.18560.01520.00010.23210.04150.0572-8.031718.2852-31.6048
41.76670.5543-1.46013.7606-1.42134.1003-0.0737-0.62980.14230.4398-0.0854-0.3877-0.27970.45440.15920.37560.0544-0.02860.3959-0.0450.0829-10.529961.9742-4.9713
50.3399-0.40880.1470.98440.29560.6581-0.0173-0.0527-0.07360.12030.01110.10210.0215-0.0490.00620.2180.01820.02870.24050.03380.0274-5.265432.9453-22.3732
62.89490.63261.53371.83680.07044.94040.0429-0.30280.30520.2790.10750.1482-0.3273-0.437-0.15040.42540.1196-0.02430.28040.01830.134317.90615.24143.0067
75.18370.52890.52126.81950.36772.4060.00920.24090.1107-0.3010.0423-0.8025-0.00170.3101-0.05160.20540.03710.01710.28440.04220.214915.289931.6651-37.5667
85.83252.1634-1.84581.2998-1.62632.3945-0.0212-0.12570.2234-0.0432-0.1173-0.04930.08560.21170.13850.24730.0796-0.01660.1849-0.0180.11043.378230.8378-31.1192
92.40510.1429-0.12751.08730.14181.8602-0.092-0.2471-0.04990.23510.07760.27780.1147-0.06250.01440.2010.04150.04720.22520.06350.0828-35.995764.5221-39.8007
103.57-1.6516-1.98784.40191.50314.06260.06120.2348-0.1166-0.52980.0326-0.57030.21540.5344-0.09380.28530.03040.04890.37550.01780.1643-2.925552.1313-60.2511
111.3232-0.50180.39181.6449-0.09051.5306-0.059-0.01790.17820.06070.05320.0599-0.2938-0.00740.00580.19880.02120.02930.21040.05570.0536-36.031179.3003-51.1092
120.1193-0.27850.15612.7309-0.08850.26690.13560.17520.0414-0.8494-0.1321-0.41320.10710.209-0.00350.43950.06090.09040.44660.07040.0819-28.312264.374-75.0021
133.9298-1.13121.67142.6067-0.02772.53330.16540.7763-0.1025-0.644-0.0791-0.09530.39940.2121-0.08630.59070.0679-0.09340.4223-0.05070.0891-29.046534.2307-83.0707
140.36340.10010.13220.2271-0.02881.47470.01490.11850.0074-0.0065-0.0198-0.0346-0.15730.13280.00490.16690.00060.00570.26410.05010.0191-27.698972.8947-65.2646
153.620.6875-0.53361.9897-0.25684.98420.06650.1521-0.2506-0.1330.0150.21610.2621-0.4266-0.08150.30070.0270.00430.27020.06860.0959-38.296388.0888-98.2918
164.4351-2.614-0.8616.7598-1.17814.34860.10570.00050.5551-0.277-0.0264-0.8948-0.35630.4073-0.07940.2603-0.04820.08810.3850.06930.2874-8.841577.7541-66.8707
1712.26612.98043.13431.2369-0.03532.07320.0366-0.091-0.592-0.1167-0.0477-0.28750.13040.02530.01110.31320.02040.08760.23720.00740.2312-20.687971.209-65.4698
180.3716-1.25240.12737.1526-1.18210.2429-0.19740.302-0.3073-0.55320.14640.18750.2026-0.26830.0511.4289-0.07430.13871.5565-0.17621.4378.846459.4716-81.7522
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 197
2X-RAY DIFFRACTION2A198 - 264
3X-RAY DIFFRACTION3A265 - 624
4X-RAY DIFFRACTION4A625 - 810
5X-RAY DIFFRACTION5A811 - 925
6X-RAY DIFFRACTION6A926 - 1024
7X-RAY DIFFRACTION7B1 - 65
8X-RAY DIFFRACTION8B66 - 76
9X-RAY DIFFRACTION9C11 - 166
10X-RAY DIFFRACTION10C167 - 264
11X-RAY DIFFRACTION11C265 - 545
12X-RAY DIFFRACTION12C546 - 624
13X-RAY DIFFRACTION13C625 - 844
14X-RAY DIFFRACTION14C845 - 925
15X-RAY DIFFRACTION15C926 - 1024
16X-RAY DIFFRACTION16D1 - 65
17X-RAY DIFFRACTION17D66 - 76
18X-RAY DIFFRACTION18E1 - 72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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